Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 AC093520.2-201ENST00000561830 333 ntBASIC14.27□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 TVP23B-206ENST00000574226 1080 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 TIMM13-202ENST00000591871 631 ntTSL 5 BASIC14.27□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 AC004835.2-201ENST00000603762 682 ntBASIC14.27□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 HNRNPH1-250ENST00000630639 123 ntTSL 5 BASIC14.27□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 UBE2R2-201ENST00000263228 4075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 CAPN15-201ENST00000219611 4744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 ANKRD9-201ENST00000286918 6727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 AC105020.1-201ENST00000435356 2205 ntBASIC14.27□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 CD300A-202ENST00000360141 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 SSH3-201ENST00000308127 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 THAP8-201ENST00000292894 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 AFF2-204ENST00000370458 1488 ntTSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 MAN1A1-201ENST00000368468 5014 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.26□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 SLC52A1-202ENST00000424747 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 ZFP1-208ENST00000568079 1426 ntTSL 2 BASIC14.26□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 TTC8-216ENST00000614125 2377 ntTSL 5 BASIC14.26□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 BVES-202ENST00000336775 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 PPA2-201ENST00000341695 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 LFNG-207ENST00000614382 1969 ntTSL 5 BASIC14.26□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 MICALL2-201ENST00000297508 3121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 GBGT1-204ENST00000372043 1935 ntTSL 2 BASIC14.26□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 MAGEF1-201ENST00000317897 1636 ntAPPRIS P1 BASIC14.26□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 FLJ38576-201ENST00000623820 2459 ntBASIC14.26□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 IGSF9B-206ENST00000533871 5050 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.26□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 GTF2H1-203ENST00000453096 2707 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.26□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 SOWAHC-201ENST00000356454 4657 ntAPPRIS P1 BASIC14.26□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 HDAC8-202ENST00000373556 704 ntTSL 2 BASIC14.26□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 NME1-NME2-202ENST00000393193 1021 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC14.26□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 ARPC4-203ENST00000433034 926 ntTSL 3 BASIC14.26□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 TSPY16P-201ENST00000449843 468 ntBASIC14.26□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 AC069335.1-201ENST00000489972 472 ntBASIC14.26□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 BLOC1S1-201ENST00000547076 837 ntTSL 2 BASIC14.26□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 AL391261.2-201ENST00000554907 773 ntTSL 2 BASIC14.26□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 SIGLEC7-205ENST00000600577 616 ntTSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 AC105339.1-204ENST00000636249 355 ntBASIC14.26□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 SELENOF-208ENST00000616787 1835 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.26□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 MFSD2B-202ENST00000406420 1528 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.26□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 AC004951.4-201ENST00000454572 2076 ntTSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 ACTRT3-201ENST00000330368 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 KCNT1-202ENST00000371757 4717 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 C2orf54-203ENST00000402775 1958 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.26□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 AC099508.1-201ENST00000499110 1666 ntTSL 4 BASIC14.26□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 HLA-A-202ENST00000376806 1854 ntBASIC14.26□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 SEPT6-209ENST00000489216 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 TSPAN17-209ENST00000515708 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 CFL1-203ENST00000525451 1878 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.26□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 WBP2-204ENST00000585462 1895 ntTSL 3 BASIC14.26□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 GPR137-212ENST00000539851 1843 ntTSL 2 BASIC14.26□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 RBPJ-204ENST00000348160 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 TRPM2-202ENST00000300482 5989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 COL5A1-201ENST00000371817 8471 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 TMEM41A-201ENST00000296254 1060 ntTSL 2 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 BLZF1-202ENST00000367807 1295 ntTSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 SNHG5-201ENST00000369605 1032 ntTSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 ZNF655-216ENST00000449244 544 ntTSL 4 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 CCDC159-201ENST00000458408 1062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 AC112191.1-201ENST00000523689 701 ntBASIC14.25□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 MRVI1-AS1-203ENST00000529979 784 ntTSL 3 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 RN7SL204P-201ENST00000582831 262 ntBASIC14.25□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 ACY1-212ENST00000635797 1294 ntTSL 5 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 GLCCI1-201ENST00000223145 4743 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 EVA1A-205ENST00000410113 1747 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 SEPT11-201ENST00000264893 5593 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 IGSF11-209ENST00000491903 1487 ntTSL 2 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 SH2B1-206ENST00000545570 1488 ntTSL 2 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 FOS-208ENST00000555686 1496 ntTSL 2 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 NKAIN1-201ENST00000373736 2589 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 ARHGEF25-208ENST00000616622 2103 ntTSL 2 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 ASAH1-231ENST00000636577 2129 ntTSL 5 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 ENOSF1-202ENST00000340116 1658 ntTSL 5 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 ZNF514-202ENST00000411425 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 MAP3K6-202ENST00000374040 4309 ntTSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 PKN3-201ENST00000291906 3375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 RBM6-210ENST00000442092 2260 ntTSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 AC092171.3-201ENST00000610122 2651 ntBASIC14.25□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 LILRA6-201ENST00000245621 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 TRPV4-205ENST00000537083 2436 ntTSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 CSK-210ENST00000567571 2443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 NFIC-210ENST00000590282 1558 ntTSL 2 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 TMEM155-202ENST00000394394 1753 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 IL34-202ENST00000429149 1779 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 SERTM1-201ENST00000315190 3207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 CES3-203ENST00000543856 3178 ntTSL 2 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 FAM129B-201ENST00000373312 3957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 SNX19-207ENST00000528555 1506 ntTSL 2 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 SLC22A5-203ENST00000435065 1746 ntTSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 ACSM2A-213ENST00000575690 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 CRTC3-201ENST00000268184 2537 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 KIRREL1-202ENST00000360089 3304 ntTSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 MGEA5-203ENST00000370094 3314 ntTSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 IRF5-215ENST00000619830 1652 ntTSL 2 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 AC013270.1-201ENST00000425578 440 ntTSL 2 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 FXYD1-202ENST00000455515 594 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 FAM72B-205ENST00000471903 676 ntTSL 5 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 AC091053.1-201ENST00000529883 744 ntTSL 3 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 AF131215.3-201ENST00000532453 639 ntTSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 OTUB2-202ENST00000553723 708 ntTSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 SIGLEC29P-201ENST00000599873 1114 ntBASIC14.25□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 SNHG28-203ENST00000621242 708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.25□□□□□ -0.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.8 ms