Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 LEPROTL1-202ENST00000442880 908 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 LINC01983-203ENST00000444346 519 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 HEBP2-202ENST00000448741 661 ntTSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 AC082651.1-201ENST00000478468 832 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 SLC50A1-209ENST00000484157 886 ntTSL 3 BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 GNG4-205ENST00000484517 684 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 TATDN3-212ENST00000530441 492 ntTSL 3 BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 BANF1P1-201ENST00000553684 263 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 AL133467.1-201ENST00000554161 993 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 SLC37A2-203ENST00000403796 2910 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 DEF8-225ENST00000569453 1852 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 NT5C3A-204ENST00000405342 1759 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 MAP3K15-201ENST00000338883 4012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 NR4A2-204ENST00000409572 2878 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 NKG7-201ENST00000221978 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 ZFPL1-207ENST00000526791 384 ntTSL 3 BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 AC027575.2-201ENST00000585258 1295 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 NKG7-205ENST00000600427 520 ntTSL 3 BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 NOX4-215ENST00000534731 2156 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 OSGIN1-202ENST00000361711 2230 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 CHCHD3-201ENST00000262570 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 AC119396.1-201ENST00000576789 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 DUS3L-202ENST00000320699 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 MARVELD3-204ENST00000565261 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 FGFR2-224ENST00000613048 4369 ntTSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 BFSP1-201ENST00000377868 2063 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 SEMA6D-205ENST00000389425 2318 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 GMDS-AS1-201ENST00000456943 2308 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 PACSIN2-203ENST00000402229 1883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 LINC00963-208ENST00000454968 1403 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 SCOC-208ENST00000510586 2193 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 ACSS2-201ENST00000253382 2925 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 FBXO22-202ENST00000453211 1486 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 TRAF2-201ENST00000247668 2264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 NQO2-201ENST00000338130 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 LTA-214ENST00000454783 1507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 CHIA-203ENST00000353665 1214 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 ATP5G2P4-201ENST00000442175 420 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 AC009477.1-201ENST00000452936 217 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 AC008378.1-201ENST00000521251 496 ntTSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 CDK4-206ENST00000549606 558 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 AC004233.1-201ENST00000570515 608 ntTSL 4 BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 AC016727.1-204ENST00000578974 420 ntTSL 3 BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 AC138474.1-201ENST00000586630 523 ntTSL 3 BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 AC009118.2-201ENST00000613275 655 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 NEK10-202ENST00000341435 2638 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 THTPA-203ENST00000554789 1595 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 ALAS2-203ENST00000396198 1936 ntTSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 ABTB1-201ENST00000232744 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 PACS2-205ENST00000547217 2809 ntTSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 RMDN3-202ENST00000338376 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 AC016396.2-201ENST00000562575 1417 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 BEND5-201ENST00000371833 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 ASB10-202ENST00000377867 1738 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 PODXL-201ENST00000322985 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 DDX31-201ENST00000310532 2408 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 ATP5B-201ENST00000262030 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 TBXA2R-204ENST00000589966 1814 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 AP3S2-216ENST00000617003 1561 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 C11orf88-201ENST00000332814 795 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 VHLL-201ENST00000339922 676 ntAPPRIS P1 BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 AL359815.1-201ENST00000457706 821 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 HHEX-203ENST00000492654 808 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 IGHV3-71-201ENST00000523324 359 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 AC105233.2-201ENST00000523697 349 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 AF228730.5-201ENST00000530288 346 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 ARL6IP1-202ENST00000546206 1107 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 AC133550.1-201ENST00000563565 295 ntTSL 3 BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 TPGS2-215ENST00000590842 1239 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 AL844908.2-201ENST00000609461 460 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 OPA3-202ENST00000323060 2250 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 ZNF140-207ENST00000440550 1663 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 OLFM2-203ENST00000590841 1665 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 TXNRD2-218ENST00000542719 2024 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 PIGT-257ENST00000640210 1715 ntTSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 NECAB2-203ENST00000565691 2064 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 AC127496.1-202ENST00000573602 2091 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 AC018470.1-201ENST00000624790 3129 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 OTOL1-201ENST00000327928 1434 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 DDX17-211ENST00000640332 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 DDX17-212ENST00000640668 2196 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 CEP78-204ENST00000415759 2623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 ST6GALNAC6-201ENST00000291839 2280 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 PRRT4-205ENST00000489835 2313 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 ALMS1P1-202ENST00000450720 1601 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 PGR-201ENST00000263463 2496 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 CLDN9-201ENST00000445369 2050 ntAPPRIS P1 BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 RGS20-201ENST00000276500 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 ERAS-201ENST00000338270 1266 ntAPPRIS P1 BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 FAM19A3-202ENST00000369630 1282 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 IFT20-203ENST00000395418 825 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 PLA2G16-203ENST00000415826 1099 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 AP001471.1-201ENST00000454245 672 ntTSL 3 BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 AC040162.1-202ENST00000573493 573 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 AC015688.8-201ENST00000577746 656 ntTSL 4 BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 IFT20-216ENST00000588477 774 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 AC004233.3-201ENST00000607794 1269 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 COQ4-205ENST00000609948 956 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL4A3Q01955 WT1-AS_2.1-201ENST00000613208 137 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 63.6 ms