Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 TUBB3-205ENST00000554336 903 ntTSL 3 BASIC15.6■□□□□ 0.09
MSX1P28360 LINC00511-205ENST00000578206 908 ntTSL 3 BASIC15.6■□□□□ 0.09
MSX1P28360 TWSG1-202ENST00000581641 1119 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
MSX1P28360 TNFRSF13B-206ENST00000583789 859 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
MSX1P28360 SBDS-205ENST00000617799 953 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
MSX1P28360 AC092902.2-205ENST00000622381 394 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
MSX1P28360 MCM9-201ENST00000316068 2442 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
MSX1P28360 QRICH2-205ENST00000636395 5677 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
MSX1P28360 USP45-201ENST00000327681 6255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
MSX1P28360 COL18A1-203ENST00000359759 6586 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
MSX1P28360 KDM1A-202ENST00000400181 3059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
MSX1P28360 ULBP2-201ENST00000367351 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
MSX1P28360 AVPR1B-201ENST00000367126 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
MSX1P28360 HSF2-201ENST00000368455 2549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
MSX1P28360 BBS7-204ENST00000506636 2570 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
MSX1P28360 TNFRSF13B-201ENST00000261652 1357 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
MSX1P28360 TRAF4-201ENST00000262395 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
MSX1P28360 PAPD5-203ENST00000561678 2916 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
MSX1P28360 PHF20L1-201ENST00000220847 3297 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
MSX1P28360 EFCAB14-201ENST00000371933 5767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
MSX1P28360 SLC25A46-201ENST00000355943 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
MSX1P28360 AL139130.1-201ENST00000451362 5586 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
MSX1P28360 PFKFB3-215ENST00000536985 2094 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
MSX1P28360 CPT2-208ENST00000636891 2746 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
MSX1P28360 CRELD1-206ENST00000452070 1778 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
MSX1P28360 DMPK-201ENST00000291270 2787 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
MSX1P28360 FAM57B-201ENST00000279389 1481 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
MSX1P28360 KCNV2-201ENST00000382082 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
MSX1P28360 CLDN7-201ENST00000360325 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
MSX1P28360 KLHL33-201ENST00000344581 1863 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
MSX1P28360 DIABLO-204ENST00000413918 1859 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
MSX1P28360 JMJD4-201ENST00000366758 2595 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
MSX1P28360 TBP-202ENST00000392092 1903 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
MSX1P28360 DNM1P34-201ENST00000567292 2276 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
MSX1P28360 ALDH3B1-204ENST00000614849 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
MSX1P28360 FLJ16779-201ENST00000612722 7638 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
MSX1P28360 TMEM59-202ENST00000371337 600 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
MSX1P28360 LYPLA2-204ENST00000374505 907 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
MSX1P28360 CST3-201ENST00000376925 873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
MSX1P28360 PARK7-203ENST00000377491 977 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
MSX1P28360 ATP5G3-202ENST00000392541 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
MSX1P28360 ODF3B-204ENST00000405135 917 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
MSX1P28360 AC109309.1-201ENST00000418995 435 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
MSX1P28360 RPS8P6-201ENST00000426177 609 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
MSX1P28360 AC007967.2-201ENST00000432613 625 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
MSX1P28360 SNHG17-206ENST00000436764 973 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
MSX1P28360 HMGN1P19-201ENST00000436976 333 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
MSX1P28360 MAGI2-AS3-208ENST00000446159 670 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
MSX1P28360 AC012363.1-201ENST00000455707 575 ntTSL 4 BASIC15.59■□□□□ 0.09
MSX1P28360 AC135050.2-203ENST00000529564 725 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.59■□□□□ 0.09
MSX1P28360 TPD52L1-211ENST00000532429 1022 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
MSX1P28360 BAX-213ENST00000539787 458 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
MSX1P28360 ZFPM1-204ENST00000563351 808 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
MSX1P28360 AC092718.3-202ENST00000564536 1032 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
MSX1P28360 LINC01842-201ENST00000588275 768 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
MSX1P28360 SEC11C-205ENST00000588875 718 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
MSX1P28360 AC008667.4-201ENST00000607370 168 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
MSX1P28360 CR381653.1-203ENST00000625153 577 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
MSX1P28360 ETV2-204ENST00000403402 1335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
MSX1P28360 TMEM177-201ENST00000272521 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
MSX1P28360 FCGBP-203ENST00000620799 4926 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
MSX1P28360 TBX6-203ENST00000553607 2162 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
MSX1P28360 ATOH1-201ENST00000306011 2212 ntAPPRIS P1 BASIC15.59■□□□□ 0.09
MSX1P28360 B3GNT3-201ENST00000318683 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
MSX1P28360 LY6E-207ENST00000520466 1419 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
MSX1P28360 GPR149-201ENST00000389740 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
MSX1P28360 SELENBP1-204ENST00000426705 1928 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.09
MSX1P28360 CMIP-201ENST00000398040 2825 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
MSX1P28360 FRMD8P1-201ENST00000440433 1524 ntBASIC15.58■□□□□ 0.09
MSX1P28360 RSPH6A-201ENST00000221538 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
MSX1P28360 CRMP1-202ENST00000397890 2911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
MSX1P28360 CRTC1-201ENST00000321949 2501 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
MSX1P28360 FAM129C-202ENST00000335393 2508 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
MSX1P28360 SLC38A11-202ENST00000409058 1647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.09
MSX1P28360 XRCC3-201ENST00000352127 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
MSX1P28360 DKK3-201ENST00000326932 2636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
MSX1P28360 SNAP23-201ENST00000249647 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
MSX1P28360 SKOR1-202ENST00000380035 3675 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
MSX1P28360 PI4KAP1-204ENST00000612579 1703 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
MSX1P28360 AC106820.2-201ENST00000563775 3264 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
MSX1P28360 NPR3-203ENST00000415167 1753 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
MSX1P28360 OVOL1-203ENST00000532448 1774 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
MSX1P28360 CPEB2-209ENST00000538197 6878 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
MSX1P28360 SMN1-201ENST00000351205 900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
MSX1P28360 MRPL55-208ENST00000366734 990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
MSX1P28360 MRPL55-217ENST00000366746 565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
MSX1P28360 PAXX-201ENST00000371620 812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
MSX1P28360 MRPS16-201ENST00000372940 866 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
MSX1P28360 TRIM36-203ENST00000379618 693 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
MSX1P28360 SMN2-201ENST00000380741 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
MSX1P28360 COA5-202ENST00000409997 557 ntTSL 4 BASIC15.58■□□□□ 0.08
MSX1P28360 WNT7B-203ENST00000410058 714 ntTSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
MSX1P28360 SLC4A1APP2-201ENST00000424054 1259 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
MSX1P28360 AL121672.1-201ENST00000439423 1181 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
MSX1P28360 PAWRP1-201ENST00000451083 565 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
MSX1P28360 LDLRAD2-203ENST00000543870 1180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
MSX1P28360 AP005019.1-201ENST00000545254 664 ntTSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
MSX1P28360 RNASEK-203ENST00000549393 783 ntTSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
MSX1P28360 AL355385.1-201ENST00000606123 409 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
MSX1P28360 AL022328.4-201ENST00000608025 1001 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.1 ms