Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 EFHD1-202ENST00000409613 1156 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 MTND6P24-201ENST00000440466 518 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 AC106772.1-201ENST00000506629 591 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 COQ6-210ENST00000554920 649 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 ALKBH7-203ENST00000599849 556 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 AL589739.1-201ENST00000607720 493 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 DBI-212ENST00000627305 620 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 RAD1-208ENST00000628399 1678 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 MEN1-202ENST00000315422 3148 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 XXYLT1-201ENST00000310380 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 GSS-201ENST00000216951 1922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 LGALS12-205ENST00000425950 1789 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 BCL2L2-PABPN1-203ENST00000557008 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 SEPT8-201ENST00000296873 4394 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 PAX7-201ENST00000375375 2260 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 PIP5K1A-207ENST00000441902 2297 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 KCNQ5-201ENST00000342056 6688 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 AP003356.1-202ENST00000517910 2770 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 C19orf25-207ENST00000588871 2128 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 EVA1A-205ENST00000410113 1747 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 GFY-202ENST00000610896 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 HOXC5-201ENST00000312492 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 DYRK1B-205ENST00000597639 1806 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 AHCYL1-202ENST00000369799 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 LARGE2-208ENST00000531526 2528 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 C14orf180-202ENST00000410013 2009 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 PCDHA8-201ENST00000378123 2616 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 MORN4-202ENST00000370635 419 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 KRTAP6-3-201ENST00000391624 636 ntAPPRIS P1 BASIC22.08■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 AL080243.2-201ENST00000418783 582 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 SLC12A4-202ENST00000422611 4670 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 RCAN3-204ENST00000425530 997 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 AL161785.2-201ENST00000427080 966 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 UFL1-AS1-201ENST00000430796 548 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 IQCF3-201ENST00000437810 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 TMEM120A-203ENST00000439537 1161 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 LINC01160-201ENST00000441004 768 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 NECAP2-203ENST00000457722 935 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 CXCL6-203ENST00000515050 557 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 RNA5SP410-201ENST00000516285 106 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 LEPROTL1-204ENST00000518192 847 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 EEF1D-207ENST00000524624 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 AC137894.1-201ENST00000526431 547 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 PPP1R14B-203ENST00000542235 920 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 DBI-211ENST00000627093 554 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 RAB34-223ENST00000636154 730 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 OSBP2-202ENST00000401475 2468 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 NES-201ENST00000368223 5558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 CD1B-201ENST00000368168 1395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 LRRC32-202ENST00000404995 2656 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 STRN3-202ENST00000357479 2799 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 PITPNM2-AS1-201ENST00000506255 2191 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 SLC30A2-202ENST00000374278 3097 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 SSC4D-201ENST00000275560 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 TRIM8-201ENST00000302424 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 AL133373.2-201ENST00000623187 2828 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 PHKG2-201ENST00000328273 1536 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 CTNND2-201ENST00000304623 5481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 DEF6-201ENST00000316637 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 ZSCAN2-203ENST00000334141 993 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 ASB12-201ENST00000362002 1289 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 AC084125.2-203ENST00000532766 821 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 ARL6IP1-202ENST00000546206 1107 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 MAX-210ENST00000555419 765 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 AL596325.1-201ENST00000563991 1082 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 AC040162.1-202ENST00000573493 573 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 AURKB-214ENST00000585124 1227 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 FOLR3-204ENST00000611028 820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 SRP9-204ENST00000619790 377 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 PDLIM3-213ENST00000629667 1016 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 AC004840.1-201ENST00000636359 365 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 ADAMTS8-201ENST00000257359 4010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 AANAT-201ENST00000250615 1913 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 FAHD2B-202ENST00000414820 1388 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 CCDC130-204ENST00000586600 1922 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 MFF-201ENST00000304593 2004 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 CD9-203ENST00000382518 1556 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 NAGPA-201ENST00000312251 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 TMEM25-202ENST00000354064 1965 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 HLA-F-216ENST00000259951 1635 ntAPPRIS P4 BASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 CDK2-204ENST00000553376 1725 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 C21orf58-203ENST00000397680 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 FCRLB-204ENST00000367946 1152 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 HDAC8-203ENST00000373559 632 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 HDAC8-208ENST00000373583 434 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 RBM3-202ENST00000376755 1130 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 AC093702.1-201ENST00000423433 367 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 RPSAP31-202ENST00000445165 716 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 LACTB2-203ENST00000522447 1034 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 AC138466.1-201ENST00000535242 391 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 FKBP11-208ENST00000550765 1030 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 PSMD7-204ENST00000567958 692 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 ARMC7-205ENST00000584947 445 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 AC004233.3-201ENST00000607794 1269 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 SNHG28-203ENST00000621242 708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 PGC-202ENST00000373025 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 DNAJC7-201ENST00000316603 1468 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 RDM1-227ENST00000619876 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 LSP1-203ENST00000405957 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 C2orf54-203ENST00000402775 1958 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.8 ms