Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 AL390729.1-201ENST00000456651 587 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 HLA-J-203ENST00000494367 1087 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 RNF151-203ENST00000569714 796 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 TVP23B-206ENST00000574226 1080 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 IFT20-215ENST00000585313 852 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 HNRNPDL-206ENST00000602300 1291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 AC020934.3-201ENST00000639810 348 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 PLEKHF2-201ENST00000315367 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 PNPO-201ENST00000225573 2256 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 DDX1-207ENST00000617198 2257 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 TMEM161A-201ENST00000162044 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 GRM5-202ENST00000305447 4571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 NFIX-214ENST00000592199 1509 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 IQCE-204ENST00000404984 2086 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 TMEM183A-201ENST00000367242 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 BCS1L-212ENST00000439945 1483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 BEND4-203ENST00000611697 1348 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 ZNF385A-203ENST00000394313 2430 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 TRPV4-205ENST00000537083 2436 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 DIABLO-206ENST00000443649 2250 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 CBWD2-204ENST00000433343 1411 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 AP001189.5-201ENST00000637683 1413 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 PARD3-205ENST00000374773 3420 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 CBX7-202ENST00000401405 784 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 LINC00398-201ENST00000414407 906 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 TSFM-210ENST00000550559 897 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 AC004408.1-201ENST00000579256 573 ntTSL 4 BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 METTL23-202ENST00000586200 465 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 METTL23-212ENST00000590964 1006 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 AC244153.1-203ENST00000622796 419 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 TCEA1-201ENST00000396401 2718 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 SNHG18-201ENST00000508179 1799 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 GUCD1-203ENST00000404664 1606 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 LGMN-202ENST00000393218 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 AC010478.1-202ENST00000559112 2367 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 PCGF2-206ENST00000618941 1499 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 MOB3A-201ENST00000357066 3391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 SH2D3C-213ENST00000629203 2478 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 MYOD1-201ENST00000250003 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 AC139530.2-201ENST00000571730 1922 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 CCDC183-201ENST00000338005 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 FGFR2-207ENST00000359354 1680 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 PLTP-204ENST00000420868 1420 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 RGS3-210ENST00000462143 2759 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 POLR3E-203ENST00000418581 2529 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 TSSC4-202ENST00000380992 992 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 AC005306.1-201ENST00000587498 661 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 AC027307.2-201ENST00000591252 911 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 LBX1-AS1-201ENST00000430651 2553 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 WDR45-239ENST00000634944 1745 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 ELP5-202ENST00000356683 2197 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 CLEC18C-201ENST00000314151 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 CLEC18A-208ENST00000568461 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 FBXO4-201ENST00000281623 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 TPM1-219ENST00000559397 1655 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 TCP11L2-201ENST00000299045 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 SOCS3-201ENST00000330871 2734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 NKG7-201ENST00000221978 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 NECTIN1-202ENST00000340882 1059 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 MIR346-201ENST00000362234 95 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 VCX-202ENST00000381059 967 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 C8orf46-205ENST00000480005 865 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 NKG7-205ENST00000600427 520 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 PTPA-206ENST00000358994 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 BLOC1S5-202ENST00000397457 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 NOS1AP-206ENST00000530878 2894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 PYCR2-201ENST00000343818 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 GGT3P-204ENST00000453783 1664 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 PACS1-209ENST00000529757 1688 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 GPAA1P2-202ENST00000606848 1787 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 AC073439.1-201ENST00000624121 1774 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 GGT7-201ENST00000336431 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 CHGA-201ENST00000216492 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 PKLR-201ENST00000342741 2083 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 SMARCD1-201ENST00000381513 3237 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 TPGS2-220ENST00000610723 1426 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 SIRT6-201ENST00000305232 1506 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 ALMS1P1-202ENST00000450720 1601 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 GGT6-203ENST00000573591 1730 ntTSL 4 BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 MAGEA2-201ENST00000595583 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 NEK2-202ENST00000366999 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 ARHGAP9-204ENST00000430041 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 ADIRF-AS1-201ENST00000418273 2627 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 GRTP1-AS1-201ENST00000419199 867 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 AL109613.1-202ENST00000427243 639 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 IL32-206ENST00000440815 920 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 IL32-207ENST00000444393 892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 IQCF3-204ENST00000446775 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 ZNF655-216ENST00000449244 544 ntTSL 4 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 SLBP-205ENST00000488267 987 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 PRYP6-201ENST00000514804 343 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 GATD1-206ENST00000526325 756 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 IL32-219ENST00000531965 746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 IL32-223ENST00000534507 1112 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 IL32-226ENST00000548476 1014 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 IL32-227ENST00000548652 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 KRT8P23-201ENST00000560090 1207 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 RAB34-224ENST00000636513 888 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL3A1P02461 FUT2-201ENST00000391876 1593 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.6 ms