Protein–RNA interactions for Protein: Q8NDQ6

ZNF540, Zinc finger protein 540, humanhuman

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Length 660 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF540Q8NDQ6 CLEC18B-201ENST00000339953 1865 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 CLEC18C-202ENST00000536907 1865 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 TBC1D3P5-201ENST00000579401 1545 ntBASIC15.52■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 WIPF3-202ENST00000409123 3491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 AP001372.2-201ENST00000526036 2493 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 TNXB-208ENST00000611016 6083 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 CSNK2A1-203ENST00000400217 1451 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 AC105411.1-202ENST00000565050 1476 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 MTA1-203ENST00000406191 2770 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 CADPS2-205ENST00000449022 4073 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 TAOK3-201ENST00000392533 4384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 ZNF408-201ENST00000311764 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 USP3-AS1-201ENST00000558831 1784 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 TMEM237-202ENST00000409444 5592 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 TSC22D4-201ENST00000300181 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 CACFD1-201ENST00000291722 2688 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 LENG8-208ENST00000610347 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 TGIF1-205ENST00000401449 1670 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 CCDC40-201ENST00000269318 1970 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 SEPT5-204ENST00000406395 1974 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 ASB16-AS1-201ENST00000585457 2213 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 PEPD-201ENST00000244137 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 OSGIN1-203ENST00000393306 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 RAD51-203ENST00000423169 1611 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 C1QTNF1-208ENST00000580474 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 GBX2-203ENST00000551105 1307 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 ZMIZ2-202ENST00000309315 5144 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 SLC6A9-204ENST00000372307 2162 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 PLEKHN1-201ENST00000379407 2194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 AC012313.3-202ENST00000599109 3322 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 FTSJ1-202ENST00000348411 1892 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 POU4F3-201ENST00000230732 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 ZNF414-201ENST00000255616 1178 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 CGB7-201ENST00000377280 918 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 SUMF2-203ENST00000395435 1287 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 USHBP1-203ENST00000431146 2136 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 PTX4-202ENST00000440447 1117 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 AP001625.2-201ENST00000442605 575 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 ENO1-AS1-201ENST00000442636 456 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 TTTY14-203ENST00000447937 920 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 AC073111.4-202ENST00000486297 585 ntTSL 4 BASIC15.51■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 ACY1-210ENST00000494103 1298 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 TMEM33-208ENST00000513702 1092 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 AC009061.1-201ENST00000567261 475 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 MIR2117HG-201ENST00000588060 506 ntTSL 4 BASIC15.51■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 CCDC106-206ENST00000591241 1153 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 AL121894.2-201ENST00000602977 491 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 VPS72-207ENST00000640458 689 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 LINC00884-202ENST00000448892 2680 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 WNT8A-204ENST00000506684 1543 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 TAP2-205ENST00000620123 5676 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 C12orf65-201ENST00000253233 2073 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 GRB7-204ENST00000394211 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 CDIP1-209ENST00000567695 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 EIF2B4-212ENST00000622434 1771 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 CDSN-202ENST00000376288 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 TRIM67-202ENST00000444294 9320 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 ST14-201ENST00000278742 3539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 DUSP18-201ENST00000334679 2479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 DNAJB9-201ENST00000249356 2715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 CDK10-208ENST00000505473 1424 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 LONRF3-201ENST00000304778 2989 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 APPL1-201ENST00000288266 6058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 AC096667.1-201ENST00000640078 3465 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 MAP1LC3B-201ENST00000268607 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 RFK-201ENST00000376736 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 CEP170B-202ENST00000414716 6705 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 ZNF655-203ENST00000357864 1370 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 ZNF367-201ENST00000375256 3646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 PTPRN2-204ENST00000404321 1374 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 SCP2-213ENST00000528311 1896 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 PXN-207ENST00000536957 4112 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
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ZNF540Q8NDQ6 TPBG-201ENST00000369750 6484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 APP-204ENST00000357903 3543 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 TMEM222-201ENST00000374076 1599 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 CCDC85A-201ENST00000407595 3982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 AC021683.3-202ENST00000592572 4440 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 MRPL49-201ENST00000279242 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 SNX31-201ENST00000311812 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 LINC00599-203ENST00000519461 2922 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 LGALS3BP-218ENST00000591778 1961 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 PFN1-201ENST00000225655 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 AC004870.1-201ENST00000315132 882 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 ENSA-206ENST00000361631 725 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 CORT-201ENST00000377049 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 ISG15-201ENST00000379389 711 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 DRAXINP1-201ENST00000437611 948 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 FAAHP1-202ENST00000446499 1238 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 NDUFB9-202ENST00000517367 636 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 ISCU-208ENST00000539593 1071 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 AC109462.3-201ENST00000573934 613 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 LIMD2-211ENST00000583211 1298 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 TEN1-204ENST00000588202 862 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 MUTYH-201ENST00000354383 1744 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 TRIM13-204ENST00000420995 2607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 SIGLEC7-201ENST00000305628 1469 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 EYA2-208ENST00000497062 2384 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 MCM4-201ENST00000262105 4183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 DUOX1-201ENST00000321429 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
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