Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 LINC01786-201ENST00000434139 268 ntTSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 AC097532.1-201ENST00000440802 322 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 TMEM205-202ENST00000447337 916 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 BATF2-204ENST00000527716 1230 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 AC087386.1-201ENST00000553658 572 ntTSL 4 BASIC17.11■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 AC013565.3-202ENST00000570120 460 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 TMEM220-AS1-206ENST00000583343 876 ntTSL 3 BASIC17.11■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 MIR4515-201ENST00000584082 81 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 BNIP2-212ENST00000607373 1851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 TUBA4B-203ENST00000490341 1380 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 HMCN2-204ENST00000611173 1920 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 SCOC-211ENST00000614192 1959 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 ADCY3-201ENST00000260600 5050 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 ZBTB11-202ENST00000461821 2115 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 DPM2-201ENST00000314392 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 PRKN-202ENST00000366892 1505 ntTSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 BVES-202ENST00000336775 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 SEPHS1-202ENST00000378614 2387 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 TRPM2-202ENST00000300482 5989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 MOB3A-201ENST00000357066 3391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 ZNF302-202ENST00000446502 2635 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 SOWAHC-201ENST00000356454 4657 ntAPPRIS P1 BASIC17.1■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 PAXX-201ENST00000371620 812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 YBX2P1-201ENST00000394192 760 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 PMP22-202ENST00000395936 816 ntTSL 3 BASIC17.1■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 COX10-202ENST00000429152 875 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 RNF212-203ENST00000433731 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 CR559946.1-201ENST00000453835 531 ntTSL 4 BASIC17.1■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 TMUB1-204ENST00000476627 882 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.1■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 DDIAS-202ENST00000524921 607 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC17.1■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 AL359317.2-203ENST00000557409 538 ntTSL 4 BASIC17.1■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 MED16-214ENST00000617672 554 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 AC023511.2-201ENST00000618803 211 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 CCDC177-201ENST00000599174 4131 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.1■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 EML3-217ENST00000531557 2509 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 RBFOX1-207ENST00000547338 1513 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 LBX1-AS1-201ENST00000430651 2553 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 OSBP2-211ENST00000446658 2836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 PIK3R2-201ENST00000222254 4033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 LGI4-202ENST00000392225 2891 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 AC131009.4-201ENST00000624048 1740 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 CLSTN1-202ENST00000377298 5221 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 MPP1-202ENST00000369534 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 AC005915.1-201ENST00000624912 2018 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 PRKAR2A-201ENST00000265563 6471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 IGSF8-205ENST00000614243 2191 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 SLC39A1-211ENST00000621013 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 CARNS1-202ENST00000445895 3971 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 RGS14-201ENST00000408923 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 ARL6IP6-201ENST00000326446 2805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 GGNBP2-212ENST00000613102 2847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 YBEY-201ENST00000329319 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 KCNIP2-208ENST00000370046 923 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 YBEY-206ENST00000397701 744 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 CCNL2-202ENST00000408918 1186 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 FALEC-201ENST00000416894 566 ntTSL 3 BASIC17.09■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 BX842568.4-201ENST00000421222 227 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 PIGBOS1-201ENST00000436697 866 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 DDIT4-AS1-201ENST00000491934 847 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 SMN2-210ENST00000511812 867 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 AC104758.1-202ENST00000568184 602 ntTSL 3 BASIC17.09■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 AC040963.1-202ENST00000589729 644 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 AL645728.2-201ENST00000641974 660 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 R3HDML-201ENST00000217043 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 ESR2-201ENST00000267525 1518 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 EYA2-201ENST00000317304 1540 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 SSB-202ENST00000409333 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 SMTNL2-201ENST00000338859 1919 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 PAX4-202ENST00000341640 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 CCT7-215ENST00000539919 2031 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 IRF1-202ENST00000405885 2061 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 LINC00336-201ENST00000477984 2107 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 PARP15-202ENST00000464300 2156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 PDPK2P-201ENST00000382326 2387 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 SYTL3-202ENST00000360448 2504 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 ATP2A2-201ENST00000308664 4453 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 ENC1-201ENST00000302351 5520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 PLCG1-201ENST00000244007 5285 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 TRAM1-205ENST00000521425 3394 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 GPAT3-202ENST00000395226 2631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 DTX2-206ENST00000430490 2623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 KLC1-202ENST00000334553 2524 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 SLC18B1-201ENST00000275227 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 DDX1-207ENST00000617198 2257 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 PTPRO-209ENST00000543886 2070 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 LUC7L3-201ENST00000240304 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 RHBG-204ENST00000537040 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 MUTYH-201ENST00000354383 1744 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 SLC22A5-203ENST00000435065 1746 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 AC012569.1-201ENST00000591191 1524 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 FNDC8-201ENST00000158009 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 VGLL4-211ENST00000430365 1377 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 ROMO1-201ENST00000336695 496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 ASTL-201ENST00000342380 1296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 ADARB2-201ENST00000381305 703 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 MOB1B-202ENST00000396051 1107 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 HMGA1P7-201ENST00000406908 502 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 HCG4-201ENST00000418983 998 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 MCCD1P2-201ENST00000423228 335 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 AC116021.1-201ENST00000530049 653 ntTSL 3 BASIC17.08■□□□□ 0.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.4 ms