Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 CCDC8-201ENST00000307522 3213 ntAPPRIS P1 BASIC19.19■□□□□ 0.66
LIG1P18858 NANS-201ENST00000210444 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
LIG1P18858 TOR3A-201ENST00000352445 1182 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
LIG1P18858 AC007834.1-201ENST00000446473 728 ntTSL 3 BASIC19.19■□□□□ 0.66
LIG1P18858 HFE-210ENST00000470149 1123 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
LIG1P18858 MPIG6B-210ENST00000480039 790 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
LIG1P18858 AC034243.1-201ENST00000520838 587 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
LIG1P18858 AC103957.2-201ENST00000521218 510 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
LIG1P18858 EEF1D-238ENST00000531621 840 ntTSL 3 BASIC19.19■□□□□ 0.66
LIG1P18858 NCAM1-AS1-202ENST00000533638 618 ntTSL 4 BASIC19.19■□□□□ 0.66
LIG1P18858 ZBP1-208ENST00000541799 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
LIG1P18858 LINC01197-204ENST00000611265 956 ntTSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
LIG1P18858 ANO2-212ENST00000612575 1087 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
LIG1P18858 MIR7706-201ENST00000613747 67 ntBASIC19.19■□□□□ 0.66
LIG1P18858 GRTP1-205ENST00000620217 1073 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
LIG1P18858 AC073592.4-201ENST00000623827 446 ntBASIC19.19■□□□□ 0.66
LIG1P18858 TSPY4-205ENST00000640033 663 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
LIG1P18858 SH2B1-201ENST00000322610 3095 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
LIG1P18858 ZNF764-201ENST00000252797 2738 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
LIG1P18858 B3GNT4-206ENST00000546192 2749 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
LIG1P18858 COL4A1-204ENST00000543140 2547 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
LIG1P18858 AL671710.1-201ENST00000610245 2349 ntBASIC19.19■□□□□ 0.66
LIG1P18858 NR4A2-203ENST00000409108 1735 ntTSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
LIG1P18858 NFIX-214ENST00000592199 1509 ntTSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
LIG1P18858 CLDN15-208ENST00000611078 1509 ntTSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
LIG1P18858 AL590787.1-201ENST00000568856 1315 ntBASIC19.19■□□□□ 0.66
LIG1P18858 RHOT1-203ENST00000358365 3297 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
LIG1P18858 C14orf93-202ENST00000341470 2221 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
LIG1P18858 DKC1-213ENST00000620277 3079 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
LIG1P18858 DYRK1B-205ENST00000597639 1806 ntTSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
LIG1P18858 PELI2-201ENST00000267460 5909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
LIG1P18858 CHID1-201ENST00000323578 3374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
LIG1P18858 TIMM44-201ENST00000270538 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
LIG1P18858 AZIN2-203ENST00000373441 1443 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
LIG1P18858 CCT6A-202ENST00000335503 2529 ntTSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
LIG1P18858 SEMA5B-202ENST00000357599 4792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
LIG1P18858 SLC4A3-204ENST00000373760 4134 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
LIG1P18858 AP001122.1-202ENST00000501648 1916 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
LIG1P18858 SYDE1-204ENST00000600440 3058 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
LIG1P18858 PRICKLE1-211ENST00000639566 3341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
LIG1P18858 ART5-201ENST00000359918 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
LIG1P18858 PPIE-208ENST00000470213 927 ntTSL 3 BASIC19.18■□□□□ 0.66
LIG1P18858 NDUFB2-209ENST00000472695 503 ntTSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
LIG1P18858 S100A2-206ENST00000497140 697 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
LIG1P18858 AC093909.1-201ENST00000504731 1122 ntBASIC19.18■□□□□ 0.66
LIG1P18858 C12orf76-202ENST00000546627 461 ntTSL 4 BASIC19.18■□□□□ 0.66
LIG1P18858 AL589182.1-202ENST00000548416 533 ntTSL 4 BASIC19.18■□□□□ 0.66
LIG1P18858 TERC-201ENST00000602385 541 ntBASIC19.18■□□□□ 0.66
LIG1P18858 AC013467.2-201ENST00000605472 835 ntBASIC19.18■□□□□ 0.66
LIG1P18858 AC120114.3-201ENST00000611923 658 ntBASIC19.18■□□□□ 0.66
LIG1P18858 SCAP-201ENST00000265565 4394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
