Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 PTP4A3-202ENST00000349124 2710 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 GPSM2-201ENST00000264126 3032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 AC087289.2-201ENST00000587267 1419 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 DUSP4-201ENST00000240100 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 TLE2-217ENST00000590536 2344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 PFN2-201ENST00000239940 2261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 MAT2A-202ENST00000409017 1927 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 ELL2P1-201ENST00000413990 1906 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 RAB4A-205ENST00000618010 2799 ntTSL 3 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 OSBP2-202ENST00000401475 2468 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 SDCBP-201ENST00000260130 2167 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 NRN1L-201ENST00000339176 710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 HMGA1P7-201ENST00000406908 502 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 PIK3CD-AS2-201ENST00000415330 939 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 LINC01842-201ENST00000588275 768 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 CITED2-204ENST00000618718 901 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 RBFOX1-207ENST00000547338 1513 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 EVPLL-201ENST00000399134 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 BBS7-204ENST00000506636 2570 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 LOXL3-205ENST00000409986 2005 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 ZSCAN25-201ENST00000262941 1652 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 ACYP2-203ENST00000406041 1913 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 HAS3-205ENST00000569188 2170 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 URI1-202ENST00000392271 3444 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 R3HDML-201ENST00000217043 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 PRR22-202ENST00000419421 1392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 WNT5B-202ENST00000397196 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 RABGGTA-201ENST00000216840 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 AC141586.5-201ENST00000624546 2050 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 NR1H3-204ENST00000407404 1330 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 ARFGAP1-220ENST00000547204 1327 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 TRIM11-202ENST00000366699 2511 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 FST-202ENST00000396947 2538 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 FTSJ1-201ENST00000019019 1986 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 AC211486.1-202ENST00000416371 468 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 AC026191.1-201ENST00000491930 829 ntTSL 3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 AC211476.1-201ENST00000503899 468 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 FAM172A-207ENST00000509739 1031 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 LYRM1-209ENST00000568663 857 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 MIR4492-201ENST00000581627 80 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 ZNF773-202ENST00000593916 548 ntTSL 3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 AC108860.2-201ENST00000562760 2183 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 RUNX2-201ENST00000359524 5390 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 IGSF11-209ENST00000491903 1487 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 FZD10-201ENST00000229030 3281 ntAPPRIS P1 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 BVES-202ENST00000336775 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 PAQR4-202ENST00000318782 2793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 ZNF74-201ENST00000357502 2788 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 NKAIN4-202ENST00000370313 1421 ntTSL 3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 DPEP3-201ENST00000268793 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 AC005498.3-201ENST00000596587 2045 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 BIRC7-201ENST00000217169 1368 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 FGFR4-202ENST00000393637 2418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 C21orf58-203ENST00000397680 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 ALDH2-202ENST00000416293 1572 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 NPAS3-202ENST00000356141 2802 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 NFE2-202ENST00000435572 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 NFKB2-201ENST00000189444 3011 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 DNAH14-206ENST00000400952 1984 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 PIK3R2-201ENST00000222254 4033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 HSD17B6-203ENST00000554150 1547 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 TSNARE1-205ENST00000520166 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 YKT6-201ENST00000223369 2696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 ANKRD13B-209ENST00000614878 2670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 ALDH3B1-208ENST00000617288 2078 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 AGXT-201ENST00000307503 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 FAM19A5-204ENST00000406880 833 ntTSL 3 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 AKIRIN1-203ENST00000446189 1243 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 MVB12A-211ENST00000529939 1091 ntTSL 3 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 CCND1-203ENST00000536559 553 ntTSL 3 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 BORCS8-206ENST00000585679 801 ntTSL 3 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 DHX33-202ENST00000433302 2225 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 BSG-202ENST00000346916 1605 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 BSG-203ENST00000353555 1616 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 AL121761.2-201ENST00000598007 1648 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 MTHFD2L-203ENST00000395759 2354 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 ZNF668-202ENST00000394983 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 HPN-202ENST00000392226 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 CTD-3080P12.3-203ENST00000514376 1757 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 AC119396.1-201ENST00000576789 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 NCAPH2-203ENST00000395701 2077 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 CACNA1A-225ENST00000636389 8137 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 EIF3J-201ENST00000261868 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 COMMD5-202ENST00000402718 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 SLC29A2-206ENST00000546034 2509 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 CFAP45-201ENST00000368099 1842 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 GPR137-212ENST00000539851 1843 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 CCDC157-201ENST00000338306 3001 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 MALT1-202ENST00000348428 9368 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 NDUFB2-AS1-201ENST00000465466 1648 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 GPX7-201ENST00000361314 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 MRPL55-208ENST00000366734 990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 MRPL55-217ENST00000366746 565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 AL162231.1-204ENST00000423809 477 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 AFG3L1P-209ENST00000429663 458 ntTSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 FAM58CP-201ENST00000435741 640 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 AP006288.1-201ENST00000446065 395 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 AC004967.1-201ENST00000453589 447 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 LINC01485-205ENST00000523617 586 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 AL390334.1-205ENST00000555797 411 ntTSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40 ms