Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 KRT8P44-201ENST00000441609 1350 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 BCS1L-205ENST00000412366 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 KLK3-201ENST00000326003 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 PNCK-202ENST00000370142 1525 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 RPS5-202ENST00000596046 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 ASGR1-208ENST00000574388 1552 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 SLC35A1-202ENST00000369556 1720 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 MADCAM1-204ENST00000587541 1723 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 AC131009.4-201ENST00000624048 1740 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 NEIL1-221ENST00000569035 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 HS6ST2-203ENST00000406696 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 DEF8-225ENST00000569453 1852 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 CBX1-202ENST00000393408 2422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 CDK11A-205ENST00000378633 2458 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 KLHL40-201ENST00000287777 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 ENTPD6-201ENST00000354989 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 PAX1-201ENST00000398485 2838 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 FBXO41-204ENST00000520530 3293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 DLC1-203ENST00000358919 4392 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 TMEM235-201ENST00000374946 2409 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 FLT1-201ENST00000282397 7092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 POLR2C-201ENST00000219252 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 TRIM63-201ENST00000374272 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 TOM1-201ENST00000382034 1300 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 MRGPRD-201ENST00000309106 966 ntAPPRIS P1 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 GSTO1-201ENST00000369710 900 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 AL080243.2-201ENST00000418783 582 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 AL157832.1-201ENST00000428273 495 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 GALT-202ENST00000450095 1280 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 C19orf24-202ENST00000469144 668 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 STARD4-205ENST00000505803 803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 STARD4-207ENST00000509887 1186 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 AC055876.2-201ENST00000531834 546 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 C12orf10-204ENST00000548632 988 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 FAM171B-202ENST00000612606 940 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 PARD3-205ENST00000374773 3420 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 PGM5-202ENST00000396396 3338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 AP003356.1-202ENST00000517910 2770 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 ATRIP-203ENST00000357105 2403 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 CITED2-201ENST00000367651 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 PSAP-205ENST00000610929 1969 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 INVS-203ENST00000374921 1654 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 IRF5-215ENST00000619830 1652 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 PTPA-204ENST00000355007 2515 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 ZNF274-203ENST00000424679 2539 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 EI24-201ENST00000278903 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 ZFP1-208ENST00000568079 1426 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 ADRA1A-206ENST00000380586 2304 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 RPS5-201ENST00000196551 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 SCAND1-201ENST00000305978 902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 AGER-204ENST00000375067 1250 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 STARD13-205ENST00000439831 945 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 AC006001.2-201ENST00000448096 393 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 RAB35-202ENST00000534951 939 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 MAX-210ENST00000555419 765 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 ORC6-206ENST00000568364 888 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 LINC00896-202ENST00000609602 2128 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 AC092811.2-201ENST00000632561 559 ntTSL 4 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 AAED1-201ENST00000375234 2863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 RBM24-202ENST00000379052 2703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 SLC2A8-202ENST00000373360 1937 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 PLCXD1-202ENST00000381663 1863 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 ATP6V1D-201ENST00000216442 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 PCBP4-210ENST00000471622 1784 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 ADORA2A-214ENST00000611543 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 CCDC105-201ENST00000292574 1732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 STPG3-AS1-201ENST00000612170 1701 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 EDN3-204ENST00000371028 2397 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 MYO19-225ENST00000621344 1640 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 FOXI3-201ENST00000428390 2804 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 HSPB8-201ENST00000281938 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 CLDND1-204ENST00000394185 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 BHMT2-205ENST00000521567 1537 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 DDX42-202ENST00000389924 3939 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 PLSCR4-204ENST00000446574 1442 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 GPC2-201ENST00000292377 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 TEX19-201ENST00000333437 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 POLR3E-209ENST00000564209 2464 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 PPP1R18-201ENST00000274853 4599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 PPP1R18-205ENST00000615527 4597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 CYB5R2-204ENST00000524790 1338 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 AL138781.2-201ENST00000617896 1843 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 ZNF517-201ENST00000359971 2335 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 RAPGEF5-203ENST00000405243 2800 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 LYPLA2-201ENST00000374501 1117 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 C11orf88-202ENST00000375618 712 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 TEX26-AS1-201ENST00000411835 1203 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 HLA-DPB2-205ENST00000435074 1188 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 CROCCP4-201ENST00000457096 498 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 OBP2A-206ENST00000539850 914 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 AL928654.4-206ENST00000551180 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 AL163974.1-201ENST00000554540 466 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 AC123786.1-201ENST00000581626 661 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 AC111170.2-201ENST00000585369 768 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 CTBP2P3-201ENST00000585629 1255 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 RNF34-202ENST00000392464 1722 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 FBXO15-201ENST00000419743 1708 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 MPP5-201ENST00000261681 5552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 SLC29A1-202ENST00000371713 2168 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 ZNF12-204ENST00000405858 5051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 71.3 ms