LIG1P18858 TRAPPC3-209ENST00000616395 1336 ntTSL 3 BASIC19.18■□□□□ 0.66
LIG1P18858 ARL8B-201ENST00000256496 3005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
LIG1P18858 CSNK1D-204ENST00000398519 1580 ntTSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
LIG1P18858 VASP-201ENST00000245932 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
LIG1P18858 LRRC57-204ENST00000563454 2407 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
LIG1P18858 CBX6-202ENST00000407418 6122 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
LIG1P18858 VAV2-202ENST00000371851 5101 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
LIG1P18858 ZNF514-201ENST00000295208 3011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
LIG1P18858 ARHGEF40-201ENST00000298694 5919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
LIG1P18858 AL596087.1-201ENST00000400979 1969 ntBASIC19.17■□□□□ 0.66
LIG1P18858 SGSH-201ENST00000326317 2784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
LIG1P18858 SEPT8-208ENST00000378721 1723 ntTSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
LIG1P18858 APH1A-204ENST00000414276 1718 ntTSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
LIG1P18858 LINC00887-203ENST00000429578 1717 ntTSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
LIG1P18858 RGN-203ENST00000397180 2257 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
LIG1P18858 AMZ2P1-202ENST00000430983 3425 ntTSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
LIG1P18858 C12orf65-201ENST00000253233 2073 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
LIG1P18858 KDM6A-212ENST00000543216 5655 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
LIG1P18858 HTD2-201ENST00000461393 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
LIG1P18858 ZNF423-206ENST00000563137 4911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
LIG1P18858 LGALS1-201ENST00000215909 560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
LIG1P18858 TMEM89-201ENST00000330862 662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
LIG1P18858 POM121L12-201ENST00000408890 1283 ntAPPRIS P1 BASIC19.17■□□□□ 0.66
LIG1P18858 AL590627.1-203ENST00000421194 1026 ntBASIC19.17■□□□□ 0.66
LIG1P18858 AC078883.2-201ENST00000441212 558 ntTSL 3 BASIC19.17■□□□□ 0.66
LIG1P18858 ABHD17A-204ENST00000590661 1079 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
LIG1P18858 AC243547.2-201ENST00000616257 234 ntTSL 3 BASIC19.17■□□□□ 0.66
LIG1P18858 FOXP1-223ENST00000622151 429 ntTSL 3 BASIC19.17■□□□□ 0.66
LIG1P18858 ARMC6-203ENST00000392336 1866 ntTSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
LIG1P18858 ZBTB7C-201ENST00000535628 4818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
LIG1P18858 TMEM216-201ENST00000334888 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
LIG1P18858 EGFR-203ENST00000344576 2864 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
LIG1P18858 DDX5-201ENST00000225792 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
LIG1P18858 CDKN1A-203ENST00000405375 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
LIG1P18858 CCDC59-201ENST00000256151 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
LIG1P18858 CLEC18A-202ENST00000393701 1955 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
LIG1P18858 PCBP3-204ENST00000400309 1986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
LIG1P18858 CLEC18C-203ENST00000541793 1955 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
LIG1P18858 LGALS12-201ENST00000255684 1667 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
LIG1P18858 SH2D2A-202ENST00000368199 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
LIG1P18858 GGT3P-204ENST00000453783 1664 ntBASIC19.17■□□□□ 0.66
LIG1P18858 RGS11-203ENST00000359740 1371 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
LIG1P18858 GID4-202ENST00000376345 1391 ntTSL 3 BASIC19.17■□□□□ 0.66
LIG1P18858 CACNA1H-206ENST00000565831 7815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
LIG1P18858 NID1-202ENST00000366595 5412 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
LIG1P18858 TRIM24-202ENST00000415680 3799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
LIG1P18858 IL12RB2-205ENST00000541374 3849 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
LIG1P18858 ADM-201ENST00000278175 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
LIG1P18858 TRMT2A-202ENST00000403707 2928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.7 ms