Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 KRT18P28-201ENST00000453838 1332 ntBASIC21.05■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 HFE2-201ENST00000336751 2234 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 PCDHA6-202ENST00000527624 2231 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 DMPK-201ENST00000291270 2787 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 MAGEF1-201ENST00000317897 1636 ntAPPRIS P1 BASIC21.05■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 FAM178B-204ENST00000490605 2710 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 HSD17B8-203ENST00000374662 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 CRLF2-202ENST00000381567 1013 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 WNT7B-203ENST00000410058 714 ntTSL 3 BASIC21.05■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 AC140658.5-201ENST00000438532 169 ntBASIC21.05■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 SLC22A18-206ENST00000449793 1225 ntTSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 TIMM8BP1-201ENST00000452384 211 ntBASIC21.05■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 IGHV3OR16-6-201ENST00000568775 360 ntBASIC21.05■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 PYCR1-207ENST00000577756 1144 ntTSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 HNRNPDL-206ENST00000602300 1291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 PDCD6-214ENST00000628729 1073 ntTSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 TOP3BP1-201ENST00000420768 1380 ntBASIC21.05■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 TEAD4-202ENST00000359864 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 RBPJ-204ENST00000348160 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 NFE2-202ENST00000435572 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 CTD-3080P12.3-203ENST00000514376 1757 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 EGR2-203ENST00000439032 2844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 COMMD5-202ENST00000402718 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 ACSL4-201ENST00000340800 5333 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 ADM5-201ENST00000420022 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 SIL1-213ENST00000509534 1714 ntTSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 TPM1-205ENST00000357980 1800 ntTSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 IGF2-205ENST00000416167 5585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 RRM2B-201ENST00000251810 4931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 FGFR4-207ENST00000502906 2638 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 C9orf116-202ENST00000371789 1278 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 NDUFA4L2-201ENST00000393825 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 PTTG1-202ENST00000393964 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 FAM19A5-204ENST00000406880 833 ntTSL 3 BASIC21.04■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 STT3A-AS1-201ENST00000530526 429 ntTSL 3 BASIC21.04■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 OR10S1-201ENST00000531945 1121 ntAPPRIS P2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 PRELID3A-208ENST00000590956 777 ntTSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 AC010503.2-201ENST00000599292 296 ntTSL 3 BASIC21.04■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 SLC9A3-AS1-205ENST00000606319 477 ntTSL 3 BASIC21.04■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 OR10S1-202ENST00000641123 1121 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 RAD51D-201ENST00000335858 1353 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 SLC22A20-204ENST00000530038 1673 ntBASIC21.04■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 HYAL3-207ENST00000621157 1696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 OSBP2-202ENST00000401475 2468 ntTSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 WNT5B-202ENST00000397196 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 BANP-227ENST00000626016 2144 ntTSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 TBC1D2B-201ENST00000300584 6067 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 RHBDF1P1-201ENST00000427504 1941 ntBASIC21.04■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 AC068944.1-201ENST00000514855 1604 ntTSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 WDR45-234ENST00000634838 1545 ntTSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 LZTS3-203ENST00000360342 4055 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 TIMM50-202ENST00000544017 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 ELOVL7-205ENST00000508821 3994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 CSNK2A1-203ENST00000400217 1451 ntTSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 AL021920.2-201ENST00000624828 1351 ntBASIC21.03■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 HIST1H3D-201ENST00000356476 411 ntAPPRIS P1 BASIC21.03■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 PPP3CA-203ENST00000394854 4685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 REEP2-206ENST00000506158 1021 ntTSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 CTBP1-AS2-204ENST00000514984 533 ntTSL 4 BASIC21.03■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 JPH4-203ENST00000544177 1124 ntTSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 FAM227B-204ENST00000558594 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 AC018558.2-201ENST00000566562 480 ntTSL 3 BASIC21.03■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 ITGA9-201ENST00000264741 7889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 SIN3A-203ENST00000394949 4930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 ZFP1-208ENST00000568079 1426 ntTSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 TLK2-201ENST00000326270 3512 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 TMEM225B-202ENST00000431679 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 MARK2-209ENST00000509502 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 TRIM7-204ENST00000393319 2320 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 CD99P1-204ENST00000435581 2788 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 GPD2-201ENST00000310454 6041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 CBS-201ENST00000352178 2583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 HPSE-207ENST00000513463 1458 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 PIP5K1A-207ENST00000441902 2297 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 HOXA2-201ENST00000222718 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 WRAP53-203ENST00000431639 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 WRAP53-204ENST00000457584 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 PLCB1-203ENST00000378641 7323 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 FOXRED2-203ENST00000397223 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 ORAI2-202ENST00000403646 2528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 ILVBL-209ENST00000534378 2067 ntTSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 ALDH3B1-208ENST00000617288 2078 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 PTP4A1-201ENST00000370651 5088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 CRYBA2-201ENST00000295728 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 TMEM179B-201ENST00000333449 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 GSTO1-202ENST00000369713 972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 IZUMO4-201ENST00000395296 869 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 YWHAZ-204ENST00000395953 994 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 MECP2-203ENST00000407218 1174 ntTSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 LINC01640-201ENST00000452505 550 ntTSL 4 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 SNCA-209ENST00000506244 570 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 NDUFS7-216ENST00000546283 1060 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 COX14-202ENST00000548985 677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 RNASEK-203ENST00000549393 783 ntTSL 3 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 DUX4L17-201ENST00000557360 1267 ntBASIC21.02■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 RAMP2-205ENST00000589683 858 ntTSL 3 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 AC099522.2-201ENST00000607001 744 ntBASIC21.02■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 LAT-203ENST00000395456 1616 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 IL12RB2-202ENST00000371000 2454 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 B4GALT4-216ENST00000483209 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.2 ms