Protein–RNA interactions for Protein: O75351

VPS4B, Vacuolar protein sorting-associated protein 4B, humanhuman

Predictions only

Length 444 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4BO75351 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS4BO75351 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS4BO75351 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS4BO75351 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS4BO75351 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS4BO75351 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS4BO75351 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS4BO75351 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS4BO75351 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS4BO75351 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS4BO75351 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS4BO75351 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS4BO75351 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS4BO75351 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS4BO75351 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS4BO75351 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS4BO75351 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS4BO75351 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS4BO75351 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS4BO75351 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS4BO75351 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS4BO75351 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS4BO75351 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS4BO75351 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS4BO75351 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS4BO75351 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS4BO75351 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS4BO75351 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS4BO75351 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS4BO75351 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS4BO75351 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS4BO75351 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS4BO75351 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS4BO75351 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS4BO75351 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS4BO75351 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS4BO75351 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS4BO75351 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS4BO75351 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS4BO75351 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS4BO75351 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS4BO75351 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS4BO75351 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS4BO75351 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS4BO75351 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS4BO75351 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS4BO75351 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS4BO75351 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS4BO75351 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS4BO75351 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS4BO75351 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS4BO75351 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS4BO75351 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS4BO75351 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS4BO75351 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS4BO75351 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS4BO75351 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS4BO75351 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS4BO75351 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS4BO75351 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS4BO75351 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS4BO75351 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS4BO75351 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS4BO75351 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS4BO75351 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS4BO75351 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS4BO75351 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS4BO75351 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS4BO75351 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS4BO75351 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS4BO75351 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS4BO75351 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS4BO75351 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS4BO75351 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS4BO75351 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS4BO75351 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS4BO75351 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS4BO75351 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS4BO75351 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS4BO75351 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS4BO75351 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS4BO75351 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS4BO75351 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS4BO75351 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS4BO75351 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS4BO75351 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS4BO75351 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS4BO75351 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS4BO75351 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS4BO75351 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS4BO75351 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS4BO75351 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS4BO75351 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS4BO75351 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS4BO75351 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS4BO75351 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS4BO75351 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS4BO75351 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS4BO75351 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
VPS4BO75351 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.5 ms