Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 MAGI2-AS3-208ENST00000446159 670 ntTSL 3 BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 AL049569.1-201ENST00000446261 636 ntTSL 3 BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 NSUN5P1-208ENST00000473960 500 ntTSL 3 BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 LINC00336-201ENST00000477984 2107 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 AC112482.1-201ENST00000492080 688 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 NMU-202ENST00000505262 693 ntTSL 3 BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 MVB12A-211ENST00000529939 1091 ntTSL 3 BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 SNHG15-206ENST00000580528 1073 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 RLN3-202ENST00000585987 541 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 AC005944.1-201ENST00000592758 564 ntTSL 3 BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 ZNF772-206ENST00000600175 737 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 AL138831.2-201ENST00000606564 490 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 LINC01607-201ENST00000607172 621 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 FAM25C-201ENST00000617224 319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 LINC01635-202ENST00000635097 1023 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 FAM76B-201ENST00000358780 3952 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 C2CD4C-201ENST00000332235 3129 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 TRAF2-201ENST00000247668 2264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 PCDHA14-201ENST00000506751 2298 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 MSL1-206ENST00000579565 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 CACNA1A-238ENST00000637276 7135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 ETV4-211ENST00000591713 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 ACAT2-201ENST00000367048 3180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 VPS54-201ENST00000272322 3463 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 NBL1-210ENST00000615215 2160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 SHTN1-202ENST00000355371 5361 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 SLC29A1-208ENST00000393844 2326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 DGKZ-201ENST00000318201 3213 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 SEPT9-202ENST00000423034 3984 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 KDM8-202ENST00000441782 1612 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 TNFRSF14-AS1-205ENST00000449660 1629 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 CLEC18C-201ENST00000314151 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 CLEC18A-208ENST00000568461 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 C2orf81-202ENST00000612891 1902 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 ATP6AP2-224ENST00000637327 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 EIF4H-202ENST00000353999 2503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 ZNRF3-201ENST00000402174 2667 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 NGFR-201ENST00000172229 3417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 MXD1-201ENST00000264444 5587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 SH3RF1-201ENST00000284637 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 ELAVL2-208ENST00000544538 3789 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 RGS6-210ENST00000553530 5685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 TBC1D10B-201ENST00000409939 3350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 CCNI2-204ENST00000614847 2642 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 SLC9A2-201ENST00000233969 5410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 ZNF451-203ENST00000370706 5268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 AC005915.1-201ENST00000624912 2018 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 DDHD1-202ENST00000357758 5603 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 FEM1C-201ENST00000274457 5816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 ANAPC13-206ENST00000514612 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 MAEA-202ENST00000303400 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 MED16-201ENST00000269814 1199 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 CCS-201ENST00000310190 942 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 SMOX-204ENST00000346595 982 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 INIP-202ENST00000374236 874 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 CLDN7-202ENST00000397317 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 C22orf39-203ENST00000399568 1005 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 MPIG6B-210ENST00000480039 790 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 RNA5SP416-201ENST00000516838 111 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 AP001107.6-201ENST00000526655 516 ntTSL 3 BASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 RPL8-207ENST00000528957 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 RDH5-202ENST00000547072 1054 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 AC092718.3-202ENST00000564536 1032 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 FBF1-204ENST00000586631 621 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 LINC01842-201ENST00000588275 768 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 C1QL3-202ENST00000619991 783 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 ILVBL-209ENST00000534378 2067 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 WBP2-201ENST00000254806 1944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 MOCS1-206ENST00000425303 1920 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 EFNB3-201ENST00000226091 3222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 EHD2-202ENST00000538399 1766 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 BAIAP2-205ENST00000435091 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 PVR-204ENST00000406449 1344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 AL118508.1-201ENST00000613502 2345 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 COQ9-201ENST00000262507 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 ZSCAN25-201ENST00000262941 1652 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 NTRK1-202ENST00000368196 2701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 PTHLH-201ENST00000201015 1872 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC16.39■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 LETM2-202ENST00000379957 1873 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 NFIC-211ENST00000641145 8399 ntBASIC16.39■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 AC105020.1-201ENST00000435356 2205 ntBASIC16.39■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 DKC1-201ENST00000369550 2577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.22
VPS4AQ9UN37 FOXP3-206ENST00000557224 1371 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
VPS4AQ9UN37 ANGPTL4-202ENST00000393962 1705 ntTSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
VPS4AQ9UN37 PTPRO-209ENST00000543886 2070 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
VPS4AQ9UN37 MIER1-204ENST00000371012 2420 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
VPS4AQ9UN37 CAMK1D-201ENST00000378845 1578 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
VPS4AQ9UN37 SDCBP2-204ENST00000381812 1550 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
VPS4AQ9UN37 EIF4ENIF1-206ENST00000397525 3695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
VPS4AQ9UN37 PRPF31-203ENST00000419967 2269 ntTSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
VPS4AQ9UN37 DLG4-201ENST00000302955 3184 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
VPS4AQ9UN37 DLG4-202ENST00000399506 3185 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
VPS4AQ9UN37 FLJ38576-201ENST00000623820 2459 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
VPS4AQ9UN37 MAP2K5-201ENST00000178640 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
VPS4AQ9UN37 KLHL24-201ENST00000242810 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
VPS4AQ9UN37 LINC00671-201ENST00000301683 1958 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
VPS4AQ9UN37 VPS37C-201ENST00000301765 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
VPS4AQ9UN37 SLC41A3-203ENST00000360370 2169 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
VPS4AQ9UN37 TMEM219-201ENST00000279396 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
VPS4AQ9UN37 MRPL52-202ENST00000355151 1118 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.8 ms