Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 RCAN3-202ENST00000374395 6802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
MSX1P28360 DCLK2-204ENST00000506325 2298 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
MSX1P28360 PRRT4-205ENST00000489835 2313 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
MSX1P28360 ETNK2-202ENST00000367201 2431 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
MSX1P28360 FGFR4-207ENST00000502906 2638 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
MSX1P28360 C8orf33-201ENST00000331434 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
MSX1P28360 HNRNPU-205ENST00000444376 6827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
MSX1P28360 AP001094.4-201ENST00000579008 2176 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
MSX1P28360 THNSL2-202ENST00000343544 2052 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
MSX1P28360 CCT7-215ENST00000539919 2031 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
MSX1P28360 AL590627.1-201ENST00000626603 1910 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
MSX1P28360 HPN-202ENST00000392226 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
MSX1P28360 LINC01979-201ENST00000576738 5271 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
MSX1P28360 LINC00887-203ENST00000429578 1717 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
MSX1P28360 ZSCAN25-201ENST00000262941 1652 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
MSX1P28360 ETV7-207ENST00000620358 1599 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
MSX1P28360 PSMD6-210ENST00000492933 1495 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
MSX1P28360 LINC02138-201ENST00000378340 1326 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
MSX1P28360 CCDC107-201ENST00000327351 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
MSX1P28360 RPL36-201ENST00000347512 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
MSX1P28360 YWHAZ-203ENST00000395951 964 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
MSX1P28360 PCAT6-201ENST00000417262 748 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
MSX1P28360 AC027117.2-201ENST00000522768 510 ntTSL 3 BASIC15.55■□□□□ 0.08
MSX1P28360 AP000442.1-201ENST00000533552 769 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
MSX1P28360 AC027796.2-201ENST00000575326 344 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
MSX1P28360 TVP23A-210ENST00000612195 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
MSX1P28360 WASF1-202ENST00000359451 3075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
MSX1P28360 TUBGCP3-202ENST00000375669 2723 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
MSX1P28360 PRMT2-203ENST00000355680 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
MSX1P28360 MAPKAPK3-201ENST00000357955 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
MSX1P28360 SCNN1A-205ENST00000396966 2336 ntTSL 3 BASIC15.55■□□□□ 0.08
MSX1P28360 PNPO-201ENST00000225573 2256 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
MSX1P28360 CMIP-209ENST00000566513 2288 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
MSX1P28360 NAGPA-201ENST00000312251 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
MSX1P28360 NRP1-204ENST00000374822 2213 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
MSX1P28360 PCDHA6-202ENST00000527624 2231 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
MSX1P28360 CDK19-202ENST00000368911 6246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
MSX1P28360 INPP4A-205ENST00000409851 3365 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
MSX1P28360 ASB6-203ENST00000450050 4535 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
MSX1P28360 GSS-201ENST00000216951 1922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
MSX1P28360 ZFP64-205ENST00000371518 1841 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
MSX1P28360 EHD2-202ENST00000538399 1766 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
MSX1P28360 ADM5-201ENST00000420022 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
MSX1P28360 DMRTC2-204ENST00000596827 1675 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
MSX1P28360 PTPA-206ENST00000358994 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
MSX1P28360 DOCK7-203ENST00000404627 2678 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
MSX1P28360 CFC1-202ENST00000615342 1554 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
MSX1P28360 CFC1B-202ENST00000619050 1554 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
MSX1P28360 ZDHHC9-202ENST00000371064 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
MSX1P28360 PSMC5-202ENST00000375812 1494 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
MSX1P28360 AC083864.1-201ENST00000381493 1497 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
MSX1P28360 CSNK2A1-203ENST00000400217 1451 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
MSX1P28360 ERLEC1-201ENST00000185150 2433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
MSX1P28360 T-201ENST00000296946 2436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
MSX1P28360 SYCE1-203ENST00000368517 1377 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
MSX1P28360 LCA10-201ENST00000618311 1392 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
MSX1P28360 SLC29A1-202ENST00000371713 2168 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
MSX1P28360 FCN2-201ENST00000291744 1057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
MSX1P28360 PPIB-201ENST00000300026 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
MSX1P28360 NDUFA11-201ENST00000308961 539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
MSX1P28360 HELT-201ENST00000338875 1008 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
MSX1P28360 HIST1H2BL-201ENST00000377401 488 ntAPPRIS P1 BASIC15.54■□□□□ 0.08
MSX1P28360 ATP6V0CP3-201ENST00000417255 467 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
MSX1P28360 AC023274.1-201ENST00000418278 595 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
MSX1P28360 MCF2L-AS1-201ENST00000446789 712 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
MSX1P28360 AC007364.1-201ENST00000449714 1022 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
MSX1P28360 LHX5-AS1-201ENST00000551357 522 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
MSX1P28360 ICAM2-205ENST00000578379 1064 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
MSX1P28360 ICAM2-206ENST00000578892 1056 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
MSX1P28360 ARHGDIA-208ENST00000581876 709 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
MSX1P28360 AC064836.3-201ENST00000607928 673 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
MSX1P28360 LOXL3-205ENST00000409986 2005 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
MSX1P28360 RABEP2-202ENST00000358201 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
MSX1P28360 KIAA0368-201ENST00000259335 7391 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
MSX1P28360 AP3D1-202ENST00000355272 5034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
MSX1P28360 AP3D1-201ENST00000345016 4870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
MSX1P28360 ZNF302-202ENST00000446502 2635 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
MSX1P28360 MAGI1-213ENST00000483466 4791 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
MSX1P28360 AL355987.1-201ENST00000435202 2420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
MSX1P28360 NR4A2-203ENST00000409108 1735 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
MSX1P28360 AD000671.3-202ENST00000591091 1712 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
MSX1P28360 STPG3-AS1-201ENST00000612170 1701 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
MSX1P28360 VAV2-202ENST00000371851 5101 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
MSX1P28360 ATAD3A-207ENST00000536055 2332 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
MSX1P28360 INPP5A-203ENST00000368594 2967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
MSX1P28360 PFN2-201ENST00000239940 2261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
MSX1P28360 KLHL42-201ENST00000381271 6703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
MSX1P28360 NFKBIA-201ENST00000216797 1558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
MSX1P28360 SH2D3C-203ENST00000373277 2750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
MSX1P28360 ARNTL-205ENST00000403510 2745 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
MSX1P28360 UNC119-204ENST00000470125 2050 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
MSX1P28360 DMKN-209ENST00000429837 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
MSX1P28360 SATB2-202ENST00000417098 5730 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
MSX1P28360 AGXT-201ENST00000307503 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
MSX1P28360 PIP5K1C-205ENST00000589578 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
MSX1P28360 NBPF11-205ENST00000615281 5494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
MSX1P28360 CGREF1-201ENST00000260595 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
MSX1P28360 SPDYC-201ENST00000377185 991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
MSX1P28360 CD99-204ENST00000381187 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
MSX1P28360 TNNT3-203ENST00000381557 1019 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.8 ms