Protein–RNA interactions for Protein: Q13286

CLN3, Battenin, humanhuman

Predictions only

Length 438 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3Q13286 LACTB2-203ENST00000522447 1034 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 SMCO4-204ENST00000527149 472 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 TMEM120B-206ENST00000540377 962 ntTSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 AL596325.1-201ENST00000563991 1082 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 COQ9-214ENST00000567933 882 ntTSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 MIR4453-201ENST00000584019 89 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 AL359881.2-201ENST00000602973 570 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 AC009118.2-201ENST00000613275 655 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 AC247036.6-201ENST00000632950 410 ntAPPRIS P1 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 AC133561.2-201ENST00000380145 1802 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 PSRC1-205ENST00000409138 1826 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 LINC01657-201ENST00000457217 1809 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 PPP1R7-201ENST00000234038 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 TMEM110-201ENST00000355083 4769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 GTDC1-219ENST00000542155 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 TPRA1-204ENST00000450633 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 PDE1C-206ENST00000396193 5109 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 PPT2-246ENST00000375137 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 ICA1-206ENST00000402384 2458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 GORASP1-206ENST00000422110 2523 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 SCARB2-201ENST00000264896 4792 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 NRXN1-209ENST00000405581 5078 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 UQCRC1-201ENST00000203407 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 TREX2-201ENST00000330912 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 SLC16A13-201ENST00000308027 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 LINC00887-203ENST00000429578 1717 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 LRP3-201ENST00000253193 3807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 WDR4-201ENST00000330317 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 CAPN15-201ENST00000219611 4744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 SSUH2-202ENST00000341795 1799 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 DUS1L-201ENST00000306796 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 FIGNL2-202ENST00000618634 4812 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 FBXL17-201ENST00000359660 4510 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 AC005332.8-201ENST00000622750 2735 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 MADD-208ENST00000405573 1823 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 ZDHHC20-209ENST00000542645 5315 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 MAP4K4-202ENST00000324219 7526 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 BMPER-201ENST00000297161 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 EEF1D-205ENST00000442189 2207 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 USE1-201ENST00000263897 843 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 SYCE1-202ENST00000343131 1113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 MIR346-201ENST00000362234 95 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 ITGA9-AS1-201ENST00000366441 895 ntTSL 3 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 ADM2-201ENST00000395737 535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 CYSRT1-201ENST00000409414 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 LINC01818-201ENST00000437118 368 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 RN7SL692P-201ENST00000464677 288 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 AC017007.3-201ENST00000479865 435 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 GNG4-205ENST00000484517 684 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 PTHLH-206ENST00000538310 854 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 PTHLH-207ENST00000539239 890 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 MNT-208ENST00000575394 606 ntTSL 4 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 AC027307.2-201ENST00000591252 911 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 RGS9BP-201ENST00000334176 2894 ntAPPRIS P1 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 ILF3-203ENST00000449870 6119 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 TMEM143-202ENST00000377431 1960 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 EHMT1-236ENST00000637161 5049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 POLR2C-201ENST00000219252 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 RUNX1-207ENST00000437180 5967 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 FFAR2-202ENST00000599180 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 SNHG18-201ENST00000508179 1799 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 PGRMC1-202ENST00000535419 1762 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 USP3-AS1-201ENST00000558831 1784 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 SCARB2-223ENST00000640640 4608 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 NADK-201ENST00000341426 3235 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 HNRNPUL1-203ENST00000378215 2864 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 FGFBP3-201ENST00000311575 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 SAMD11-214ENST00000618323 2159 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 LAT-202ENST00000360872 1459 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 MTSS1L-204ENST00000616026 2241 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 DTNB-209ENST00000407038 2294 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 FLJ13224-201ENST00000313737 1514 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 KLHL31-201ENST00000370905 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 NPTX2-201ENST00000265634 2700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 VAV2-203ENST00000406606 4691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 FAM60A-203ENST00000454658 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 ORC5-201ENST00000297431 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 CACNA1A-215ENST00000635727 7536 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 CYP4F2-201ENST00000011989 2067 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 KRT79-201ENST00000330553 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 SLC5A10-203ENST00000395645 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 GCSH-208ENST00000639169 2537 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 AIP-201ENST00000279146 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 PENK-201ENST00000314922 1199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 NDUFB8-202ENST00000370320 684 ntTSL 3 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 CRIP1-203ENST00000409393 677 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 COX5BP8-201ENST00000416911 349 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 SS18L2-202ENST00000447630 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 GLI4-207ENST00000521682 1082 ntTSL 3 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 NR2C2AP-204ENST00000538165 891 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 GCHFR-204ENST00000559445 626 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 COQ4-205ENST00000609948 956 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 TRIM17-204ENST00000366698 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 LTB4R2-202ENST00000528054 3092 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 NT5C3A-204ENST00000405342 1759 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 ZNF446-203ENST00000594369 2238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 BIN1-208ENST00000376113 1832 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 SUSD4-208ENST00000494793 1833 ntTSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 COL27A1-201ENST00000356083 7790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CLN3Q13286 FAM90A1-201ENST00000307435 2342 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.3 ms