Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
MSX1P28360 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
MSX1P28360 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
MSX1P28360 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
MSX1P28360 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
MSX1P28360 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
MSX1P28360 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC22■■□□□ 1.11
MSX1P28360 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC22■■□□□ 1.11
MSX1P28360 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
MSX1P28360 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
MSX1P28360 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC22■■□□□ 1.11
MSX1P28360 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
MSX1P28360 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
MSX1P28360 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
MSX1P28360 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
MSX1P28360 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
MSX1P28360 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
MSX1P28360 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
MSX1P28360 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
MSX1P28360 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
MSX1P28360 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
MSX1P28360 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
MSX1P28360 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
MSX1P28360 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
MSX1P28360 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
MSX1P28360 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
MSX1P28360 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
MSX1P28360 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
MSX1P28360 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
MSX1P28360 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
MSX1P28360 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
MSX1P28360 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
MSX1P28360 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
MSX1P28360 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
MSX1P28360 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
MSX1P28360 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
MSX1P28360 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
MSX1P28360 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
MSX1P28360 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
MSX1P28360 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
MSX1P28360 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
MSX1P28360 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
MSX1P28360 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
MSX1P28360 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
MSX1P28360 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.95■■□□□ 1.1
MSX1P28360 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
MSX1P28360 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
MSX1P28360 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
MSX1P28360 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
MSX1P28360 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
MSX1P28360 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
MSX1P28360 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
MSX1P28360 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
MSX1P28360 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
MSX1P28360 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
MSX1P28360 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC21.93■■□□□ 1.1
MSX1P28360 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
MSX1P28360 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
MSX1P28360 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
MSX1P28360 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
MSX1P28360 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
MSX1P28360 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
MSX1P28360 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC21.92■■□□□ 1.1
MSX1P28360 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC21.92■■□□□ 1.1
MSX1P28360 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
MSX1P28360 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
MSX1P28360 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
MSX1P28360 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
MSX1P28360 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
MSX1P28360 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
MSX1P28360 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
MSX1P28360 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
MSX1P28360 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
MSX1P28360 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
MSX1P28360 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
MSX1P28360 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
MSX1P28360 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
MSX1P28360 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
MSX1P28360 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
MSX1P28360 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC21.89■■□□□ 1.09
MSX1P28360 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
MSX1P28360 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
MSX1P28360 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
MSX1P28360 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
MSX1P28360 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
MSX1P28360 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
MSX1P28360 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
MSX1P28360 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
MSX1P28360 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
MSX1P28360 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC21.87■■□□□ 1.09
MSX1P28360 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
MSX1P28360 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
MSX1P28360 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
MSX1P28360 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
MSX1P28360 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
MSX1P28360 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
MSX1P28360 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
MSX1P28360 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
MSX1P28360 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
MSX1P28360 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.7 ms