Protein–RNA interactions for Protein: O60902

SHOX2, Short stature homeobox protein 2, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 331 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHOX2O60902 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SHOX2O60902 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SHOX2O60902 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SHOX2O60902 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
SHOX2O60902 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
SHOX2O60902 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
SHOX2O60902 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SHOX2O60902 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
SHOX2O60902 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SHOX2O60902 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SHOX2O60902 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
SHOX2O60902 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SHOX2O60902 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SHOX2O60902 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SHOX2O60902 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SHOX2O60902 PDE5A-201ENST00000264805 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SHOX2O60902 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SHOX2O60902 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SHOX2O60902 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SHOX2O60902 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SHOX2O60902 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SHOX2O60902 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SHOX2O60902 AL024507.2-201ENST00000606070 2574 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
SHOX2O60902 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SHOX2O60902 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SHOX2O60902 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SHOX2O60902 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SHOX2O60902 HABP4-201ENST00000375249 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SHOX2O60902 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
SHOX2O60902 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SHOX2O60902 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
SHOX2O60902 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SHOX2O60902 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
SHOX2O60902 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SHOX2O60902 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
SHOX2O60902 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
SHOX2O60902 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
SHOX2O60902 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
SHOX2O60902 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
SHOX2O60902 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
SHOX2O60902 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
SHOX2O60902 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
SHOX2O60902 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
SHOX2O60902 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
SHOX2O60902 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
SHOX2O60902 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
SHOX2O60902 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
SHOX2O60902 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC24■■□□□ 1.43
SHOX2O60902 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC23.99■■□□□ 1.43
SHOX2O60902 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
SHOX2O60902 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
SHOX2O60902 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
SHOX2O60902 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
SHOX2O60902 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
SHOX2O60902 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
SHOX2O60902 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
SHOX2O60902 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
SHOX2O60902 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC23.98■■□□□ 1.43
SHOX2O60902 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
SHOX2O60902 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
SHOX2O60902 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
SHOX2O60902 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
SHOX2O60902 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
SHOX2O60902 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
SHOX2O60902 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
SHOX2O60902 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
SHOX2O60902 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
SHOX2O60902 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
SHOX2O60902 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
SHOX2O60902 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
SHOX2O60902 OSBPL5-208ENST00000478260 2653 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
SHOX2O60902 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
SHOX2O60902 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
SHOX2O60902 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
SHOX2O60902 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
SHOX2O60902 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
SHOX2O60902 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
SHOX2O60902 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
SHOX2O60902 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
SHOX2O60902 NKX3-2-201ENST00000382438 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
SHOX2O60902 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
SHOX2O60902 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
SHOX2O60902 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
SHOX2O60902 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
SHOX2O60902 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
SHOX2O60902 FAM83D-201ENST00000619304 2475 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
SHOX2O60902 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
SHOX2O60902 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
SHOX2O60902 GAS1-201ENST00000298743 2827 ntAPPRIS P1 BASIC23.94■■□□□ 1.42
SHOX2O60902 LY6K-201ENST00000292430 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
SHOX2O60902 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
SHOX2O60902 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
SHOX2O60902 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
SHOX2O60902 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
SHOX2O60902 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
SHOX2O60902 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC23.93■■□□□ 1.42
SHOX2O60902 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
SHOX2O60902 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
SHOX2O60902 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
SHOX2O60902 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC23.93■■□□□ 1.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.3 ms