Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 PCDHB18P-201ENST00000524813 2368 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 RGS3-211ENST00000462403 2155 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 AC012569.1-201ENST00000591191 1524 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 C8orf34-206ENST00000518698 2223 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 FZD4-201ENST00000531380 7383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 SPERT-201ENST00000310521 1613 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 PACS2-205ENST00000547217 2809 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 SPNS1-202ENST00000323081 2102 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 CHRM2-201ENST00000320658 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 AC068446.2-201ENST00000500487 2165 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 RCAN3-202ENST00000374395 6802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 TK2-201ENST00000299697 5114 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 TMCO1-207ENST00000580248 1735 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 NOL4-211ENST00000589544 2221 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 KLHL42-201ENST00000381271 6703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 TXNL4A-201ENST00000269601 3504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 PAX7-201ENST00000375375 2260 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 KRCC1-201ENST00000347055 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 CIB3-201ENST00000269878 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 METTL26-202ENST00000338401 544 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 FOLR3-201ENST00000442948 805 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 APBB2-208ENST00000504305 1274 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 VPS29-207ENST00000549970 818 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 AC015911.4-201ENST00000588022 1070 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 CEP104-202ENST00000378230 6424 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 ZDHHC8P1-204ENST00000433168 2309 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 MB21D2-201ENST00000392452 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 AKAP8P1-201ENST00000434743 1349 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 TVP23C-204ENST00000438826 1852 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 VARS-215ENST00000375663 4312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 HNRNPM-217ENST00000620401 2458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 AC116353.5-201ENST00000638148 1699 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 RAB33B-201ENST00000305626 4562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 LRP10-201ENST00000359591 6886 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 NR2F1-201ENST00000327111 3732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 STRN4-204ENST00000539396 2608 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 PARD3-201ENST00000340077 3518 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 NPM1-201ENST00000296930 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 TPT1-AS1-215ENST00000522673 1519 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 MFSD14A-201ENST00000370152 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 RGPD8-201ENST00000302558 5576 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 ZNF394-201ENST00000337673 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 UBAP1-203ENST00000379186 2524 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 C19orf54-203ENST00000470681 2521 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 FOXD4L4-201ENST00000377413 2230 ntAPPRIS P1 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 YIF1B-201ENST00000329420 964 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 AL354836.1-201ENST00000414042 681 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 BAX-206ENST00000415969 540 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 TSPAN32-207ENST00000451520 1236 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 AL355140.1-201ENST00000457328 398 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 LHX6-205ENST00000464484 666 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 AC069335.1-201ENST00000489972 472 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 VASH2-211ENST00000517399 1068 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 WNT1-202ENST00000613114 1278 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 SFN-201ENST00000339276 1320 ntAPPRIS P1 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 CRYM-AS1-201ENST00000338573 1661 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 TRIM50-201ENST00000333149 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 ANKHD1-EIF4EBP3-203ENST00000532219 8246 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 UBAC2-203ENST00000403766 1375 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 RSPH6A-201ENST00000221538 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 OCIAD1-213ENST00000508293 1423 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 MFSD2B-202ENST00000406420 1528 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 SNAPC4-201ENST00000298532 5010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 UBE2D2-202ENST00000398733 2702 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 BANP-223ENST00000538234 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 UBR3-201ENST00000272793 8005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 CDK11A-203ENST00000357760 2446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 CDK11A-204ENST00000358779 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 CDK11A-206ENST00000378638 2429 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 CDK11A-208ENST00000404249 2449 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 JPT1-209ENST00000482348 1614 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 USP45-201ENST00000327681 6255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 PRR15-201ENST00000319694 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 AL035633.1-201ENST00000406139 838 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 GRTP1-AS1-201ENST00000419199 867 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 FAM58DP-201ENST00000428076 619 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 YAE1D1-202ENST00000432096 968 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 CNN2P2-201ENST00000443536 909 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 CNN2P3-201ENST00000450201 906 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 IGHV3-62-201ENST00000520057 340 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 AC064807.1-203ENST00000520357 575 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 OTUB2-202ENST00000553723 708 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 DUT-210ENST00000559935 569 ntTSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 AL009183.1-201ENST00000603760 355 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 AL136317.3-201ENST00000618497 906 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 AC026954.2-202ENST00000575474 2571 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 MADCAM1-204ENST00000587541 1723 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 NETO1-201ENST00000327305 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 KDM1A-202ENST00000400181 3059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 CCDC91-220ENST00000545336 2738 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 SPRED2-206ENST00000443619 1800 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 HMOX2-217ENST00000619528 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 TLE2-217ENST00000590536 2344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 AC106820.2-201ENST00000563775 3264 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 A4GALT-202ENST00000381278 1935 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 ETNK2-202ENST00000367201 2431 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 AL139398.1-201ENST00000638795 1529 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 AC141586.5-201ENST00000624546 2050 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 ASTN2-202ENST00000313400 4747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 RPAP3-203ENST00000432584 2133 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.6 ms