Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 FAM197Y5-201ENST00000423213 765 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 AL354761.2-202ENST00000430816 546 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 KLC4-205ENST00000458460 1251 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 IP6K1-203ENST00000460540 1260 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 GNAL-204ENST00000535121 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 NDRG4-247ENST00000568640 1281 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 AC123786.1-201ENST00000581626 661 ntTSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 SPECC1-223ENST00000584527 940 ntTSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 BTNL10-201ENST00000595971 695 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 TECR-207ENST00000596073 1170 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 SIGLEC29P-201ENST00000599873 1114 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 TECR-220ENST00000600083 1204 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 AL355974.2-201ENST00000614099 556 ntTSL 4 BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 AL355974.2-202ENST00000617298 936 ntTSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 AL033527.5-201ENST00000641382 801 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 ZNF839-202ENST00000442396 2987 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 CLCNKB-204ENST00000619181 1544 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 AKAP17A-201ENST00000313871 3204 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 ADARB1-201ENST00000348831 6882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 CFL1-203ENST00000525451 1878 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 UGP2-202ENST00000394417 2136 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 TAF6-211ENST00000453269 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 LEFTY2-201ENST00000366820 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 CHPF-203ENST00000535926 2634 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 PAQR6-214ENST00000613336 1599 ntTSL 3 BASIC18.21■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 REEP2-211ENST00000613650 1944 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 CREG2-201ENST00000324768 6383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 FGFR3-202ENST00000340107 4293 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 SH2B1-206ENST00000545570 1488 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 HOTAIR-201ENST00000424518 2421 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 NOC2LP1-202ENST00000452600 2235 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 TPR-209ENST00000613151 2478 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 TCAP-201ENST00000309889 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 NDUFS8-201ENST00000313468 791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 RPLP2-201ENST00000321153 781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 C2orf76-202ENST00000409466 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 PSORS1C3-201ENST00000412143 593 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 ABHD11-AS1-201ENST00000427153 662 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 WDR53-204ENST00000433160 887 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 USP32P1-208ENST00000506594 1164 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 AKIP1-211ENST00000534506 576 ntTSL 3 BASIC18.21■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 AC009133.2-201ENST00000566537 547 ntTSL 4 BASIC18.21■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 AC092337.1-201ENST00000568699 1129 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 AC120498.3-201ENST00000568884 542 ntTSL 4 BASIC18.21■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 AC129507.1-201ENST00000570711 1013 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 MRNIP-225ENST00000610475 810 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 MIR8072-201ENST00000614241 80 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 IMPDH1P4-201ENST00000445028 1534 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 RELL2-201ENST00000297164 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 CSK-201ENST00000220003 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 UBA6-AS1-201ENST00000498917 1445 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 JAK2-201ENST00000381652 5285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 ANKS1A-201ENST00000360359 6347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 RTKN2-203ENST00000395260 2076 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 ULBP2-201ENST00000367351 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 GFOD2-203ENST00000602377 1991 ntTSL 4 BASIC18.21■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 LINC01185-202ENST00000452343 1705 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 SHANK1-202ENST00000359082 6459 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 AZIN1-201ENST00000337198 4721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 AC020907.1-201ENST00000616460 1350 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 GTF2IP1-210ENST00000622829 3605 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 AKIP1-202ENST00000309357 1232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 STX1A-203ENST00000395155 783 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 THPO-202ENST00000421442 1132 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 HIST2H2BA-202ENST00000430394 752 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 VCX3B-204ENST00000453306 868 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 RHOA-206ENST00000454011 889 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 AP000345.1-201ENST00000454863 569 ntTSL 4 BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 OSGIN2-203ENST00000520659 801 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 FAM92A-214ENST00000522324 1072 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 AC087386.1-201ENST00000553658 572 ntTSL 4 BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 DIDO1-203ENST00000370366 2383 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 ELP4-219ENST00000639878 1583 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 RAB29-201ENST00000235932 1723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 PIGT-257ENST00000640210 1715 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 GATB-213ENST00000515812 1893 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 AC118553.2-203ENST00000639037 2590 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 DNM1-206ENST00000475805 2710 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 AC108860.2-201ENST00000562760 2183 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 GGT5-201ENST00000263112 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 SPAAR-202ENST00000443779 1612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 RUVBL1-201ENST00000322623 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 TUFM-201ENST00000313511 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 LONP1-201ENST00000360614 3236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 ING4-202ENST00000396807 1393 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 MARCH2-208ENST00000602117 1667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 PRSS23-201ENST00000280258 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 PFN2-201ENST00000239940 2261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 RGN-203ENST00000397180 2257 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 ARPC4-201ENST00000397261 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 BUD31-201ENST00000222969 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 PHLDA2-201ENST00000314222 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 SLC22A12-201ENST00000336464 1854 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 S100A16-201ENST00000368703 946 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 NRBP1-204ENST00000379863 2174 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 LSP1-202ENST00000381775 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 FOXRED2-203ENST00000397223 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 HLA-DQB1-204ENST00000399084 1734 ntAPPRIS P1 BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 RPS24-203ENST00000435275 656 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A1P12109 SYNPR-202ENST00000450542 1004 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29 ms