Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 CPSF4-201ENST00000292476 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 UVSSA-208ENST00000511563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 GGA1-203ENST00000343632 3159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 UPK3A-201ENST00000216211 1051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 RABL2A-203ENST00000393166 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 SMAGP-202ENST00000398453 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 NME4-207ENST00000450036 985 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 PFN1P12-201ENST00000455938 534 ntBASIC22.14■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 C11orf98-202ENST00000525675 405 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 AP000812.2-201ENST00000538934 718 ntBASIC22.14■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 ACYP1-206ENST00000555694 565 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 EMC4-209ENST00000559421 497 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 AC010491.1-202ENST00000567048 528 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 AC087392.4-201ENST00000574560 486 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 RIC8A-217ENST00000626818 159 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 CNIH3-201ENST00000272133 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 TFEB-206ENST00000403298 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 MEIKIN-203ENST00000442687 1315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 DIAPH1-203ENST00000389057 5762 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 KANSL1-218ENST00000638275 5352 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 ARID4B-203ENST00000366603 5946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 PRG2-202ENST00000525955 1367 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 HNRNPA1P48-201ENST00000562726 1377 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 CCDC92-201ENST00000238156 2787 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 KLHL17-201ENST00000338591 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 AHSA1-201ENST00000216479 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 OXA1L-203ENST00000412791 1440 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 HSD17B7P2-202ENST00000494540 1401 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 MARCH8-201ENST00000319836 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 ACP2-205ENST00000527256 1499 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 AL512652.2-201ENST00000625156 1716 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 PROC-201ENST00000234071 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 TFF2-201ENST00000291526 737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 SPAG11B-203ENST00000359758 612 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 IGHV3-16-201ENST00000390604 425 ntAPPRIS P1 BASIC22.13■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 MIR1247-201ENST00000408206 136 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 RMDN1-212ENST00000519966 1164 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 PLEKHB1-206ENST00000535129 1049 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 AP001453.3-201ENST00000545800 853 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 DERL2-202ENST00000570848 657 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 AC020911.1-201ENST00000591038 578 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 ZNF83-215ENST00000600714 810 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 RPP40-207ENST00000618533 1056 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 AC244517.4-201ENST00000624549 580 ntTSL 4 BASIC22.13■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 GPR137-212ENST00000539851 1843 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 DYRK1B-205ENST00000597639 1806 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 PPP1R9B-202ENST00000612501 4167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 CYP4F24P-201ENST00000586049 1580 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 KCNAB2-212ENST00000458166 1336 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 EPB41L4B-201ENST00000374557 4006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 FAM219B-204ENST00000563119 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 MAFF-206ENST00000538320 2458 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.13■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 SCYL2-201ENST00000360820 5779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 ADGRD2-201ENST00000334810 3244 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 PCGF1-201ENST00000233630 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 RNPS1-203ENST00000397086 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 TTLL10-201ENST00000379288 2114 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 SERPINE2-201ENST00000258405 2195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 MTSS1L-201ENST00000338779 4992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 ASB16-AS1-201ENST00000585457 2213 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 KRTAP19-3-201ENST00000334063 522 ntAPPRIS P1 BASIC22.12■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 APOA1-204ENST00000375323 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 AC092506.1-202ENST00000401022 528 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 LNCPRESS1-201ENST00000429254 756 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 BCRP2-202ENST00000447763 634 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 BCRP6-201ENST00000510112 632 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 BCRP7-201ENST00000511549 544 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 EVX1-AS-202ENST00000519050 576 ntTSL 4 BASIC22.12■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 TMEM219-203ENST00000561899 1249 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 MIR3615-201ENST00000581999 87 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 OLFM1-201ENST00000252854 2591 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 CNOT11-201ENST00000289382 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 WNT10B-201ENST00000301061 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 PRMT1-202ENST00000454376 1327 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 LETM2-201ENST00000297720 1693 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 CHRDL1-204ENST00000444321 1658 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 RAD1-208ENST00000628399 1678 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 ADRA1A-205ENST00000380582 2089 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 BMP1-202ENST00000306385 4229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 CSAD-209ENST00000453446 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 PLPPR2-208ENST00000591608 2552 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 HMGA1-204ENST00000401473 1887 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 SMUG1-209ENST00000505128 2607 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 CORO6-210ENST00000580212 2345 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 CD9-203ENST00000382518 1556 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 CCDC120-206ENST00000603986 2379 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 ETNK2-202ENST00000367201 2431 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 MUTYH-234ENST00000528013 1662 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 QRFP-202ENST00000623824 1658 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 POLR2I-201ENST00000221859 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 HRCT1-201ENST00000354323 950 ntAPPRIS P1 BASIC22.11■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 UROS-203ENST00000368786 1216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 RBM8A-201ENST00000369307 796 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 GPAA1P2-201ENST00000417923 928 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 AL592464.1-201ENST00000429389 429 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 SELENOT-203ENST00000477889 944 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 SPDYE16-201ENST00000515340 858 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 CEP57L1-208ENST00000519095 908 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 AP000721.1-201ENST00000535431 559 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 AC129510.1-201ENST00000579979 555 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.4 ms