Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
VPS54Q9P1Q0 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.77■■■□□ 2.04
VPS54Q9P1Q0 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.77■■■□□ 2.04
VPS54Q9P1Q0 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.76■■■□□ 2.04
VPS54Q9P1Q0 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.04
VPS54Q9P1Q0 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.76■■■□□ 2.03
VPS54Q9P1Q0 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
VPS54Q9P1Q0 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC27.76■■■□□ 2.03
VPS54Q9P1Q0 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC27.76■■■□□ 2.03
VPS54Q9P1Q0 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
VPS54Q9P1Q0 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC27.75■■■□□ 2.03
VPS54Q9P1Q0 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
VPS54Q9P1Q0 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
VPS54Q9P1Q0 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
VPS54Q9P1Q0 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
VPS54Q9P1Q0 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
VPS54Q9P1Q0 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
VPS54Q9P1Q0 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC27.73■■■□□ 2.03
VPS54Q9P1Q0 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
VPS54Q9P1Q0 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
VPS54Q9P1Q0 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
VPS54Q9P1Q0 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.73■■■□□ 2.03
VPS54Q9P1Q0 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
VPS54Q9P1Q0 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC27.72■■■□□ 2.03
VPS54Q9P1Q0 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
VPS54Q9P1Q0 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC27.72■■■□□ 2.03
VPS54Q9P1Q0 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC27.72■■■□□ 2.03
VPS54Q9P1Q0 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC27.72■■■□□ 2.03
VPS54Q9P1Q0 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
VPS54Q9P1Q0 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC27.71■■■□□ 2.03
VPS54Q9P1Q0 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
VPS54Q9P1Q0 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
VPS54Q9P1Q0 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC27.71■■■□□ 2.03
VPS54Q9P1Q0 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC27.71■■■□□ 2.03
VPS54Q9P1Q0 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.71■■■□□ 2.03
VPS54Q9P1Q0 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC27.71■■■□□ 2.03
VPS54Q9P1Q0 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
VPS54Q9P1Q0 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
VPS54Q9P1Q0 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
VPS54Q9P1Q0 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
VPS54Q9P1Q0 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC27.69■■■□□ 2.02
VPS54Q9P1Q0 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC27.69■■■□□ 2.02
VPS54Q9P1Q0 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.69■■■□□ 2.02
VPS54Q9P1Q0 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
VPS54Q9P1Q0 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.69■■■□□ 2.02
VPS54Q9P1Q0 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
VPS54Q9P1Q0 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.68■■■□□ 2.02
VPS54Q9P1Q0 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC27.68■■■□□ 2.02
VPS54Q9P1Q0 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.68■■■□□ 2.02
VPS54Q9P1Q0 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC27.68■■■□□ 2.02
VPS54Q9P1Q0 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
VPS54Q9P1Q0 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
VPS54Q9P1Q0 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
VPS54Q9P1Q0 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
VPS54Q9P1Q0 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
VPS54Q9P1Q0 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
VPS54Q9P1Q0 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
VPS54Q9P1Q0 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.67■■■□□ 2.02
VPS54Q9P1Q0 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
VPS54Q9P1Q0 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.66■■■□□ 2.02
VPS54Q9P1Q0 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
VPS54Q9P1Q0 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC27.66■■■□□ 2.02
VPS54Q9P1Q0 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
VPS54Q9P1Q0 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
VPS54Q9P1Q0 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
VPS54Q9P1Q0 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
VPS54Q9P1Q0 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC27.65■■■□□ 2.02
VPS54Q9P1Q0 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
VPS54Q9P1Q0 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
VPS54Q9P1Q0 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
VPS54Q9P1Q0 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
VPS54Q9P1Q0 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC27.64■■■□□ 2.02
VPS54Q9P1Q0 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.64■■■□□ 2.02
VPS54Q9P1Q0 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC27.64■■■□□ 2.02
VPS54Q9P1Q0 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.01
VPS54Q9P1Q0 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.01
VPS54Q9P1Q0 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
VPS54Q9P1Q0 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
VPS54Q9P1Q0 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
VPS54Q9P1Q0 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
VPS54Q9P1Q0 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.63■■■□□ 2.01
VPS54Q9P1Q0 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
VPS54Q9P1Q0 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
VPS54Q9P1Q0 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
VPS54Q9P1Q0 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC27.61■■■□□ 2.01
VPS54Q9P1Q0 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
VPS54Q9P1Q0 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.61■■■□□ 2.01
VPS54Q9P1Q0 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
VPS54Q9P1Q0 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC27.6■■■□□ 2.01
VPS54Q9P1Q0 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC27.6■■■□□ 2.01
VPS54Q9P1Q0 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.6■■■□□ 2.01
VPS54Q9P1Q0 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
VPS54Q9P1Q0 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
VPS54Q9P1Q0 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
VPS54Q9P1Q0 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
VPS54Q9P1Q0 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
VPS54Q9P1Q0 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.59■■■□□ 2.01
VPS54Q9P1Q0 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC27.59■■■□□ 2.01
VPS54Q9P1Q0 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
VPS54Q9P1Q0 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.4 ms