Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 CFL1-203ENST00000525451 1878 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.96■■■□□ 2.07
CUX1P39880 ACRV1-201ENST00000315608 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
CUX1P39880 IFITM3-201ENST00000399808 808 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
CUX1P39880 AC073130.2-202ENST00000444244 842 ntTSL 3 BASIC27.96■■■□□ 2.07
CUX1P39880 PMF1-BGLAP-203ENST00000490491 1007 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.96■■■□□ 2.07
CUX1P39880 KBTBD4-203ENST00000525720 980 ntTSL 3 BASIC27.96■■■□□ 2.07
CUX1P39880 AC055876.2-201ENST00000531834 546 ntBASIC27.96■■■□□ 2.07
CUX1P39880 ICAM3-205ENST00000589261 2024 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
CUX1P39880 FRS3-201ENST00000259748 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
CUX1P39880 TRAPPC3-210ENST00000617904 1305 ntTSL 2 BASIC27.96■■■□□ 2.07
CUX1P39880 MRPS22-212ENST00000495075 1547 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
CUX1P39880 LOXL3-205ENST00000409986 2005 ntTSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.07
CUX1P39880 IRF1-202ENST00000405885 2061 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.95■■■□□ 2.07
CUX1P39880 AL023806.1-201ENST00000603994 1649 ntBASIC27.95■■■□□ 2.07
CUX1P39880 AC009163.2-201ENST00000460606 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
CUX1P39880 RPS2P32-201ENST00000439199 892 ntBASIC27.95■■■□□ 2.06
CUX1P39880 GLI4-203ENST00000517468 963 ntTSL 5 BASIC27.95■■■□□ 2.06
CUX1P39880 AC124067.4-202ENST00000522471 397 ntTSL 3 BASIC27.95■■■□□ 2.06
CUX1P39880 AC010327.1-201ENST00000587871 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.95■■■□□ 2.06
CUX1P39880 LINC00207-204ENST00000605505 666 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
CUX1P39880 AL355974.2-201ENST00000614099 556 ntTSL 4 BASIC27.95■■■□□ 2.06
CUX1P39880 AL355974.2-202ENST00000617298 936 ntTSL 3 BASIC27.95■■■□□ 2.06
CUX1P39880 TAMM41-212ENST00000630288 607 ntTSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.06
CUX1P39880 PACS2-205ENST00000547217 2809 ntTSL 5 BASIC27.95■■■□□ 2.06
CUX1P39880 ULBP2-201ENST00000367351 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
CUX1P39880 LDHD-202ENST00000450168 1966 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
CUX1P39880 CD276-201ENST00000318424 2738 ntTSL 5 BASIC27.95■■■□□ 2.06
CUX1P39880 RNF7-201ENST00000273480 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
CUX1P39880 ALDH3A1-212ENST00000494157 1572 ntTSL 3 BASIC27.95■■■□□ 2.06
CUX1P39880 STK11-201ENST00000326873 2611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
CUX1P39880 CAPN12-201ENST00000328867 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
CUX1P39880 TNK2-AS1-201ENST00000458180 2096 ntTSL 2 BASIC27.94■■■□□ 2.06
CUX1P39880 SDHB-201ENST00000375499 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
CUX1P39880 CLCN6-207ENST00000376497 814 ntTSL 3 BASIC27.94■■■□□ 2.06
CUX1P39880 IGHV3-23-201ENST00000390609 432 ntAPPRIS P1 BASIC27.94■■■□□ 2.06
CUX1P39880 AL589987.1-201ENST00000453380 819 ntBASIC27.94■■■□□ 2.06
CUX1P39880 DOC2GP-202ENST00000514950 1163 ntBASIC27.94■■■□□ 2.06
CUX1P39880 SCN4B-204ENST00000529878 566 ntTSL 4 BASIC27.94■■■□□ 2.06
CUX1P39880 EMC4-203ENST00000557879 1009 ntTSL 3 BASIC27.94■■■□□ 2.06
CUX1P39880 AC061975.2-201ENST00000581722 295 ntBASIC27.94■■■□□ 2.06
CUX1P39880 EYA2-201ENST00000317304 1540 ntTSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
CUX1P39880 PTHLH-205ENST00000535992 1891 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
CUX1P39880 RNPS1-203ENST00000397086 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
CUX1P39880 OSGIN1-202ENST00000361711 2230 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.94■■■□□ 2.06
CUX1P39880 TRIM7-204ENST00000393319 2320 ntTSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
CUX1P39880 MOAP1-201ENST00000298894 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
CUX1P39880 EIF2B5-201ENST00000273783 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
CUX1P39880 UNC5D-204ENST00000420357 2966 ntTSL 5 BASIC27.93■■■□□ 2.06
CUX1P39880 CCDC182-201ENST00000299415 832 ntAPPRIS P1 BASIC27.93■■■□□ 2.06
CUX1P39880 BEX3-203ENST00000372635 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.93■■■□□ 2.06
CUX1P39880 Z98749.2-207ENST00000443658 679 ntTSL 2 BASIC27.93■■■□□ 2.06
