Protein–RNA interactions for Protein: Q12996

CSTF3, Cleavage stimulation factor subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 717 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CSTF3Q12996 SSBP1-215ENST00000612337 884 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 ASAH1-231ENST00000636577 2129 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 ATP6AP2-220ENST00000636970 1187 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 ESPNL-201ENST00000343063 4836 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 NAIF1-201ENST00000373078 3399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 DOC2GP-204ENST00000639052 2548 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 SSPN-201ENST00000242729 2788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 FUS-201ENST00000254108 5119 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 ACTRT2-201ENST00000378404 1421 ntAPPRIS P1 BASIC16.17■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 RBM14-202ENST00000393979 1426 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 PANK4-201ENST00000378466 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 ARL5B-201ENST00000377275 7196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 PRDM8-201ENST00000339711 4095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 LINC00894-202ENST00000425602 1597 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 LTF-203ENST00000426532 2494 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 AHDC1-201ENST00000247087 6334 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 SLC43A3-203ENST00000395124 2617 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 MBNL1-202ENST00000282488 6458 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 RAB31-207ENST00000578921 4055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 FLVCR1-AS1-201ENST00000356684 2525 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 HLA-F-216ENST00000259951 1635 ntAPPRIS P4 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 NCAPH2-205ENST00000420993 2037 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 C2orf81-206ENST00000640868 2407 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 MFSD11-202ENST00000355954 2832 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 RANBP3-201ENST00000034275 1762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 SEPT9-237ENST00000591198 2160 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 ST3GAL2-201ENST00000342907 4450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 AC006449.5-201ENST00000610658 2098 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 FBXO4-201ENST00000281623 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 MIR202HG-201ENST00000300167 384 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 LYPLA2-204ENST00000374505 907 ntTSL 3 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 TIMM17B-202ENST00000396779 1099 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 ODF3B-202ENST00000401779 869 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 ODF3B-203ENST00000403326 643 ntTSL 3 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 LINC02247-201ENST00000417135 743 ntTSL 3 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 MPIG6B-210ENST00000480039 790 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 TTLL12-204ENST00000494035 888 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 AC073648.2-201ENST00000510116 352 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 AP001107.6-201ENST00000526655 516 ntTSL 3 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 BMF-207ENST00000559701 630 ntTSL 3 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 AC022150.1-201ENST00000599222 640 ntTSL 3 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 AL022328.2-201ENST00000608016 640 ntTSL 3 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 TMEM178A-206ENST00000618232 1286 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 GRTP1-205ENST00000620217 1073 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 AC012313.10-201ENST00000623509 926 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 FAM238C-204ENST00000640224 1268 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 HS6ST2-204ENST00000521489 2607 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 MFSD1-202ENST00000392813 2244 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 ZNF346-202ENST00000503039 2774 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 CCDC94-201ENST00000262962 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 TNFAIP3-207ENST00000614035 1430 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 C2orf54-203ENST00000402775 1958 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 CYP2T1P-202ENST00000641596 2535 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 GSK3B-201ENST00000264235 7711 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 TBC1D1-203ENST00000402522 1567 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 RAN-212ENST00000543796 2661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 KIAA0319L-201ENST00000325722 4789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 LINC01215-201ENST00000607746 2592 ntTSL 3 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 FAM208A-201ENST00000355628 5239 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 CCT6A-202ENST00000335503 2529 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 LILRA6-201ENST00000245621 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 NFIX-214ENST00000592199 1509 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 DISC1-209ENST00000439617 7059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 NEO1-207ENST00000560262 4315 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 PCIF1-201ENST00000372409 2747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 PPIB-201ENST00000300026 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 DNAH14-205ENST00000366850 1103 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 CALCR-207ENST00000426151 1741 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 KRT18P27-201ENST00000427733 1299 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 AQP12A-202ENST00000429564 1110 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 ABCF3-203ENST00000429586 2624 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 PMS1-213ENST00000441310 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 LINC01615-202ENST00000449466 603 ntTSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 PRMT2-208ENST00000451211 1878 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 SLC25A6P2-201ENST00000497974 877 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 OR7E14P-202ENST00000530490 1290 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 MIR4492-201ENST00000581627 80 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 AC018529.2-201ENST00000612024 828 ntTSL 4 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 SMN2-213ENST00000614240 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 GGTLC5P-201ENST00000617623 998 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 AC092902.2-205ENST00000622381 394 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 ACSL3-201ENST00000357430 5679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 SPOCK2-202ENST00000373109 5445 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 GNE-202ENST00000396594 5298 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 ACOT12-201ENST00000307624 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 RNF31-201ENST00000324103 3627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 PAX3-207ENST00000409551 1782 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 EPHX1-206ENST00000614058 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 CBWD5-204ENST00000377392 2863 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 ADGRA1-202ENST00000392607 4283 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 TOM1L1-204ENST00000570371 2442 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 MTCL1-203ENST00000400050 6042 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 ACE-204ENST00000428043 5120 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 ADD1-201ENST00000264758 4045 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 TRMT44-201ENST00000389737 2799 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 MAGI1-202ENST00000402939 4389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 IGHM-202ENST00000637539 1683 ntAPPRIS P5 BASIC16.14■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 KLC1-212ENST00000553286 3135 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 MYEOV-203ENST00000535407 2306 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.18
CSTF3Q12996 LINC02370-201ENST00000428272 2009 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.9 ms