Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 SLC29A2-201ENST00000311161 2262 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 KCNA7-201ENST00000221444 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 AL138828.1-202ENST00000576956 1881 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 FBXL17-201ENST00000359660 4510 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 C2orf40-201ENST00000238044 789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 PPP1R27-201ENST00000330261 782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 HDAC8-203ENST00000373559 632 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 HDAC8-208ENST00000373583 434 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 CIB3-202ENST00000379859 467 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 OSM-203ENST00000403463 464 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 AL353597.1-201ENST00000414875 998 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 NME6-203ENST00000415644 849 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 AL121753.1-201ENST00000444717 529 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 AC105233.2-201ENST00000523697 349 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 AF228730.5-201ENST00000530288 346 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 CACNA2D4-208ENST00000538027 952 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 CDC42EP4-209ENST00000630622 240 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 AKAP17A-201ENST00000313871 3204 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 FAM91A1-201ENST00000334705 5511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 AP001626.1-201ENST00000424890 2854 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 HEPN1-201ENST00000408930 1434 ntAPPRIS P1 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 ALKBH4-201ENST00000292566 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 CAMKK2-207ENST00000404169 2116 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 NPM2-203ENST00000397940 1874 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 NFATC1-217ENST00000591814 4819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 GGT2-202ENST00000405188 1845 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 PRR5-ARHGAP8-201ENST00000352766 2043 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 KCNK7-203ENST00000394216 1563 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 SIGLEC10-204ENST00000436984 1776 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 METTL21A-203ENST00000411432 4805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 TPT1-AS1-215ENST00000522673 1519 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 IDUA-201ENST00000247933 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 TNFRSF8-202ENST00000413146 2363 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 KAZN-203ENST00000376030 6030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 ATRIP-201ENST00000320211 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 FAM86MP-201ENST00000340703 885 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 AL096814.1-202ENST00000372963 647 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 MPV17-203ENST00000380044 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 ASMT-201ENST00000381229 1087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 HOPX-203ENST00000381255 1164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 MRPL28-202ENST00000389675 865 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 MPV17-208ENST00000405076 603 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 HOXB3-204ENST00000465120 943 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 EVX1-202ENST00000496902 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 PACS1-203ENST00000524815 628 ntTSL 4 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 LINC02298-201ENST00000546968 965 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 MAPKAPK5-203ENST00000547305 494 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 HOPX-210ENST00000553379 1001 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 HOPX-212ENST00000555760 1139 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 HOPX-213ENST00000556376 1064 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 MIR4259-201ENST00000584466 101 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 AGFG1-201ENST00000310078 8668 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 AC090206.1-201ENST00000615734 1678 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 UMOD-201ENST00000302509 2477 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 BORCS8-MEF2B-203ENST00000514819 1406 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 SEPT8-205ENST00000378701 1817 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 HBEGF-201ENST00000230990 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 GLCCI1-201ENST00000223145 4743 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 LILRA6-201ENST00000245621 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 DUS3L-202ENST00000320699 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 AL035456.1-201ENST00000456064 1369 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 EIF5A-206ENST00000571955 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 ASNA1-204ENST00000591090 1368 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 USP32-201ENST00000300896 5171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 PLTP-202ENST00000372420 1530 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 UVSSA-209ENST00000512728 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 SPDYE19P-201ENST00000338590 713 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 NRN1L-201ENST00000339176 710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 HLA-DMA-201ENST00000374843 1123 ntAPPRIS P1 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 PP14571-201ENST00000404327 934 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 RPL37AP1-201ENST00000412502 279 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 AL645941.2-201ENST00000429234 612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 LINC02356-202ENST00000552663 314 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 PIMREG-202ENST00000570337 891 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 PIMREG-203ENST00000571373 1002 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 AC007431.3-201ENST00000623221 587 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 FIP1L1-203ENST00000358575 2180 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 RPN2-201ENST00000237530 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 AC009779.2-201ENST00000552576 1443 ntTSL 4 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 EIPR1-201ENST00000382125 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 TPD52L1-202ENST00000368388 2147 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 AC104407.1-201ENST00000511017 1568 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 ATP6AP2-214ENST00000636287 1904 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 LYSMD4-210ENST00000545021 2431 ntTSL 4 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 MCOLN2-201ENST00000284027 1729 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 AL391825.1-201ENST00000457671 1364 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 AL133338.1-201ENST00000565695 1517 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 HOXC11-201ENST00000243082 2039 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 DYRK1B-203ENST00000430012 2007 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 PRSS23-201ENST00000280258 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 COTL1-203ENST00000564057 1677 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 MEN1-202ENST00000315422 3148 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 NDUFB7-201ENST00000215565 531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 HCST-201ENST00000246551 613 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 LCE3A-201ENST00000335674 270 ntAPPRIS P1 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 AL353705.2-201ENST00000428243 662 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 RALY-AS1-203ENST00000440595 660 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 LINC01160-201ENST00000441004 768 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 TTTY23B-201ENST00000442790 549 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC9Q9Y3X0 PARP8-218ENST00000513738 596 ntTSL 4 BASIC22.36■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.7 ms