Protein–RNA interactions for Protein: Q13133

NR1H3, Oxysterols receptor LXR-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 447 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NR1H3Q13133 POMT1-208ENST00000423007 3320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
NR1H3Q13133 COL27A1-201ENST00000356083 7790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 SEPT4-201ENST00000317256 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 PSMC3IP-204ENST00000587209 1381 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 ITGA8-201ENST00000378076 6755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 SLC3A2-201ENST00000338663 1904 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 TCP11L2-203ENST00000547153 1788 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 GUCY1B3-206ENST00000507146 2709 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 KNOP1-205ENST00000568230 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 PDE9A-203ENST00000335440 1728 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 BAIAP2-205ENST00000435091 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 ATG3-201ENST00000283290 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 FOXE1-201ENST00000375123 3462 ntAPPRIS P1 BASIC18.01■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 NEURL1B-201ENST00000369800 6424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 UCKL1-202ENST00000358711 1845 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 SLC22A7-201ENST00000372574 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 ABHD14B-203ENST00000395008 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 AL049569.1-201ENST00000446261 636 ntTSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 AC099669.1-201ENST00000457331 456 ntTSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 MRPL20-203ENST00000482352 1049 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 AC112482.1-201ENST00000492080 688 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 ATP5L2-201ENST00000505920 799 ntAPPRIS P1 BASIC18.01■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 AP000763.4-201ENST00000544674 752 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 AL137786.1-202ENST00000555496 789 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 AC092902.2-205ENST00000622381 394 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 NFIB-212ENST00000622520 1274 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 LINC01635-202ENST00000635097 1023 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 MED17-201ENST00000251871 5142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 MFF-202ENST00000337110 1760 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 ZNF561-AS1-204ENST00000587536 1799 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 NSUN5P2-205ENST00000602348 1776 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 GID4-202ENST00000376345 1391 ntTSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 MIB2-232ENST00000520777 3321 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 NSMF-204ENST00000371473 3556 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 MINK1-202ENST00000355280 4961 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 PCDHA2-201ENST00000378132 2626 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 IMP4-201ENST00000259239 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 LPAR3-201ENST00000370611 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 DYNC1I1-212ENST00000630942 2249 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 LINC00472-203ENST00000426635 2958 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 PDZD8-201ENST00000334464 9699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 FAM46A-201ENST00000320172 5609 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 LTV1-201ENST00000367576 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 STAT5A-207ENST00000546010 3086 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 SLC22A3-201ENST00000275300 3348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 PHKA1-205ENST00000541944 5944 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 CEACAM21-203ENST00000407170 1691 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 PSENEN-202ENST00000587708 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 LINC00905-202ENST00000588117 1768 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 MYCLP1-201ENST00000372451 1075 ntBASIC18■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 TSTD1-204ENST00000423014 593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 AP001058.1-201ENST00000423967 463 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 EFCAB1-209ENST00000523092 648 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 DHDH-204ENST00000523250 634 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 BRICD5-202ENST00000562360 783 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 AC074135.2-201ENST00000600896 510 ntTSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 AC019129.2-201ENST00000609837 1235 ntBASIC18■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 SLC8A3-202ENST00000356921 5250 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 TMEM175-201ENST00000264771 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 MAEA-202ENST00000303400 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 DICER1-AS1-204ENST00000554631 1709 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 CDK4-201ENST00000257904 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 RHNO1-209ENST00000618250 2070 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC18■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 CHGA-202ENST00000334654 1474 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 PTPRA-205ENST00000399903 3337 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 PODXL-201ENST00000322985 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 AC105001.2-201ENST00000554914 1753 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 NAGPA-201ENST00000312251 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 MYH14-203ENST00000425460 6811 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 NAP1L4-201ENST00000380542 2511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 RAB3IP-202ENST00000362025 2055 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 SERINC2-205ENST00000536384 2062 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 P2RX5-209ENST00000552276 1642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 RASSF8-AS1-202ENST00000500276 2610 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 SH3BP5-206ENST00000426925 2190 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 TBC1D2B-201ENST00000300584 6067 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 VRK1-201ENST00000216639 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 RUNX1-203ENST00000358356 2720 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 FCN2-201ENST00000291744 1057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 ZGLP1-201ENST00000403352 1028 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 CHMP3-203ENST00000409225 1099 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 AC023274.1-201ENST00000418278 595 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 AC012363.1-201ENST00000455707 575 ntTSL 4 BASIC17.99■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 NT5C3B-215ENST00000521789 993 ntTSL 3 BASIC17.99■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 TMEM106C-214ENST00000550161 976 ntTSL 3 BASIC17.99■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 L2HGDH-206ENST00000555610 804 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 LRRC28-210ENST00000558879 581 ntTSL 4 BASIC17.99■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 Z94160.2-201ENST00000609322 910 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 AC055717.3-201ENST00000622967 595 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 HSPA1A-201ENST00000375651 2483 ntAPPRIS P1 BASIC17.99■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 SRSF2-205ENST00000508921 1390 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 VARS-215ENST00000375663 4312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 MAP4K1-201ENST00000396857 2653 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 CSNK1D-204ENST00000398519 1580 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 AC006504.4-201ENST00000592118 1568 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 OSGIN1-202ENST00000361711 2230 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 LIFR-202ENST00000453190 4253 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 CYP2D6-203ENST00000360608 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 WDR6-202ENST00000415265 1883 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
NR1H3Q13133 AC133548.2-201ENST00000568567 2605 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 84 ms