Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 LINC02415-201ENST00000508505 1315 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP28Q96RU2 F3-202ENST00000370207 1879 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP28Q96RU2 DUSP18-206ENST00000407308 1978 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP28Q96RU2 TNFAIP3-207ENST00000614035 1430 ntTSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP28Q96RU2 AP001189.5-201ENST00000637683 1413 ntTSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP28Q96RU2 C3orf58-201ENST00000315691 4346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP28Q96RU2 IKBIP-201ENST00000299157 3189 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP28Q96RU2 EPN1-203ENST00000411543 2621 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP28Q96RU2 WDR4-201ENST00000330317 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP28Q96RU2 RGS3-206ENST00000374136 2092 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP28Q96RU2 AL162727.3-201ENST00000635661 2787 ntBASIC19.15■□□□□ 0.66
USP28Q96RU2 KCNJ12-201ENST00000331718 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP28Q96RU2 CDK13-201ENST00000181839 7298 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP28Q96RU2 ZDHHC13-201ENST00000399351 2283 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.66
USP28Q96RU2 FLJ31104-201ENST00000500093 2289 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.66
USP28Q96RU2 AC100830.1-201ENST00000560387 1609 ntTSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.66
USP28Q96RU2 FAM208A-209ENST00000493960 5600 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.66
USP28Q96RU2 ATP5S-201ENST00000245448 1671 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.66
USP28Q96RU2 AC022188.1-201ENST00000620960 1664 ntBASIC19.14■□□□□ 0.66
USP28Q96RU2 RCAN3-210ENST00000618490 2386 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.66
USP28Q96RU2 NCAPD2-201ENST00000315579 5548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 WDR13-202ENST00000376729 5469 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 KCNAB2-205ENST00000378092 1202 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 DNASE1L2-202ENST00000382437 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 NPY-203ENST00000407573 705 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 MYCNOS-201ENST00000419083 770 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 AL109741.1-201ENST00000432195 403 ntTSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 DUSP5P1-201ENST00000441325 1139 ntBASIC19.14■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 AC080013.1-203ENST00000468242 720 ntTSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 AC069287.3-201ENST00000527297 589 ntTSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 AC068389.2-201ENST00000529518 430 ntTSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 AL121820.2-201ENST00000556301 279 ntTSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 AC133919.2-201ENST00000565965 589 ntTSL 4 BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 METRN-205ENST00000568415 612 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 PCDH7-201ENST00000361762 6403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 AFG3L2-201ENST00000269143 3247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 CXorf40B-205ENST00000462691 1440 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 LY6E-207ENST00000520466 1419 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 ZMYM3-202ENST00000373978 1511 ntTSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 HOXA5-201ENST00000222726 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 PACS1-209ENST00000529757 1688 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 RUSC1-209ENST00000471876 1749 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 OPRK1-205ENST00000612786 5196 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 FGD4-212ENST00000534526 2977 ntTSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 TUBA1C-201ENST00000301072 3001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 CMKLR1-204ENST00000550402 1893 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 SLC27A6-201ENST00000262462 3219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 ABTB1-201ENST00000232744 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 AL596087.1-201ENST00000400979 1969 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 ASTN2-205ENST00000361209 4622 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 SLC5A6-203ENST00000408041 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 SHISA5-208ENST00000442747 2250 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 ZDHHC20-202ENST00000382466 5338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 INS-201ENST00000250971 503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 ZNHIT1-201ENST00000305105 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 RPUSD3-201ENST00000383820 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 POMC-203ENST00000395826 959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 HNRNPDP1-201ENST00000439535 754 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 TXNRD2-212ENST00000485358 850 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 OR7E14P-202ENST00000530490 1290 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 RAP1B-229ENST00000543393 874 ntTSL 3 BASIC19.13■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 BMF-207ENST00000559701 630 ntTSL 3 BASIC19.13■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 SAXO2-206ENST00000566205 340 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 IFT20-215ENST00000585313 852 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC19.13■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 LINC01711-201ENST00000598340 967 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 PLAUR-214ENST00000601723 1205 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 GIMAP1-201ENST00000307194 4420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 RBM4-204ENST00000408993 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 PUF60-201ENST00000313352 1804 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 ZP3-204ENST00000416245 1846 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 FAM49B-202ENST00000517654 1817 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 FRS2-206ENST00000549921 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 AL365203.3-201ENST00000609742 2057 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 ORMDL3-201ENST00000304046 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 SPATS2L-202ENST00000360760 2119 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 C14orf93-202ENST00000341470 2221 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 AL512625.1-201ENST00000305709 2541 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 JADE2-201ENST00000282605 2748 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 BTC-201ENST00000395743 2816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 PAUPAR-201ENST00000630360 2965 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 UAP1L1-202ENST00000409858 3365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 VIPR2-201ENST00000262178 3944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 ADGRB2-202ENST00000373658 5414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 DHX36-202ENST00000329463 2985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 ZBTB9-201ENST00000395064 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 CARS-203ENST00000397111 2685 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 THOC5-202ENST00000397871 2560 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 GLS2-217ENST00000623608 2518 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 VPS16-203ENST00000380469 2318 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 AL136309.2-201ENST00000427049 2277 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 ADORA1-203ENST00000367235 2219 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 SNAI2-201ENST00000020945 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 FUT5-201ENST00000252675 1916 ntAPPRIS P1 BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 LHCGR-203ENST00000403273 1921 ntTSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 GPER1-206ENST00000617001 1900 ntTSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 TXNDC2-201ENST00000306084 1873 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 FBXL12-206ENST00000588922 1843 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 PHRF1-202ENST00000413872 5224 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 TMEM101-201ENST00000206380 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP28Q96RU2 AL353732.1-201ENST00000569618 1459 ntBASIC19.12■□□□□ 0.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.5 ms