Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 NGF-201ENST00000369512 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 RTN4RL2-202ENST00000395120 582 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 VAT1-202ENST00000420567 1069 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 AL391069.4-201ENST00000609583 481 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 VIPR1-204ENST00000438259 2427 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 GGT7-201ENST00000336431 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 DUSP14-204ENST00000613659 1559 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 RABEP2-202ENST00000358201 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 C2orf48-201ENST00000381786 1897 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 CTNNAL1-201ENST00000325551 2490 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 ARHGEF7-202ENST00000317133 4361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 WDR70-202ENST00000504564 1526 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 FBXL12-206ENST00000588922 1843 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 UGT3A2-204ENST00000513300 1924 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 SNAP47-213ENST00000617596 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 NTRK1-203ENST00000392302 2609 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 PKP3-201ENST00000331563 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 MGAT1-203ENST00000393340 3077 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 CYP21A2-221ENST00000418967 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 PLA2G2D-202ENST00000617227 1856 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 PPFIA1-202ENST00000389547 4133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 H2BFWT-201ENST00000217926 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 NTMT1-201ENST00000372480 852 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.58■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 MFAP2-201ENST00000375534 970 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 TEX48-201ENST00000436752 708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 LINC00229-201ENST00000443783 500 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 SSBP1-214ENST00000498107 636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 AC008969.1-205ENST00000553254 876 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 TEX48-202ENST00000612244 662 ntTSL 3 BASIC24.58■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 MIB2-219ENST00000505820 3305 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 SCP2-213ENST00000528311 1896 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 TAGLN3-202ENST00000393917 1488 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 FTH1-201ENST00000273550 1229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 YBEY-202ENST00000339195 890 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 YBEY-203ENST00000397691 764 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.57■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 AC092658.1-201ENST00000505836 891 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 FTH1-202ENST00000526640 786 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 AP001995.1-201ENST00000531784 1157 ntTSL 4 BASIC24.57■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 AC106886.1-201ENST00000568660 600 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 AC026471.2-201ENST00000569782 655 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 KLK3-204ENST00000593997 1035 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 CREB3L2-208ENST00000620715 1053 ntTSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 DGKQ-201ENST00000273814 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 NDUFA11-205ENST00000592634 2154 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 NUP62-211ENST00000597029 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 SLC35G1-202ENST00000427197 2402 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 C2orf81-206ENST00000640868 2407 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 ITGB7-202ENST00000422257 2791 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 AL583722.1-201ENST00000540171 1307 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 CCDC181-206ENST00000491570 1652 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 GRM5-202ENST00000305447 4571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 DARS-201ENST00000264161 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 PRPF19-201ENST00000227524 2157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 HDHD3-202ENST00000374180 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 TSPAN12-202ENST00000415871 1495 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 FAM213B-201ENST00000378424 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 WASF1-205ENST00000392587 2675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 BLOC1S5-202ENST00000397457 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 TRAF4-201ENST00000262395 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 PRRX1-202ENST00000367760 2217 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 C16orf71-201ENST00000299320 2722 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 CCDC182-201ENST00000299415 832 ntAPPRIS P1 BASIC24.56■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 RAD18-204ENST00000418463 563 ntTSL 4 BASIC24.56■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 RAD18-205ENST00000421052 582 ntTSL 3 BASIC24.56■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 ARL6IP4-207ENST00000426960 910 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.56■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 SLC35B4-204ENST00000470969 1033 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 AC073389.2-202ENST00000607450 441 ntTSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 PHOSPHO2-207ENST00000616524 1253 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.56■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 HOTAIRM1_1.1-201ENST00000622675 125 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 GPR157-201ENST00000377411 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 GPER1-206ENST00000617001 1900 ntTSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 GTPBP2-202ENST00000307126 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 ARNTL-203ENST00000403290 2746 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 UBALD1-205ENST00000590891 2641 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 GRIN3B-201ENST00000234389 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 GLIPR2-205ENST00000619700 1645 ntTSL 3 BASIC24.55■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 AC109460.3-201ENST00000569969 5296 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 CHUK-201ENST00000370397 3625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 SETD3-202ENST00000331768 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 RHNO1-209ENST00000618250 2070 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC24.55■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 RPS5-201ENST00000196551 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 SPAG7-201ENST00000206020 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 C1orf68-201ENST00000368775 949 ntAPPRIS P1 BASIC24.55■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 PIP4K2A-202ENST00000376573 3802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 MAGEC1-202ENST00000406005 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 LINC01273-201ENST00000411453 685 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 TGFA-205ENST00000444975 985 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 AL356441.1-201ENST00000452618 492 ntTSL 3 BASIC24.55■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 AC091544.3-201ENST00000556424 531 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 PAM16-215ENST00000577031 548 ntTSL 4 BASIC24.55■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 MRNIP-225ENST00000610475 810 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 AL033527.4-201ENST00000641026 673 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 GSKIP-201ENST00000438650 2140 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 ZNF707-202ENST00000418203 2661 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 NUTM2D-201ENST00000381697 3290 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 TLE2-201ENST00000262953 2705 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 SLC35F3-202ENST00000366618 2891 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 PCM1-206ENST00000518537 2171 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 C1QTNF6-202ENST00000397110 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 FHL2-205ENST00000393353 1531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.6 ms