Protein–RNA interactions for Protein: P43246

MSH2, DNA mismatch repair protein Msh2, humanhuman

Predictions only

Length 934 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH2P43246 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
MSH2P43246 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
MSH2P43246 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
MSH2P43246 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
MSH2P43246 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
MSH2P43246 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
MSH2P43246 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
MSH2P43246 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
MSH2P43246 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
MSH2P43246 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
MSH2P43246 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
MSH2P43246 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
MSH2P43246 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
MSH2P43246 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
MSH2P43246 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
MSH2P43246 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
MSH2P43246 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
MSH2P43246 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
MSH2P43246 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
MSH2P43246 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
MSH2P43246 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
MSH2P43246 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
MSH2P43246 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
MSH2P43246 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
MSH2P43246 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
MSH2P43246 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
MSH2P43246 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
MSH2P43246 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
MSH2P43246 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC24.24■■□□□ 1.47
MSH2P43246 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
MSH2P43246 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
MSH2P43246 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
MSH2P43246 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
MSH2P43246 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
MSH2P43246 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
MSH2P43246 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
MSH2P43246 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
MSH2P43246 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
MSH2P43246 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
MSH2P43246 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
MSH2P43246 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
MSH2P43246 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
MSH2P43246 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
MSH2P43246 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
MSH2P43246 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
MSH2P43246 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
MSH2P43246 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
MSH2P43246 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
MSH2P43246 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
MSH2P43246 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
MSH2P43246 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
MSH2P43246 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
MSH2P43246 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
MSH2P43246 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
MSH2P43246 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
MSH2P43246 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
MSH2P43246 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
MSH2P43246 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
MSH2P43246 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
MSH2P43246 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
MSH2P43246 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
MSH2P43246 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
MSH2P43246 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
MSH2P43246 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
MSH2P43246 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
MSH2P43246 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
MSH2P43246 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
MSH2P43246 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
MSH2P43246 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
MSH2P43246 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC24.19■■□□□ 1.46
MSH2P43246 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
MSH2P43246 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
MSH2P43246 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
MSH2P43246 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
MSH2P43246 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
MSH2P43246 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
MSH2P43246 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
MSH2P43246 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
MSH2P43246 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
MSH2P43246 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
MSH2P43246 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
MSH2P43246 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
MSH2P43246 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
MSH2P43246 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
MSH2P43246 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
MSH2P43246 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
MSH2P43246 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
MSH2P43246 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
MSH2P43246 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
MSH2P43246 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
MSH2P43246 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
MSH2P43246 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
MSH2P43246 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
MSH2P43246 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
MSH2P43246 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
MSH2P43246 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
MSH2P43246 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
MSH2P43246 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
MSH2P43246 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
MSH2P43246 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.7 ms