Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 MEAF6-202ENST00000373073 603 ntTSL 3 BASIC28.01■■■□□ 2.07
CUX1P39880 MXI1-205ENST00000393134 889 ntTSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
CUX1P39880 RAC2-203ENST00000405484 842 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC28.01■■■□□ 2.07
CUX1P39880 AC112492.5-201ENST00000421897 457 ntBASIC28.01■■■□□ 2.07
CUX1P39880 AC114501.2-201ENST00000439631 535 ntBASIC28.01■■■□□ 2.07
CUX1P39880 DM1-AS-201ENST00000586251 483 ntTSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
CUX1P39880 BCL2L12-206ENST00000598306 510 ntTSL 5 BASIC28.01■■■□□ 2.07
CUX1P39880 AL162274.1-201ENST00000617191 1098 ntBASIC28.01■■■□□ 2.07
CUX1P39880 TMEM120A-201ENST00000417509 1444 ntTSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
CUX1P39880 GCDH-201ENST00000222214 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
CUX1P39880 RAVER1-207ENST00000615032 1952 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.01■■■□□ 2.07
CUX1P39880 CDIP1-206ENST00000563507 1463 ntTSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
CUX1P39880 FBXO24-206ENST00000468962 1901 ntTSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
CUX1P39880 AHRR-204ENST00000506456 2350 ntTSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
CUX1P39880 OTUB1-206ENST00000535715 1391 ntTSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
CUX1P39880 TNFAIP1-202ENST00000544907 1656 ntTSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
CUX1P39880 EBI3-201ENST00000221847 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
CUX1P39880 NDUFA2-201ENST00000252102 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
CUX1P39880 FOXR1-201ENST00000317011 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
CUX1P39880 PODXL-201ENST00000322985 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
CUX1P39880 CTHRC1-201ENST00000330295 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
CUX1P39880 KRT6A-201ENST00000330722 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
CUX1P39880 KRTAP10-1-201ENST00000400375 1215 ntAPPRIS P1 BASIC28■■■□□ 2.07
CUX1P39880 ZBTB22-207ENST00000418724 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
CUX1P39880 RN7SL837P-201ENST00000463010 287 ntBASIC28■■■□□ 2.07
CUX1P39880 AC093004.1-201ENST00000508850 424 ntBASIC28■■■□□ 2.07
CUX1P39880 RAB35-202ENST00000534951 939 ntTSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
CUX1P39880 ZSCAN2-213ENST00000541040 965 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
CUX1P39880 STAC3-206ENST00000554578 1580 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
CUX1P39880 AC044860.1-202ENST00000559481 777 ntBASIC28■■■□□ 2.07
CUX1P39880 AC013467.2-201ENST00000605472 835 ntBASIC28■■■□□ 2.07
CUX1P39880 CCDC92-201ENST00000238156 2787 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
CUX1P39880 CHRFAM7A-202ENST00000397827 2794 ntTSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
CUX1P39880 CDV3-201ENST00000264993 3307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
CUX1P39880 TH-205ENST00000381175 1898 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
CUX1P39880 PCGF6-202ENST00000369847 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
CUX1P39880 RHOT1-202ENST00000354266 2919 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
CUX1P39880 NMU-201ENST00000264218 816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
CUX1P39880 AL133456.1-201ENST00000415655 577 ntTSL 4 BASIC27.99■■■□□ 2.07
CUX1P39880 RN7SL618P-201ENST00000477850 296 ntBASIC27.99■■■□□ 2.07
CUX1P39880 AC008969.1-205ENST00000553254 876 ntTSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
CUX1P39880 FHL2-212ENST00000607522 759 ntTSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
CUX1P39880 AC017083.2-201ENST00000608069 979 ntBASIC27.99■■■□□ 2.07
CUX1P39880 PHOSPHO2-207ENST00000616524 1253 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.99■■■□□ 2.07
CUX1P39880 CD1E-212ENST00000368167 1458 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
CUX1P39880 SLC39A13-213ENST00000533076 1805 ntTSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
CUX1P39880 KCNV2-201ENST00000382082 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
CUX1P39880 SLC6A7-203ENST00000524041 2431 ntTSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
CUX1P39880 ANKRD6-204ENST00000447838 2968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
