Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 LOXL3-205ENST00000409986 2005 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
NPHP3Q7Z494 FOXD4L6-201ENST00000622588 2034 ntAPPRIS P1 BASIC22.22■■□□□ 1.15
NPHP3Q7Z494 RREB1-201ENST00000334984 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
NPHP3Q7Z494 PIP4K2A-202ENST00000376573 3802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
NPHP3Q7Z494 AC135050.7-201ENST00000624508 2218 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
NPHP3Q7Z494 HACE1-202ENST00000369125 3102 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
NPHP3Q7Z494 ARMC10-209ENST00000454559 2347 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
NPHP3Q7Z494 TUFM-201ENST00000313511 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
NPHP3Q7Z494 HOOK1-201ENST00000371208 5857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
NPHP3Q7Z494 FAM222A-202ENST00000538780 3294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
NPHP3Q7Z494 FO393414.2-201ENST00000405153 598 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
NPHP3Q7Z494 ROPN1-202ENST00000405845 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
NPHP3Q7Z494 USB1-202ENST00000423271 1217 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
NPHP3Q7Z494 FAM21FP-201ENST00000426241 1131 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
NPHP3Q7Z494 MDM2-215ENST00000428863 1037 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
NPHP3Q7Z494 ACTG1P3-201ENST00000431775 1114 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
NPHP3Q7Z494 HLA-DPB2-205ENST00000435074 1188 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
NPHP3Q7Z494 HIST3H2BA-201ENST00000436555 524 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
NPHP3Q7Z494 AL355994.3-201ENST00000437156 466 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
NPHP3Q7Z494 GEMIN4-202ENST00000437269 1182 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
NPHP3Q7Z494 AC113608.2-201ENST00000448379 487 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
NPHP3Q7Z494 AC108725.1-201ENST00000495472 409 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
NPHP3Q7Z494 A4GALT-202ENST00000381278 1935 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
NPHP3Q7Z494 ASB7-203ENST00000558747 2133 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
NPHP3Q7Z494 RHCE-201ENST00000294413 1591 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
NPHP3Q7Z494 FAM110D-201ENST00000374268 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
NPHP3Q7Z494 ZNF668-208ENST00000538906 2865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
NPHP3Q7Z494 AARSD1-202ENST00000427569 1322 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
NPHP3Q7Z494 ZDHHC18-202ENST00000374142 5020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
NPHP3Q7Z494 KRT8P22-201ENST00000562317 1415 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
NPHP3Q7Z494 ADAMTS16-203ENST00000511368 2682 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
NPHP3Q7Z494 SMTNL2-201ENST00000338859 1919 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
NPHP3Q7Z494 LYSMD4-201ENST00000332728 2847 ntTSL 4 BASIC22.21■■□□□ 1.15
NPHP3Q7Z494 NTMT1-202ENST00000372481 741 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
NPHP3Q7Z494 AL365277.1-206ENST00000417869 487 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
NPHP3Q7Z494 SNHG11-209ENST00000440918 556 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
NPHP3Q7Z494 AL365277.1-204ENST00000450157 599 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
NPHP3Q7Z494 AL365277.1-203ENST00000458207 693 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
NPHP3Q7Z494 STAG3L5P-205ENST00000473757 1255 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
NPHP3Q7Z494 CRYGN-205ENST00000491928 698 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
NPHP3Q7Z494 RCAN1-212ENST00000492600 935 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
NPHP3Q7Z494 ACRV1-202ENST00000527795 782 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
NPHP3Q7Z494 AC010336.6-201ENST00000595107 528 ntTSL 4 BASIC22.21■■□□□ 1.15
NPHP3Q7Z494 PTHLH-205ENST00000535992 1891 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
NPHP3Q7Z494 C16orf58-202ENST00000430477 2471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
NPHP3Q7Z494 ZCCHC23-201ENST00000500526 1951 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 TTC19-201ENST00000261647 3002 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 TBP-207ENST00000616883 1750 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 SKOR1-204ENST00000554240 3597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 INPP5J-213ENST00000620191 2306 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 CALM3-212ENST00000599839 1355 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 CCDC88B-201ENST00000301897 870 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 IFNL2-201ENST00000331982 737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 GOSR2-202ENST00000393456 788 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 SETD4-205ENST00000399208 1165 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 KCNQ1-AS1-201ENST00000440887 1084 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 IGFBP2-204ENST00000456764 846 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 AURKB-202ENST00000534871 1167 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 AC036164.1-201ENST00000570544 333 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 CU634019.7-201ENST00000624153 1185 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 FP236241.2-201ENST00000624906 1185 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 AL139011.1-202ENST00000642063 584 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 RMND5A-201ENST00000283632 6301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 STK11-201ENST00000326873 2611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 CHPF-203ENST00000535926 2634 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 RNLS-201ENST00000331772 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 GYG1-201ENST00000296048 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 SPIRE2-201ENST00000378247 3235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 ATP5S-201ENST00000245448 1671 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 TBC1D10A-203ENST00000403362 1833 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 ANKRD6-204ENST00000447838 2968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 ZNF274-203ENST00000424679 2539 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 VRK1-201ENST00000216639 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 FADS1-216ENST00000542506 1725 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 AC003002.1-202ENST00000596755 1743 ntAPPRIS P1 BASIC22.19■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 PHGDH-208ENST00000641023 2096 ntAPPRIS P1 BASIC22.19■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 LRCOL1-201ENST00000376608 778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 TSPAN32-204ENST00000381121 999 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 ROPN1B-210ENST00000514116 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 AP001005.4-201ENST00000572530 387 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 AL139099.5-201ENST00000635274 300 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 KRT6A-201ENST00000330722 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 FBXO41-204ENST00000520530 3293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 PCGF6-202ENST00000369847 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 NPAS3-202ENST00000356141 2802 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 CD276-201ENST00000318424 2738 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 PDE4DIP-230ENST00000530472 1690 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 LAMC3-202ENST00000361069 6133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 SLC25A36-201ENST00000324194 1301 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 STRN4-202ENST00000391910 3628 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 ATP11C-203ENST00000370557 6924 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 RASA2-202ENST00000452898 2562 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 FKBP8-201ENST00000222308 1710 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 TBP-206ENST00000540980 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 B4GALT4-216ENST00000483209 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 BEGAIN-202ENST00000443071 2744 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 CRB2-202ENST00000373631 5550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 NHEG1-202ENST00000432330 1357 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 CYP11A1-202ENST00000358632 2001 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 POLD4-201ENST00000312419 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 83.5 ms