Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 VEGFA-205ENST00000372067 3535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 LGALS12-201ENST00000255684 1667 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 YAP1-208ENST00000531439 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 SULT2B1-201ENST00000201586 1295 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 KRTAP1-1-201ENST00000306271 903 ntAPPRIS P1 BASIC16.51■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 PIGU-202ENST00000374820 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 PSMB8-202ENST00000374882 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 MED15P5-201ENST00000423150 992 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 AL591424.1-201ENST00000442569 1213 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 LINC01615-202ENST00000449466 603 ntTSL 3 BASIC16.51■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 COX6C-204ENST00000520271 571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 TSFM-208ENST00000543727 651 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 AC027796.2-201ENST00000575326 344 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 STX10-204ENST00000587230 1136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 FAM197Y3-203ENST00000618346 717 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 AC055717.3-201ENST00000622967 595 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 LINC00200-201ENST00000425630 2434 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 RDH12-201ENST00000267502 1833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 HGS-201ENST00000329138 2970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 DTX2-201ENST00000324432 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 ALKBH5-203ENST00000541285 1605 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 CBWD2-204ENST00000433343 1411 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 SMN1-204ENST00000506163 1445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 AC104109.2-201ENST00000602919 1418 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 GIMAP1-201ENST00000307194 4420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 ZNF281-203ENST00000367353 3080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 SLC7A9-202ENST00000587772 1568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 LRP8-207ENST00000465675 2670 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 TAF3-201ENST00000344293 4872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 AC005329.3-201ENST00000626781 1366 ntTSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 ASB10-202ENST00000377867 1738 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 TBC1D2-205ENST00000465784 3349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 RNF7-201ENST00000273480 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 TAPBP-238ENST00000475304 1686 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 AC060834.1-201ENST00000443027 2032 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 SYNGR2-206ENST00000589711 2041 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 PIGX-202ENST00000392391 3057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 INPP5B-201ENST00000373021 3934 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 AC062028.1-203ENST00000447433 1472 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 HNRNPU-205ENST00000444376 6827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 PLXNB3-201ENST00000361971 6146 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 AC125494.1-203ENST00000396799 1622 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 MRPS34-201ENST00000177742 1040 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 SZT2-202ENST00000372450 1191 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 FAM99B-201ENST00000382166 1067 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 ANKRD54-202ENST00000406423 954 ntTSL 3 BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 RBM17P3-201ENST00000417687 1192 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 ICAM2-203ENST00000449662 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 AC008429.1-203ENST00000518894 548 ntTSL 4 BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 AC010327.4-202ENST00000591484 748 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 MTDHP3-201ENST00000594186 672 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 NXNL2-205ENST00000618633 739 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 AL355877.3-201ENST00000622820 899 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 IQSEC2-210ENST00000639161 936 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 MAN1C1-201ENST00000263979 2627 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 C12orf29-201ENST00000356891 2919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 DMAP1-201ENST00000315913 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 YIPF2-204ENST00000586748 1550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 IL18BP-214ENST00000620017 1566 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 TRA2A-202ENST00000392502 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 BTBD11-205ENST00000490090 4614 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 SRSF1-201ENST00000258962 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 MRTO4-201ENST00000330263 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 C1QTNF1-202ENST00000339142 3100 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 PDLIM7-202ENST00000355841 1689 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 FOLH1-201ENST00000256999 2635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 TRMT44-201ENST00000389737 2799 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 RAB1A-203ENST00000409784 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 SEPHS2-201ENST00000478753 2551 ntAPPRIS P1 BASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 C2orf27B-201ENST00000623129 1325 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 ATP6V0E2-202ENST00000425642 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 GJB3-201ENST00000373362 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 GSS-201ENST00000216951 1922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 NUP62-211ENST00000597029 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 TMEM50B-210ENST00000542230 2375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 NANS-201ENST00000210444 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 DHDH-201ENST00000221403 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 DYDC2-202ENST00000372197 2022 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 PFKP-202ENST00000381075 2769 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 YIF1B-204ENST00000392124 1404 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 UPK3A-202ENST00000396082 627 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 TRABD2A-202ENST00000409133 1554 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 SLCO4A1-AS1-202ENST00000433126 1420 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 DNAJB3-201ENST00000446806 729 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 KLHDC8A-205ENST00000539253 2931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 FAM109A-204ENST00000548163 2317 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 AP001160.2-201ENST00000596071 487 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 CD72-211ENST00000612238 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 HIC2-201ENST00000407464 6798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 HRASLS5-206ENST00000540857 3032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 ABCG5-201ENST00000260645 2740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 ZBTB9-201ENST00000395064 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 PFN2-201ENST00000239940 2261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 ZBTB16-202ENST00000392996 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 SUSD4-208ENST00000494793 1833 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 PSMC3IP-204ENST00000587209 1381 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 SLC9A7-201ENST00000328306 3838 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 STK39-201ENST00000355999 3820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 NAP1L4-201ENST00000380542 2511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS4AQ9UN37 ASIC3-203ENST00000357922 2232 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 67.9 ms