Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 MAPK9-201ENST00000343111 4369 ntTSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 SPAG11A-201ENST00000326558 612 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 AL157832.1-201ENST00000428273 495 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 AC008278.1-201ENST00000431117 568 ntTSL 4 BASIC18.59■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 IQCF3-201ENST00000437810 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 AC093459.1-202ENST00000438963 768 ntTSL 3 BASIC18.59■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 Z94721.1-201ENST00000444102 385 ntTSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 ZNF890P-202ENST00000530367 1156 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 AC021054.1-202ENST00000543884 599 ntTSL 3 BASIC18.59■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 AC084346.2-201ENST00000607097 949 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 NEIL2-203ENST00000436750 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 IL1R1-205ENST00000410023 5143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 MAP4K4-204ENST00000350198 7316 ntTSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 TCP11-228ENST00000611141 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 LUC7L-202ENST00000337351 2097 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 BPGM-202ENST00000393132 2051 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 ZIC1-201ENST00000282928 5241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 BICD1-207ENST00000551848 1962 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 NOX4-201ENST00000263317 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 EDN3-204ENST00000371028 2397 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 MAPK8IP3-202ENST00000356010 4456 ntTSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 LSM12-201ENST00000293406 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 ZFP1-208ENST00000568079 1426 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 SEPT8-205ENST00000378701 1817 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 IGLON5-201ENST00000270642 2606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 PAX1-205ENST00000613128 5352 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 CLDND1-204ENST00000394185 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 RANBP10-201ENST00000317506 5341 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 RANBP10-209ENST00000630626 5305 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 MARVELD3-204ENST00000565261 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 NR4A2-203ENST00000409108 1735 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 MADCAM1-204ENST00000587541 1723 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 PLEKHA2-208ENST00000616927 1748 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 TMEM235-201ENST00000374946 2409 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 HCST-201ENST00000246551 613 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 PP14571-201ENST00000404327 934 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 AC087499.6-201ENST00000411576 835 ntBASIC18.58■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 MPZL1-209ENST00000474859 630 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 AC092658.1-201ENST00000505836 891 ntBASIC18.58■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 RAB43P1-201ENST00000561790 589 ntBASIC18.58■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 ELOF1-206ENST00000590700 585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.58■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 TIMM13-201ENST00000215570 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 LRRC71-201ENST00000337428 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 KBTBD2-201ENST00000304056 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 LEMD2-201ENST00000293760 2958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 RUSC2-202ENST00000455600 5636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 HNF1B-201ENST00000613727 1546 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 STX6-201ENST00000258301 4851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 CETN4P-206ENST00000642099 2168 ntBASIC18.58■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 TDRKH-202ENST00000368823 2751 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 WAC-205ENST00000375664 5924 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 ADAM33-202ENST00000356518 3677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 CSPG5-202ENST00000383738 4161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 SLC12A9-215ENST00000540482 2269 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 MTMR12-201ENST00000264934 2215 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 CDK11A-205ENST00000378633 2458 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 LCN15-201ENST00000316144 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 PPP1R27-201ENST00000330261 782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 WWOX-201ENST00000355860 710 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 SNRPB-201ENST00000381342 1154 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 AL133456.1-201ENST00000415655 577 ntTSL 4 BASIC18.57■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 SDCBP-204ENST00000447182 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 AC011495.1-201ENST00000498085 584 ntBASIC18.57■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 DRAM1-202ENST00000544152 1048 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 ATXN2-AS-201ENST00000547021 485 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 AC005520.2-201ENST00000556194 573 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 AC091544.3-201ENST00000556424 531 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 LITAF-210ENST00000571976 548 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 LITAF-214ENST00000574703 486 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 APOC4-201ENST00000591600 348 ntTSL 3 BASIC18.57■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 CHCHD2P3-201ENST00000603038 451 ntBASIC18.57■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 PIGV-201ENST00000078527 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 FERMT2-204ENST00000399304 2082 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 ZNF133-210ENST00000535822 2341 ntTSL 3 BASIC18.57■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 FCGRT-201ENST00000221466 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 BTBD7P1-201ENST00000447253 1453 ntBASIC18.57■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 MAPK8IP3-216ENST00000610761 5626 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 MAP3K13-212ENST00000448876 1681 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 FBXO24-206ENST00000468962 1901 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 AC009113.1-201ENST00000570267 2443 ntBASIC18.57■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 ZNF707-202ENST00000418203 2661 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 TNFRSF8-202ENST00000413146 2363 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 LINC00304-203ENST00000565008 1864 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 CAPN5-205ENST00000529629 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 NCAPH2-203ENST00000395701 2077 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 STX3-203ENST00000529177 1571 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 SMARCC1-201ENST00000254480 6375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 TCP11-201ENST00000244645 2018 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 RNH1-205ENST00000397615 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 TCF25-225ENST00000614813 2047 ntTSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 MEST-201ENST00000223215 2465 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 HMBS-203ENST00000442944 1548 ntTSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 BHMT2-205ENST00000521567 1537 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 FOXL2-201ENST00000330315 2917 ntAPPRIS P1 BASIC18.56■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 HDAC10-202ENST00000349505 1950 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 NDUFB7-201ENST00000215565 531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 DDT-201ENST00000350608 671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 AL096814.1-202ENST00000372963 647 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 HLA-H-201ENST00000383620 1096 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 FAM166B-201ENST00000399742 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.9 ms