Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 AC025580.3-201ENST00000617932 1424 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
MSX1P28360 IRF1-202ENST00000405885 2061 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
MSX1P28360 TUBA4B-203ENST00000490341 1380 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
MSX1P28360 ASIC2-201ENST00000225823 3443 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
MSX1P28360 ATXN7-213ENST00000538065 6842 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
MSX1P28360 JPH2-202ENST00000372980 4787 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
MSX1P28360 NKIRAS1-206ENST00000425478 2014 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
MSX1P28360 EVPL-201ENST00000301607 6614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
MSX1P28360 REM2-202ENST00000536884 1331 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
MSX1P28360 ATXN2-219ENST00000550104 4648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
MSX1P28360 GRM5-205ENST00000455756 7927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
MSX1P28360 ABTB1-201ENST00000232744 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
MSX1P28360 ZNF423-206ENST00000563137 4911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
MSX1P28360 TBRG4-202ENST00000361278 1917 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
MSX1P28360 PDCD2L-201ENST00000246535 1171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
MSX1P28360 ATP23-201ENST00000300145 1245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
MSX1P28360 IFNL1-201ENST00000333625 857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
MSX1P28360 SNHG5-201ENST00000369605 1032 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
MSX1P28360 ID3-201ENST00000374561 1251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
MSX1P28360 SELENOH-201ENST00000388857 833 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
MSX1P28360 FALEC-201ENST00000416894 566 ntTSL 3 BASIC15.26■□□□□ 0.03
MSX1P28360 ACTG1P14-201ENST00000446382 1122 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
MSX1P28360 TSPAN32-207ENST00000451520 1236 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
MSX1P28360 FBXL21-206ENST00000495672 589 ntTSL 4 BASIC15.26■□□□□ 0.03
MSX1P28360 AP000344.2-201ENST00000512987 629 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
MSX1P28360 LEPROTL1-203ENST00000518001 589 ntTSL 4 BASIC15.26■□□□□ 0.03
MSX1P28360 BLOC1S1-201ENST00000547076 837 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
MSX1P28360 THTPA-204ENST00000554970 569 ntTSL 4 BASIC15.26■□□□□ 0.03
MSX1P28360 THTPA-206ENST00000556015 535 ntTSL 3 BASIC15.26■□□□□ 0.03
MSX1P28360 KRT19P2-202ENST00000557173 1012 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
MSX1P28360 ACY1-212ENST00000635797 1294 ntTSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
MSX1P28360 AVL9-201ENST00000318709 6982 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
MSX1P28360 GRAMD1B-214ENST00000635736 2814 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
MSX1P28360 SLC22A12-201ENST00000336464 1854 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
MSX1P28360 SEPT2-245ENST00000616972 3446 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
MSX1P28360 PODNL1-202ENST00000339560 2165 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
MSX1P28360 ESR2-201ENST00000267525 1518 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
MSX1P28360 IFNGR1-201ENST00000367739 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
MSX1P28360 LINC00595-204ENST00000434974 2692 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
MSX1P28360 DHRS1-201ENST00000288111 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
MSX1P28360 PARD3-201ENST00000340077 3518 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
MSX1P28360 OSGEP-201ENST00000206542 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
MSX1P28360 SLC9A3P2-201ENST00000447821 2021 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
MSX1P28360 COQ10A-202ENST00000433805 1410 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
MSX1P28360 GLRB-201ENST00000264428 3126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
MSX1P28360 SH2D2A-202ENST00000368199 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
MSX1P28360 ERO1A-201ENST00000395686 5285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
MSX1P28360 CNTRL-208ENST00000373865 1917 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
MSX1P28360 HRASLS5-206ENST00000540857 3032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
MSX1P28360 RETREG1-201ENST00000306320 3268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
MSX1P28360 ASAH1-231ENST00000636577 2129 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
MSX1P28360 RHD-207ENST00000454452 1303 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
MSX1P28360 HEYL-201ENST00000372852 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
MSX1P28360 FAM181B-201ENST00000329203 3924 ntAPPRIS P1 BASIC15.25■□□□□ 0.03
MSX1P28360 EN2-201ENST00000297375 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
MSX1P28360 CHGA-201ENST00000216492 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
MSX1P28360 CENPT-208ENST00000562787 2345 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
MSX1P28360 ACSM2A-213ENST00000575690 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
MSX1P28360 MON2-201ENST00000393629 5612 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
MSX1P28360 PRLH-201ENST00000165524 264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
MSX1P28360 ETNK1-202ENST00000335148 1083 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
MSX1P28360 PDLIM7-201ENST00000355572 977 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
MSX1P28360 CRLF2-202ENST00000381567 1013 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
MSX1P28360 AMACR-204ENST00000382085 1195 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
MSX1P28360 UBE2F-202ENST00000409332 1138 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
MSX1P28360 AC013270.1-201ENST00000425578 440 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
MSX1P28360 AP000695.1-201ENST00000429588 893 ntTSL 3 BASIC15.25■□□□□ 0.03
MSX1P28360 TM4SF19-204ENST00000454715 1061 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
MSX1P28360 AC074386.1-202ENST00000463561 864 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
MSX1P28360 LEKR1-211ENST00000498839 616 ntTSL 3 BASIC15.25■□□□□ 0.03
MSX1P28360 AP000892.1-201ENST00000504906 488 ntTSL 3 BASIC15.25■□□□□ 0.03
MSX1P28360 AC124067.2-201ENST00000521989 510 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
MSX1P28360 IL18BP-211ENST00000531053 853 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
MSX1P28360 CYB561D1-209ENST00000533024 913 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
MSX1P28360 ZNF773-202ENST00000593916 548 ntTSL 3 BASIC15.25■□□□□ 0.03
MSX1P28360 AC027612.4-201ENST00000605371 583 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
MSX1P28360 ZEB1-AS1-206ENST00000606250 573 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
MSX1P28360 NADSYN1-201ENST00000319023 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
MSX1P28360 TTC24-202ENST00000368237 1969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
MSX1P28360 FBXO4-202ENST00000296812 1731 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
MSX1P28360 GPSM3-206ENST00000375040 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
MSX1P28360 ASTN2-205ENST00000361209 4622 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
MSX1P28360 RAN-212ENST00000543796 2661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
MSX1P28360 MAPK11-201ENST00000330651 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
MSX1P28360 ADO-201ENST00000373783 3627 ntAPPRIS P1 BASIC15.25■□□□□ 0.03
MSX1P28360 GBGT1-204ENST00000372043 1935 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
MSX1P28360 AC087289.2-201ENST00000587267 1419 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
MSX1P28360 NBL1-213ENST00000622566 2109 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC15.25■□□□□ 0.03
MSX1P28360 JAK3-201ENST00000458235 5432 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
MSX1P28360 PHGDH-202ENST00000369409 1882 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
MSX1P28360 SCN3B-202ENST00000392770 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
MSX1P28360 CDIP1-207ENST00000564828 1636 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
MSX1P28360 PKLR-201ENST00000342741 2083 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
MSX1P28360 TPSAB1-202ENST00000461509 1357 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
MSX1P28360 TATDN3-214ENST00000532324 1381 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
MSX1P28360 FAM20A-205ENST00000592554 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
MSX1P28360 TMEM130-202ENST00000345589 2261 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
MSX1P28360 FOXS1-201ENST00000375978 1319 ntAPPRIS P1 BASIC15.24■□□□□ 0.03
MSX1P28360 STARD3NL-204ENST00000434197 1341 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
MSX1P28360 KCNMA1-201ENST00000286627 6194 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.1 ms