Protein–RNA interactions for Protein: Q96DZ5

CLIP3, CAP-Gly domain-containing linker protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 547 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLIP3Q96DZ5 PPIB-201ENST00000300026 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 DNAJC4-203ENST00000355040 759 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 AC131097.3-202ENST00000439270 331 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 AC112482.1-201ENST00000492080 688 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 MAL2-202ENST00000531508 892 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 AC018845.2-201ENST00000568326 409 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 LINC01842-201ENST00000588275 768 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 ZNF281-201ENST00000294740 4891 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 RBBP7-203ENST00000380087 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 NIPA2-204ENST00000398014 3130 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 LYPLA2-205ENST00000374514 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 BCAR1-201ENST00000162330 3221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 CACNA1G-201ENST00000352832 7848 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 ARHGAP4-204ENST00000393721 2721 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 PIGZ-202ENST00000412723 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 ALAS2-203ENST00000396198 1936 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 PARP9-204ENST00000471785 3040 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 STUM-201ENST00000366788 7705 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 KCNT1-202ENST00000371757 4717 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 CTTN-203ENST00000376561 2247 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 CLIP4-201ENST00000320081 4293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 FDXR-203ENST00000420580 1705 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 ZNF628-201ENST00000391718 3177 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 SLCO6A1-202ENST00000389019 2340 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 FAM109A-204ENST00000548163 2317 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 LRRC59-201ENST00000225972 2910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 PRR29-AS1-202ENST00000580942 2926 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 HMGXB3-201ENST00000502717 4974 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 DNM1-202ENST00000372923 3244 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 CPXM1-201ENST00000380605 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 YY1AP1-206ENST00000359205 2690 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 ADRB3-201ENST00000345060 2950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 EWSR1-222ENST00000629659 2446 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 SEPT4-201ENST00000317256 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 DPP9-AS1-201ENST00000381796 3071 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 GNE-204ENST00000539208 2190 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 SNHG15-202ENST00000577700 3116 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 NAP1L4-201ENST00000380542 2511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 CRADD-201ENST00000332896 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 SMN1-201ENST00000351205 900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 SMN2-201ENST00000380741 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 HUS1B-201ENST00000380907 1025 ntAPPRIS P1 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 SNHG11-205ENST00000421599 1046 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 LINC01972-201ENST00000422271 553 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 ARPC4-203ENST00000433034 926 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 FIS1-203ENST00000442303 631 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 HCG4B-203ENST00000450128 991 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 DHDH-204ENST00000523250 634 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 TK1-204ENST00000590430 683 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 GIPC1-213ENST00000591349 1068 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 SMN2-216ENST00000638794 846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 SIPA1-209ENST00000534313 3521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 PFKL-201ENST00000349048 2912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 REPS1-202ENST00000367663 2607 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 KCNMA1-261ENST00000639486 8850 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 CTPS2-201ENST00000359276 3629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 CRAMP1-201ENST00000293925 7671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 TMEM183A-201ENST00000367242 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 C18orf8-208ENST00000590868 2002 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 JPH2-202ENST00000372980 4787 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 AC002310.6-201ENST00000624451 1377 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 RBPJL-201ENST00000343694 2489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 KCNC2-203ENST00000393288 2485 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 GBA2-203ENST00000378103 3611 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 CXXC1-212ENST00000589940 2242 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 FER1L4-210ENST00000615531 5998 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 THEG-201ENST00000342640 1877 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 ITGB1BP1-204ENST00000360635 4859 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 NFS1-202ENST00000374085 2645 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 TAPBP-233ENST00000426633 1888 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 PLTP-202ENST00000372420 1530 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 PIR-202ENST00000380421 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 TBC1D10C-203ENST00000526387 1520 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 MFSD11-219ENST00000593181 1922 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 AKIRIN1-202ENST00000432648 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 AHR-201ENST00000242057 6276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 FOXP1-210ENST00000484350 1996 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 DDHD1-202ENST00000357758 5603 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 C15orf38-AP3S2-201ENST00000398333 2439 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 LARP4B-211ENST00000612396 8546 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 PRX-202ENST00000324001 4855 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 SARS2-212ENST00000600042 1630 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 NARFL-218ENST00000568545 2486 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 LRRD1-201ENST00000343318 2073 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 NLRP6-203ENST00000534750 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 RASGRF1-202ENST00000419573 6294 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 MYL6-202ENST00000348108 722 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 AP001058.1-201ENST00000423967 463 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 HNRNPA1P28-201ENST00000424481 961 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 RPS8P6-201ENST00000426177 609 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 NT5C3B-215ENST00000521789 993 ntTSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 EEF1D-223ENST00000528610 923 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 GMIP-204ENST00000587238 2987 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 AC005256.1-202ENST00000592934 415 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 OR5AH1P-202ENST00000597822 431 ntTSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 ARHGAP22-206ENST00000435790 2595 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 RPH3AL-222ENST00000618002 2578 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 HIST1H2BN-204ENST00000612898 1723 ntAPPRIS P1 BASIC16.35■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 TFAP2D-201ENST00000008391 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CLIP3Q96DZ5 HECTD2-203ENST00000371681 2175 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.7 ms