Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 CMC2-212ENST00000565650 671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
SDC1P18827 MRPL21-208ENST00000567045 932 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
SDC1P18827 BLOC1S6-214ENST00000567461 1052 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
SDC1P18827 AC139887.3-201ENST00000568585 713 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
SDC1P18827 RNF151-202ENST00000569210 853 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
SDC1P18827 MCRIP1-211ENST00000576679 751 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
SDC1P18827 SDCCAG3P1-201ENST00000589292 1150 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
SDC1P18827 MTDHP4-201ENST00000600287 670 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
SDC1P18827 CHMP2A-208ENST00000601220 885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
SDC1P18827 TMEM265-201ENST00000615541 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
SDC1P18827 AC004706.3-202ENST00000621574 984 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
SDC1P18827 CEACAM3-208ENST00000630848 1110 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
SDC1P18827 ABBA01031661.1-201ENST00000634362 1253 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
SDC1P18827 AL139011.1-202ENST00000642063 584 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
SDC1P18827 SARDH-202ENST00000371867 1326 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
SDC1P18827 PTHLH-203ENST00000395872 1318 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
SDC1P18827 DIMT1-201ENST00000199320 2859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
SDC1P18827 CALCR-207ENST00000426151 1741 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
SDC1P18827 CXXC1-201ENST00000285106 2936 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
SDC1P18827 PPEF2-207ENST00000621010 1797 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
SDC1P18827 PNKD-202ENST00000258362 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
SDC1P18827 GDE1-201ENST00000353258 2958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
SDC1P18827 GPAT3-208ENST00000611707 2633 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
SDC1P18827 ZFP1-208ENST00000568079 1426 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
SDC1P18827 OTUB1-202ENST00000422031 2297 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
SDC1P18827 UNC5D-203ENST00000416672 3532 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
SDC1P18827 GIMAP1-201ENST00000307194 4420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
SDC1P18827 CXorf38-202ENST00000378421 2380 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
SDC1P18827 ZNF408-201ENST00000311764 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
SDC1P18827 KLC1-207ENST00000445352 2416 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
SDC1P18827 SLC6A17-201ENST00000331565 6427 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
SDC1P18827 BHLHE41-201ENST00000242728 3837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
SDC1P18827 ZCCHC3-201ENST00000500893 3354 ntAPPRIS P1 BASIC16.09■□□□□ 0.17
SDC1P18827 LTBP4-205ENST00000396819 4764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
SDC1P18827 ONECUT1-201ENST00000305901 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
SDC1P18827 GLMP-201ENST00000362007 1604 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
SDC1P18827 CXADR-201ENST00000284878 6254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
SDC1P18827 BX088651.4-201ENST00000435586 2579 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
SDC1P18827 NEK2-202ENST00000366999 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
SDC1P18827 RAD1-208ENST00000628399 1678 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
SDC1P18827 KLF10-202ENST00000395884 3659 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
SDC1P18827 VEPH1-218ENST00000494677 1714 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
SDC1P18827 ELAVL2-208ENST00000544538 3789 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
SDC1P18827 SLC25A45-202ENST00000398802 2286 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
SDC1P18827 FAM86B2-202ENST00000309608 806 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
SDC1P18827 AL512785.2-202ENST00000367932 830 ntTSL 4 BASIC16.09■□□□□ 0.17
SDC1P18827 POM121L12-201ENST00000408890 1283 ntAPPRIS P1 BASIC16.09■□□□□ 0.17
SDC1P18827 SNHG11-204ENST00000420006 720 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
SDC1P18827 SNHG11-206ENST00000432153 1181 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
SDC1P18827 DYNC1LI2-202ENST00000440564 1145 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
SDC1P18827 AC004975.2-201ENST00000442017 565 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
SDC1P18827 TM4SF19-TCTEX1D2-201ENST00000442633 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
SDC1P18827 NDUFB9-204ENST00000518008 789 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
SDC1P18827 AC103957.2-201ENST00000521218 510 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
SDC1P18827 AC125616.1-201ENST00000540369 1015 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
SDC1P18827 MTUS2-205ENST00000542829 1165 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
SDC1P18827 AHSA1-208ENST00000555517 832 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
SDC1P18827 REXO1L6P-202ENST00000619970 1078 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
SDC1P18827 DUSP8-202ENST00000397374 4480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
SDC1P18827 MAP2K7-202ENST00000397981 3430 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
SDC1P18827 DVL1-202ENST00000378891 2926 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
SDC1P18827 SAP130-202ENST00000259235 4065 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
SDC1P18827 AC092143.3-201ENST00000565150 1900 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
SDC1P18827 SLC6A2-209ENST00000568943 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
SDC1P18827 TEX13A-201ENST00000600991 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
SDC1P18827 AC005052.1-201ENST00000625181 2492 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
SDC1P18827 CACNA1A-225ENST00000636389 8137 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
SDC1P18827 ME2P1-201ENST00000426028 1970 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
SDC1P18827 INHA-201ENST00000243786 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
SDC1P18827 KCNJ10-208ENST00000639408 1546 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
SDC1P18827 ITGB4-201ENST00000200181 5919 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
SDC1P18827 GALNT6-201ENST00000356317 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
SDC1P18827 AIFM1-201ENST00000287295 2260 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
SDC1P18827 PDK1-203ENST00000410055 2990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
SDC1P18827 EDN3-205ENST00000395654 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
SDC1P18827 SH2D2A-202ENST00000368199 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
SDC1P18827 IGHM-202ENST00000637539 1683 ntAPPRIS P5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
SDC1P18827 MPIG6B-204ENST00000375809 2396 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
SDC1P18827 LMNA-202ENST00000361308 1713 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
SDC1P18827 SURF4-208ENST00000613129 3148 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
SDC1P18827 UIMC1-201ENST00000377227 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
SDC1P18827 RASIP1-201ENST00000222145 3308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
SDC1P18827 PRMT2-208ENST00000451211 1878 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
SDC1P18827 POTEE-204ENST00000613282 1926 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
SDC1P18827 POTEI-202ENST00000615053 1926 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
SDC1P18827 STK32C-204ENST00000368622 2010 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
SDC1P18827 BCAT2-202ENST00000402551 2041 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
SDC1P18827 VWA1-203ENST00000476993 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
SDC1P18827 PAPD5-202ENST00000436909 4635 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
SDC1P18827 AKR1C7P-201ENST00000305623 895 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
SDC1P18827 HDDC3-201ENST00000330334 1047 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
SDC1P18827 DFFB-203ENST00000341385 572 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
SDC1P18827 PRSS38-201ENST00000366757 1267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
SDC1P18827 OPN1LW-201ENST00000369951 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
SDC1P18827 AC093459.1-201ENST00000444567 481 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
SDC1P18827 AC087163.2-201ENST00000457299 853 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
SDC1P18827 SKP2-204ENST00000508514 821 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
SDC1P18827 MSRA-206ENST00000521209 814 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
SDC1P18827 TMEM218-203ENST00000526175 972 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
SDC1P18827 AC091304.2-201ENST00000564639 760 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.3 ms