Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 PCNX2-201ENST00000258229 7518 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 PRRT4-205ENST00000489835 2313 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 VSIG10L2-202ENST00000638636 2304 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 TEF-201ENST00000266304 4394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 LGALS12-205ENST00000425950 1789 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 USP3-AS1-201ENST00000558831 1784 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 AMMECR1-201ENST00000262844 5504 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 MGEA5-202ENST00000361464 5155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 ZDHHC8-202ENST00000334554 5046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 PLA2G12A-201ENST00000243501 5226 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 NKILA-202ENST00000614771 2598 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 GPBAR1-204ENST00000522678 2003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 LUC7L2-202ENST00000354926 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 AC103702.1-201ENST00000548801 2630 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 TRAPPC11-201ENST00000334690 4552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 SDR39U1-201ENST00000399395 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 VPS13A-AS1-201ENST00000415172 519 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 EMC9-202ENST00000419198 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 TPM4P1-201ENST00000436100 807 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 AC073648.2-201ENST00000510116 352 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 MRPL49-206ENST00000531705 489 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 AC139887.3-201ENST00000568585 713 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 PNMT-203ENST00000581428 677 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 AC036176.1-201ENST00000589905 785 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 CALM3-211ENST00000598871 561 ntTSL 4 BASIC15.11■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 AC020909.1-201ENST00000599632 1265 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 AC104692.2-201ENST00000603054 253 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 GNAI2-204ENST00000440628 1663 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 DRC7-201ENST00000336825 2680 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 SMARCA4-215ENST00000590574 5282 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 ZC3H7B-201ENST00000352645 5909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 ZDHHC20-202ENST00000382466 5338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 IGSF8-201ENST00000314485 2343 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 PRDM5-203ENST00000428209 2338 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 UGP2-202ENST00000394417 2136 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 ADAM10-205ENST00000461408 1932 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 LINC02012-201ENST00000608206 1725 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 TMEM216-201ENST00000334888 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 ISCU-205ENST00000535729 1330 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 CDCP1-201ENST00000296129 6006 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 FBXO7-201ENST00000266087 2195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 CD5L-201ENST00000368174 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 NCOA5-201ENST00000290231 3220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 ZNF133-205ENST00000401790 2642 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 EGFEM1P-202ENST00000431685 1563 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 TRH-202ENST00000507066 1580 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 GTPBP8-203ENST00000383678 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 ARID5A-203ENST00000454558 3079 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 DAGLB-202ENST00000425398 2044 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 FRMPD4-201ENST00000380682 8465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 ACBD3-201ENST00000366812 3573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 EN2-201ENST00000297375 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 STOX1-201ENST00000298596 3377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 CYBA-210ENST00000569359 1415 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 TOM1L1-221ENST00000575882 2507 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 MON2-203ENST00000546600 6130 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 PHKA1-205ENST00000541944 5944 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 PBK-201ENST00000301905 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 GOLGA7-202ENST00000405786 1903 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 GLG1-201ENST00000205061 8261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 ANAPC2-201ENST00000323927 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 PCMTD1-206ENST00000521344 1712 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 HIST1H2BN-204ENST00000612898 1723 ntAPPRIS P1 BASIC15.1■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 VAMP5-201ENST00000306384 689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 AL512785.2-202ENST00000367932 830 ntTSL 4 BASIC15.1■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 POMC-203ENST00000395826 959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 RPS2P1-201ENST00000434010 821 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 MPIG6B-210ENST00000480039 790 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 GOLGA7-203ENST00000518270 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 H2AFJ-203ENST00000544848 644 ntAPPRIS P1 BASIC15.1■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 FGFR1OP2-206ENST00000546072 956 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 AC068594.1-202ENST00000581657 749 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 ARMC7-204ENST00000582136 1204 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 SDCCAG3P1-201ENST00000589292 1150 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 AL353135.1-201ENST00000606729 504 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 AK4-207ENST00000545314 6887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 DLG4-201ENST00000302955 3184 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 DLG4-202ENST00000399506 3185 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 F12-201ENST00000253496 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 DCLK2-204ENST00000506325 2298 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 ZFYVE28-208ENST00000511071 3273 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 CPXM1-201ENST00000380605 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 DIABLO-204ENST00000413918 1859 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 HDAC10-205ENST00000448072 2133 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 ZSCAN10-202ENST00000538082 2350 ntTSL 4 BASIC15.1■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 SELENBP1-204ENST00000426705 1928 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 EPM2A-201ENST00000367519 3465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 DFFA-201ENST00000377036 1403 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 GABRG3-206ENST00000555083 1405 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 ZNF668-201ENST00000300849 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 DPF2-205ENST00000528416 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 TFAP2D-201ENST00000008391 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 BTG3-202ENST00000348354 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 IGFBP3-203ENST00000381086 2322 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 ZNF414-202ENST00000393927 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 UNC119-204ENST00000470125 2050 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 CPD-201ENST00000225719 9394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 RGS12-203ENST00000344733 5469 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 TSKU-205ENST00000612930 2666 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.09■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 H2AFV-201ENST00000222690 3804 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.7 ms