Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 PRDM5-203ENST00000428209 2338 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 WWTR1-204ENST00000467467 1603 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 TNNC2-202ENST00000372557 780 ntTSL 3 BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 DANCR-201ENST00000411630 904 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 RBPMS2P1-201ENST00000437762 623 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 AL451067.1-201ENST00000453111 394 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 C8orf46-213ENST00000521495 557 ntTSL 4 BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 VPS29-207ENST00000549970 818 ntTSL 3 BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 TSFM-210ENST00000550559 897 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 DUX4L27-201ENST00000554796 1261 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 PRR29-209ENST00000582540 967 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 TMC6-202ENST00000322914 2786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 PHYH-202ENST00000396913 1732 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 CLDN5-202ENST00000406028 2548 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 ZFPL1-201ENST00000294258 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 TTBK2-208ENST00000622375 6891 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 DIABLO-206ENST00000443649 2250 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 PML-220ENST00000569477 2251 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 CMIP-201ENST00000398040 2825 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 NOL4L-205ENST00000375678 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 LSP1-202ENST00000381775 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 FAM184A-201ENST00000338891 4141 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 CHST11-205ENST00000549260 5696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 SELENBP1-201ENST00000368868 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 STRADA-254ENST00000640999 2336 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 ZFP1-208ENST00000568079 1426 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 ELL2-201ENST00000237853 6046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 ULK3-201ENST00000440863 2623 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 FRMD8P1-201ENST00000440433 1524 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 KCNA2-201ENST00000316361 2827 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 BDKRB2-201ENST00000539359 1600 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 BBS5-202ENST00000392663 3107 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 VPS26A-202ENST00000373382 3229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 CENPM-201ENST00000215980 966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 NUDT4P1-201ENST00000322209 1206 ntAPPRIS P1 BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 WWTR1-201ENST00000360632 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 UGGT2-202ENST00000376714 1233 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 CXCL1-201ENST00000395761 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 PMS2P4-201ENST00000412466 1052 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 GRTP1-AS1-201ENST00000419199 867 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 MTRF1LP2-201ENST00000506027 1122 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 AC091053.1-201ENST00000529883 744 ntTSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 AC087641.1-201ENST00000557561 1021 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 AC091167.2-201ENST00000579581 588 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 C19orf33-202ENST00000588605 520 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 UGGT2-212ENST00000621375 1004 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 UGGT2-213ENST00000638479 1010 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 SMOX-205ENST00000379460 2230 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 RAD51D-201ENST00000335858 1353 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 TSSK3-201ENST00000373534 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 ZNF414-202ENST00000393927 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 VSIG10L2-202ENST00000638636 2304 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 HDAC10-222ENST00000626012 2607 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 OVOL1-203ENST00000532448 1774 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 RABGGTA-201ENST00000216840 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 BFSP1-201ENST00000377868 2063 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 UNC119-204ENST00000470125 2050 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 RGL3-202ENST00000393423 2278 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 DCLK2-204ENST00000506325 2298 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 MAP3K9-206ENST00000555993 4449 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 SIL1-213ENST00000509534 1714 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 AC131009.4-201ENST00000624048 1740 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 B4GALNT2-201ENST00000300404 1906 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 RNF121-203ENST00000393713 2132 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 AP1S2-201ENST00000329235 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 PCDHA6-202ENST00000527624 2231 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 SBF2-AS1-201ENST00000498905 2709 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 INPP4A-204ENST00000409540 3231 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 SMARCC2-202ENST00000347471 3839 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 DPF2-205ENST00000528416 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 FBXO7-201ENST00000266087 2195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 RGS3-206ENST00000374136 2092 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 ZNF264-202ENST00000536056 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 PROC-201ENST00000234071 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 NPM1-201ENST00000296930 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 LINC02167-203ENST00000566900 1489 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 RNU1-129P-201ENST00000384064 167 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 CYB5A-203ENST00000397914 619 ntTSL 3 BASIC16.19■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 AL022316.1-201ENST00000428765 572 ntTSL 4 BASIC16.19■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 YAE1D1-202ENST00000432096 968 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 LAMTOR4-206ENST00000473459 720 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 AC067863.1-201ENST00000494933 530 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 COX5A-203ENST00000564811 568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 IFT20-209ENST00000579419 787 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC16.19■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 U1.21-201ENST00000580816 167 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 AL031055.1-201ENST00000606362 631 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 WNT1-202ENST00000613114 1278 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 GRIFIN-202ENST00000614228 461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 AP001350.2-201ENST00000625104 1094 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 ZNF302-202ENST00000446502 2635 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 HSF2-202ENST00000452194 2643 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 LRFN3-201ENST00000246529 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 ATAD3A-207ENST00000536055 2332 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 CORO6-210ENST00000580212 2345 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 SLC39A1-211ENST00000621013 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 DAPK1-202ENST00000408954 5892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 WRAP53-203ENST00000431639 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 WRAP53-204ENST00000457584 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 SELENOF-208ENST00000616787 1835 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 CREB3L1-206ENST00000621158 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.4 ms