Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 LCE5A-201ENST00000334269 819 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 PHACTR1-202ENST00000379329 707 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 IGHV3-35-201ENST00000390617 366 ntAPPRIS P1 BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 SFTPC-202ENST00000437090 773 ntTSL 3 BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 TMEM225B-203ENST00000453227 1041 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 AC092910.3-201ENST00000484076 969 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 FADS2-205ENST00000517839 469 ntTSL 3 BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 BRF2-202ENST00000520601 1192 ntTSL 3 BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 CD74-212ENST00000524315 584 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 AC233702.7-201ENST00000536958 924 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 C19orf70-204ENST00000587950 655 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 LINC01703-202ENST00000602806 595 ntTSL 3 BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 AC068587.10-201ENST00000641210 219 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 MOAP1-201ENST00000298894 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 BFSP1-201ENST00000377868 2063 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 SDHA-204ENST00000504309 2067 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 UBL7-209ENST00000567435 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 SSC5D-201ENST00000389623 4845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 GDPD3-202ENST00000406256 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 TBXA2R-204ENST00000589966 1814 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 MUC1-228ENST00000620103 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 CD1E-212ENST00000368167 1458 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 OLA1-202ENST00000344357 1656 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 CHRFAM7A-202ENST00000397827 2794 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 MAP3K6-207ENST00000493901 4309 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 ACAP3-202ENST00000354700 3896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 TEFM-205ENST00000581216 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 ZNF76-202ENST00000339411 2447 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 GABRB2-202ENST00000353437 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 TOM1L2-209ENST00000540946 1420 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 PPP1R27-202ENST00000570394 1443 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 PGAP3-211ENST00000619169 2094 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 DAG1-221ENST00000541308 5676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 FRMD8P1-201ENST00000440433 1524 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 HGFAC-201ENST00000382774 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 AC068944.1-201ENST00000514855 1604 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 CAPN1-201ENST00000279247 3007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 FBXO4-202ENST00000296812 1731 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 C16orf58-202ENST00000430477 2471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 FIBIN-201ENST00000318627 1938 ntAPPRIS P1 BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 PRM2-201ENST00000241808 680 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 HAUS4P1-201ENST00000406739 1145 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 ESPNP-202ENST00000414828 571 ntTSL 3 BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 PRM2-202ENST00000435245 723 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 SVIL-AS1-208ENST00000446807 1007 ntTSL 3 BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 C8orf37-AS1-202ENST00000517655 562 ntTSL 4 BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 AC011499.1-201ENST00000586012 581 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 FAM171B-202ENST00000612606 940 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 NOP16-209ENST00000618911 1087 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 RCAN3-209ENST00000616511 2527 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 RNF146-201ENST00000309649 2624 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 PITPNM2-209ENST00000546049 1793 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 SLC25A48-201ENST00000274513 1880 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 EGFL6-202ENST00000380602 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 FN1-208ENST00000426059 2388 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 LARGE2-206ENST00000529052 2459 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 LMF1-AS1-202ENST00000569574 1408 ntTSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 PHYH-202ENST00000396913 1732 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 CLIP2-201ENST00000223398 5563 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 COBL-202ENST00000395540 2332 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 NEFHP1-201ENST00000412845 2629 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 RASA4B-201ENST00000306682 2589 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 PLD3-206ENST00000409587 2180 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 ACOT9-201ENST00000336430 1675 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 AC116353.5-201ENST00000638148 1699 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 GALE-216ENST00000617979 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 CTSB-219ENST00000530640 1389 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 PDE6D-201ENST00000287600 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 CCDC84-201ENST00000334418 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 NSL1-201ENST00000366976 722 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 HRAS-202ENST00000397594 1099 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 AC099754.1-201ENST00000435884 454 ntTSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 AL606534.2-205ENST00000437691 346 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 LIMS3-203ENST00000480744 1197 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 TMEM218-210ENST00000529609 734 ntTSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 RRP7BP-205ENST00000566851 833 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 NAA38-207ENST00000576861 556 ntTSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 AC012615.4-201ENST00000586694 607 ntTSL 4 BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 RPSAP52-203ENST00000622976 1023 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 MIDN-206ENST00000591446 3243 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 TMEM155-201ENST00000337677 2313 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 CFAP45-201ENST00000368099 1842 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 SCNN1D-201ENST00000325425 2679 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 TRPV4-208ENST00000544971 2295 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 AC068446.2-201ENST00000500487 2165 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 AC008764.6-201ENST00000595909 2069 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 MTFR2-203ENST00000420702 1793 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 HIC1-202ENST00000399849 3156 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 NOMO1-201ENST00000287667 4355 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 TSHZ3-201ENST00000240587 5176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 MLLT1-201ENST00000252674 4507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 PLEKHG5-212ENST00000537245 4794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 NCAPH2-202ENST00000395698 1388 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 FAHD2B-202ENST00000414820 1388 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 MCM3AP-AS1-202ENST00000420074 1947 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 CYP2W1-202ENST00000340150 2361 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 CITED2-201ENST00000367651 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 TMEM26-AS1-201ENST00000389640 863 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 IGLV2-23-201ENST00000390306 502 ntAPPRIS P1 BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL6A1P12109 BCYRN1-201ENST00000418539 200 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.9 ms