CUX1P39880 TRA2A-201ENST00000297071 1845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
CUX1P39880 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
CUX1P39880 SPDYE19P-201ENST00000338590 713 ntBASIC27.98■■■□□ 2.07
CUX1P39880 ZDHHC12-201ENST00000372663 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
CUX1P39880 MRNIP-202ENST00000376931 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
CUX1P39880 AC008278.1-201ENST00000431117 568 ntTSL 4 BASIC27.98■■■□□ 2.07
CUX1P39880 WDR53-204ENST00000433160 887 ntTSL 5 BASIC27.98■■■□□ 2.07
CUX1P39880 SLC35B4-204ENST00000470969 1033 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
CUX1P39880 AC124947.2-201ENST00000547118 1133 ntBASIC27.98■■■□□ 2.07
CUX1P39880 AC129507.3-201ENST00000571512 913 ntTSL 2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
CUX1P39880 PRMT2-208ENST00000451211 1878 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
CUX1P39880 ABCG4-206ENST00000622721 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
CUX1P39880 EOMES-202ENST00000449599 2829 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
CUX1P39880 MVB12A-201ENST00000317040 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
CUX1P39880 NFIB-208ENST00000397581 3318 ntTSL 5 BASIC27.98■■■□□ 2.07
CUX1P39880 HM13-202ENST00000340852 1606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
CUX1P39880 AC008764.6-201ENST00000595909 2069 ntBASIC27.98■■■□□ 2.07
CUX1P39880 SLC3A2-201ENST00000338663 1904 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
CUX1P39880 BOC-212ENST00000485230 2173 ntTSL 2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
CUX1P39880 CCDC105-201ENST00000292574 1732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
CUX1P39880 AKT2-210ENST00000424901 5170 ntTSL 5 BASIC27.98■■■□□ 2.07
CUX1P39880 CD164L2-203ENST00000374030 993 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.97■■■□□ 2.07
CUX1P39880 FAM86HP-203ENST00000511564 521 ntTSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
CUX1P39880 AC106886.1-201ENST00000568660 600 ntBASIC27.97■■■□□ 2.07
CUX1P39880 H2BFM-203ENST00000598335 465 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.97■■■□□ 2.07
CUX1P39880 ADAMTS16-203ENST00000511368 2682 ntTSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
CUX1P39880 TEAD3-204ENST00000639578 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
CUX1P39880 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
CUX1P39880 CASP16P-202ENST00000575497 2161 ntTSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
CUX1P39880 RNFT2-209ENST00000622220 2176 ntTSL 5 BASIC27.97■■■□□ 2.07
CUX1P39880 SHISA5-219ENST00000612611 1677 ntTSL 5 BASIC27.97■■■□□ 2.07
CUX1P39880 AC135050.7-201ENST00000624508 2218 ntBASIC27.97■■■□□ 2.07
CUX1P39880 AC003002.1-202ENST00000596755 1743 ntAPPRIS P1 BASIC27.97■■■□□ 2.07
CUX1P39880 CFAP45-201ENST00000368099 1842 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
CUX1P39880 SCAND1-201ENST00000305978 902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
CUX1P39880 SZT2-AS1-201ENST00000396885 699 ntTSL 3 BASIC27.97■■■□□ 2.07
CUX1P39880 AC006001.2-201ENST00000448096 393 ntTSL 3 BASIC27.97■■■□□ 2.07
CUX1P39880 AC098859.1-201ENST00000502915 1238 ntBASIC27.97■■■□□ 2.07
CUX1P39880 AC009902.2-201ENST00000518880 620 ntTSL 4 BASIC27.97■■■□□ 2.07
CUX1P39880 MAX-210ENST00000555419 765 ntTSL 5 BASIC27.97■■■□□ 2.07
CUX1P39880 AC138207.8-201ENST00000579692 739 ntTSL 3 BASIC27.97■■■□□ 2.07
CUX1P39880 AC244517.11-204ENST00000624424 760 ntTSL 5 BASIC27.97■■■□□ 2.07
CUX1P39880 P3H1-204ENST00000397054 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
CUX1P39880 SLC22A12-201ENST00000336464 1854 ntTSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
CUX1P39880 ARID5A-201ENST00000357485 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
CUX1P39880 KLK15-201ENST00000326856 1389 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.96■■■□□ 2.07
CUX1P39880 QPRT-202ENST00000395384 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
CUX1P39880 BCAT2-209ENST00000599246 1449 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
CUX1P39880 SLCO4A1-201ENST00000217159 2776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
CUX1P39880 ELOC-209ENST00000602840 2780 ntTSL 5 BASIC27.96■■■□□ 2.07
CUX1P39880 GGA1-203ENST00000343632 3159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.5 ms