Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 GID4-202ENST00000376345 1391 ntTSL 3 BASIC20.25■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 BTBD11-205ENST00000490090 4614 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 B4GALT4-216ENST00000483209 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 ZNF81-201ENST00000334937 610 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 ATPIF1-201ENST00000335514 494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 SLX1A-202ENST00000345535 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 SLX1B-202ENST00000351581 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 C1orf43-204ENST00000368518 1278 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 LINC00982-205ENST00000420957 435 ntBASIC20.25■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 RPL13P5-203ENST00000421824 845 ntTSL 3 BASIC20.25■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 HDAC10-205ENST00000448072 2133 ntTSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 RAB42-202ENST00000465518 857 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 AC080013.1-203ENST00000468242 720 ntTSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 AC080013.1-201ENST00000495318 566 ntTSL 4 BASIC20.25■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 KLK12-203ENST00000525263 1077 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 AL139288.1-201ENST00000623748 933 ntBASIC20.25■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 AL022326.1-202ENST00000641533 845 ntBASIC20.25■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 MYC-202ENST00000377970 2351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 R3HDM2-201ENST00000347140 4331 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 FMO5-201ENST00000254090 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 SLC29A2-205ENST00000544554 2505 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 CYLD-202ENST00000398568 3536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 TMEM37-201ENST00000306406 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 TLDC2-201ENST00000217320 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 SPRED2-206ENST00000443619 1800 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 AAK1-202ENST00000409068 2606 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 FAM163A-201ENST00000341785 2909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 KIAA1211-201ENST00000264229 4109 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 PIGF-201ENST00000281382 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 TSPAN14-210ENST00000616406 2436 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 ZNF7-201ENST00000325217 592 ntTSL 4 BASIC20.24■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 POM121L12-201ENST00000408890 1283 ntAPPRIS P1 BASIC20.24■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 AL450487.1-201ENST00000426799 995 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 AC078883.2-201ENST00000441212 558 ntTSL 3 BASIC20.24■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 TSTD3-201ENST00000452647 962 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 S100A2-206ENST00000497140 697 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 AC021087.4-201ENST00000563761 564 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 MCRIP1-211ENST00000576679 751 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 RN7SL510P-201ENST00000581311 263 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 LINC01711-201ENST00000598340 967 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 LINC01607-201ENST00000607172 621 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 NPAS4-204ENST00000639555 878 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 RBFA-202ENST00000306735 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 EGFEM1P-202ENST00000431685 1563 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 HIST1H2BN-204ENST00000612898 1723 ntAPPRIS P1 BASIC20.24■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 DBN1-202ENST00000309007 2995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 CLEC18B-201ENST00000339953 1865 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 CLEC18C-202ENST00000536907 1865 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 EIF4A1-203ENST00000577269 1319 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 SLC40A1-201ENST00000261024 3442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 AIFM3-201ENST00000399163 2309 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 HCN1-201ENST00000303230 9885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 PRPS1-204ENST00000372435 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 SLC3A2-204ENST00000377891 2222 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 DENND3-201ENST00000262585 5438 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 MRPS30-202ENST00000507110 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 VTN-201ENST00000226218 2149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 SLC25A32-201ENST00000297578 2891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 SYN1-202ENST00000340666 3172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 COBL-201ENST00000265136 5291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 KIAA1522-202ENST00000373480 5294 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 KIAA1522-203ENST00000373481 5293 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 GOSR2-201ENST00000225567 1245 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 PTRHD1-201ENST00000328379 1105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 ZFAND4-203ENST00000374366 3821 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 DNASE1L2-202ENST00000382437 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 CCNL2-203ENST00000408952 1857 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 MEF2B-202ENST00000409447 1297 ntTSL 3 BASIC20.23■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 ACTG1P4-201ENST00000425123 1122 ntBASIC20.23■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 IQCE-210ENST00000438376 2170 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 AC079781.3-201ENST00000449110 356 ntBASIC20.23■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 CXorf40B-205ENST00000462691 1440 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC20.23■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 ABCB8-211ENST00000477092 1596 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 AC064807.1-201ENST00000518942 816 ntTSL 3 BASIC20.23■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 RAP1B-228ENST00000542145 1060 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 FGFR1OP2-206ENST00000546072 956 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 KRT126P-201ENST00000549467 1181 ntBASIC20.23■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 COX5A-202ENST00000562233 441 ntTSL 3 BASIC20.23■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 SNHG15-203ENST00000578968 982 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 MTDHP4-201ENST00000600287 670 ntBASIC20.23■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 AC002985.2-201ENST00000601106 957 ntTSL 4 BASIC20.23■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 AC025062.2-201ENST00000605477 670 ntBASIC20.23■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 TST-204ENST00000622841 1105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 C10orf111-201ENST00000624760 1714 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 C19orf68-203ENST00000614654 3588 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 ZADH2-201ENST00000322342 7732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 USP3-AS1-201ENST00000558831 1784 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 ZNF334-202ENST00000457685 3487 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 KCNQ2-215ENST00000629241 2853 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 ESM1-201ENST00000381403 1326 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 LDLR-204ENST00000545707 2429 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 TSPAN5-201ENST00000305798 3365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 KLF5-201ENST00000377687 3566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 FAM131B-206ENST00000443739 4382 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 BBS2-218ENST00000568104 2623 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 RASGRF2-206ENST00000638442 2842 ntTSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 THAP3-201ENST00000054650 1366 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 OSGEP-201ENST00000206542 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 SNAPC4-201ENST00000298532 5010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 LRRC14-205ENST00000529022 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.3 ms