Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 CCND3-213ENST00000510503 1257 ntTSL 3 BASIC20.8■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 MIR3909-201ENST00000579518 119 ntBASIC20.8■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 LSM12-202ENST00000585388 942 ntTSL 3 BASIC20.8■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 ORC5-208ENST00000626700 344 ntTSL 3 BASIC20.8■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 CKMT1B-215ENST00000627381 1074 ntTSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 CPZ-203ENST00000382480 2538 ntTSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 PLXNB2-214ENST00000614805 1387 ntTSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 EXT2-202ENST00000358681 2997 ntTSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 THAP8-201ENST00000292894 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 HRAT92-201ENST00000452622 3506 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 SH2B1-206ENST00000545570 1488 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 THEM4-201ENST00000368814 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 DPP6-202ENST00000377770 3710 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 L2HGDH-202ENST00000267436 6414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 FAM46A-201ENST00000320172 5609 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 SGK3-206ENST00000520976 2483 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 RAVER2-202ENST00000371072 4362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 C5orf30-201ENST00000319933 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 RASA4-202ENST00000449970 2787 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 ZNF354C-201ENST00000315475 5411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 COQ8A-201ENST00000366777 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 HMGXB3-201ENST00000502717 4974 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 DNAJB2-201ENST00000336576 3176 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 RAB40C-205ENST00000539661 2609 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.79■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 ZNF623-201ENST00000458270 2733 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 CCDC28A-202ENST00000611852 1505 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 MUTYH-201ENST00000354383 1744 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 AD000671.3-202ENST00000591091 1712 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 RDH13-223ENST00000610356 1931 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 SPOP-201ENST00000347630 2965 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 LRRTM1-202ENST00000409148 2126 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.79■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 AC025678.2-201ENST00000562061 970 ntBASIC20.79■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 INO80E-210ENST00000567705 880 ntTSL 3 BASIC20.79■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 GNAO1-210ENST00000569295 930 ntTSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 AC108010.1-201ENST00000605862 1107 ntTSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 DHX33-202ENST00000433302 2225 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 QSOX1-201ENST00000367600 2519 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 RAB23-202ENST00000468148 4837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 NARF-206ENST00000457415 1668 ntTSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 RNF128-201ENST00000255499 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 PROC-201ENST00000234071 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 PRMT2-208ENST00000451211 1878 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 FBXO7-201ENST00000266087 2195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 PRDM5-212ENST00000515109 2259 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 H2AFV-201ENST00000222690 3804 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 LPAR5-202ENST00000431922 2695 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 NLGN2-201ENST00000302926 4642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 ADAMTSL5-201ENST00000330475 2857 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 MTA1-201ENST00000331320 2876 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 STARD3NL-204ENST00000434197 1341 ntTSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 PTK7-202ENST00000230419 4272 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 OSR2-209ENST00000522510 1528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 MAGI1-213ENST00000483466 4791 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 ARPC5-201ENST00000294742 1637 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 GALNT9-202ENST00000397325 1727 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 SMCHD1-201ENST00000320876 8821 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 MPP1-202ENST00000369534 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 AC009163.2-201ENST00000460606 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 SHISA6-202ENST00000409168 7262 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 AL139300.1-201ENST00000472726 2505 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 ULK3-201ENST00000440863 2623 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 CYP2U1-202ENST00000508453 3125 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 CHUK-201ENST00000370397 3625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 RUNX2-201ENST00000359524 5390 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 SNX9-201ENST00000392185 4198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 IRF5-215ENST00000619830 1652 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 NEO1-206ENST00000558964 4441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 GADD45B-201ENST00000215631 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 PENK-201ENST00000314922 1199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 RNF151-201ENST00000321392 786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 NUPR2-201ENST00000329309 603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 ALKBH6-202ENST00000378875 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 SUMO1-201ENST00000392244 831 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 IL32-205ENST00000396890 1067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 SUMO1-209ENST00000409712 761 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 RBPMS2P1-201ENST00000437762 623 ntBASIC20.78■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 RPS3A-212ENST00000514682 985 ntTSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 IL32-223ENST00000534507 1112 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 GSTO1-207ENST00000539281 1052 ntTSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 IL32-227ENST00000548652 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.78■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 IL32-233ENST00000552664 731 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC20.78■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 RNF151-203ENST00000569714 796 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 AC027307.2-201ENST00000591252 911 ntBASIC20.78■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 AC021097.1-201ENST00000607902 574 ntBASIC20.78■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 SWI5-206ENST00000608796 906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 AC243571.2-201ENST00000615265 628 ntTSL 3 BASIC20.78■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 NNAT-201ENST00000062104 1297 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 EML3-201ENST00000278845 3017 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 LTBP2-205ENST00000556690 5614 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 MOV10L1-201ENST00000262794 3960 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 ORMDL1-203ENST00000392350 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 AL132857.2-201ENST00000634305 1737 ntTSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 SEMA3B-204ENST00000433753 2755 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 ATP6AP2-225ENST00000637482 1648 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 EYA2-201ENST00000317304 1540 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 F10-202ENST00000375559 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 VEGFA-205ENST00000372067 3535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 TLE2-219ENST00000591529 2483 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 SEPHS1-202ENST00000378614 2387 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 BCAT2-209ENST00000599246 1449 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.8 ms