CUX1P39880 AC079296.1-201ENST00000531592 560 ntTSL 3 BASIC27.93■■■□□ 2.06
CUX1P39880 SNX29P1-201ENST00000548357 1007 ntBASIC27.93■■■□□ 2.06
CUX1P39880 AC013565.3-201ENST00000565547 450 ntTSL 3 BASIC27.93■■■□□ 2.06
CUX1P39880 ELOF1-206ENST00000590700 585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.93■■■□□ 2.06
CUX1P39880 TXNL4A-212ENST00000592957 546 ntTSL 3 BASIC27.93■■■□□ 2.06
CUX1P39880 AL606495.2-201ENST00000605867 535 ntBASIC27.93■■■□□ 2.06
CUX1P39880 RAD51D-218ENST00000590016 1528 ntTSL 2 BASIC27.93■■■□□ 2.06
CUX1P39880 HARS2-206ENST00000508522 1562 ntTSL 2 BASIC27.93■■■□□ 2.06
CUX1P39880 NFE2-201ENST00000312156 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
CUX1P39880 C19orf48-202ENST00000391812 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.93■■■□□ 2.06
CUX1P39880 EGFL6-202ENST00000380602 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
CUX1P39880 GCSH-209ENST00000639689 2412 ntTSL 5 BASIC27.93■■■□□ 2.06
CUX1P39880 FLOT2-202ENST00000394908 2618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
CUX1P39880 FMR1-201ENST00000218200 4333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
CUX1P39880 KMT2E-207ENST00000476671 2523 ntTSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
CUX1P39880 CYP2W1-201ENST00000308919 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
CUX1P39880 COMP-202ENST00000425807 2292 ntTSL 2 BASIC27.93■■■□□ 2.06
CUX1P39880 NKX2-2-201ENST00000377142 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
CUX1P39880 A4GALT-202ENST00000381278 1935 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.93■■■□□ 2.06
CUX1P39880 KCTD14-201ENST00000353172 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
CUX1P39880 MARCH2-208ENST00000602117 1667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
CUX1P39880 EEF1B2-201ENST00000236957 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
CUX1P39880 BANF1-201ENST00000312175 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
CUX1P39880 GPHB5-201ENST00000314140 393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
CUX1P39880 PAXIP1-202ENST00000404141 3827 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
CUX1P39880 AL391069.2-202ENST00000447795 622 ntTSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
CUX1P39880 SERF1B-208ENST00000515588 792 ntTSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
CUX1P39880 HIC1-202ENST00000399849 3156 ntTSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
CUX1P39880 CPSF3-201ENST00000238112 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
CUX1P39880 MAP7D1-201ENST00000316156 3456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
CUX1P39880 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
CUX1P39880 TEAD2-203ENST00000539846 1444 ntTSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
CUX1P39880 ASNA1-204ENST00000591090 1368 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
CUX1P39880 CCDC84-201ENST00000334418 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
CUX1P39880 ZFAND2B-203ENST00000409206 1159 ntTSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
CUX1P39880 AC087294.1-202ENST00000439136 487 ntTSL 3 BASIC27.92■■■□□ 2.06
CUX1P39880 ZFAND2B-212ENST00000444522 1199 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
CUX1P39880 TMEM5-AS1-201ENST00000546214 563 ntTSL 4 BASIC27.92■■■□□ 2.06
CUX1P39880 LINC02298-201ENST00000546968 965 ntTSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
CUX1P39880 AC087294.1-201ENST00000580291 1152 ntTSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
CUX1P39880 5S_rRNA.22-201ENST00000614916 106 ntBASIC27.92■■■□□ 2.06
CUX1P39880 MIR6805-201ENST00000615055 62 ntBASIC27.92■■■□□ 2.06
CUX1P39880 MARK2-201ENST00000350490 2903 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
CUX1P39880 AC138356.1-201ENST00000330539 2086 ntTSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
CUX1P39880 WDR25-202ENST00000402312 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
CUX1P39880 TEFM-205ENST00000581216 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
CUX1P39880 AC118553.2-203ENST00000639037 2590 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC27.91■■■□□ 2.06
CUX1P39880 TRIP10-201ENST00000313244 2153 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
CUX1P39880 FKBP6-202ENST00000413573 1507 ntTSL 5 BASIC27.91■■■□□ 2.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.6 ms