Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 C10orf111-201ENST00000624760 1714 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 TOM1L1-204ENST00000570371 2442 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 GSKIP-207ENST00000556095 3834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 L1CAM-203ENST00000370055 4655 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 PPARD-202ENST00000337400 2041 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 VPS37C-201ENST00000301765 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 RGN-202ENST00000352078 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 TEAD4-201ENST00000358409 1637 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 AXIN1-201ENST00000262320 3643 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 CROCCP3-201ENST00000263511 5368 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 QSOX1-201ENST00000367600 2519 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 SPECC1-203ENST00000395525 2536 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 CABP1-201ENST00000288616 1369 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 NAA50-209ENST00000497525 1385 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 GTPBP8-208ENST00000619116 1378 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 MIF4GD-204ENST00000577542 1531 ntTSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 PCCB-201ENST00000251654 1833 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 CHRNA7-207ENST00000635884 1975 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 RNF103-201ENST00000237455 3477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 KIF16B-201ENST00000354981 5261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 KRT8-201ENST00000293308 1882 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 ZNHIT1-201ENST00000305105 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 ZNF81-201ENST00000334937 610 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 COLEC11-202ENST00000349077 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 RWDD3-202ENST00000370202 1235 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 FAM3A-205ENST00000393572 1041 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 ISPD-201ENST00000399310 1709 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 SLC9A3R1-202ENST00000413388 1285 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 FAM197Y8-203ENST00000450145 560 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 AL133343.2-201ENST00000457213 370 ntTSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 TXNRD2-212ENST00000485358 850 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 ACP6-203ENST00000487562 1258 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 RNPS1P1-201ENST00000507437 918 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 MCCC2-205ENST00000509358 1214 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 MSRA-206ENST00000521209 814 ntTSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 ARAP1-AS1-201ENST00000542022 388 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 RNPS1-222ENST00000567147 830 ntTSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 NXNL2-205ENST00000618633 739 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 AL031008.1-201ENST00000619963 541 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 PPP1R3G-201ENST00000405617 4907 ntAPPRIS P1 BASIC15.13■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 SPAG1-201ENST00000251809 3748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 NR4A1-204ENST00000394825 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 BTBD3-201ENST00000254977 4686 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 GRB7-201ENST00000309156 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 RHBDF1P1-201ENST00000427504 1941 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 SDR39U1-206ENST00000553930 1325 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 EIF4A1-203ENST00000577269 1319 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 PDE4A-201ENST00000293683 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 SAMD11-202ENST00000342066 2551 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 SAMD11-217ENST00000622503 2557 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 CSK-210ENST00000567571 2443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 PRDM5-212ENST00000515109 2259 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 ALDH3B1-204ENST00000614849 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 AC068888.1-203ENST00000546566 1650 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 HTD2-201ENST00000461393 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 PLEKHG6-203ENST00000396988 2963 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 MXD1-201ENST00000264444 5587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 LRFN3-201ENST00000246529 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 CPZ-203ENST00000382480 2538 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 PTHLH-205ENST00000535992 1891 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 PDCD2-208ENST00000541970 3378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 SMOX-205ENST00000379460 2230 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 SOX30-202ENST00000311371 2716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 COL9A1-201ENST00000320755 3059 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 POLR3H-202ENST00000355209 4416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 NCF1C-201ENST00000438382 1427 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 PLCD3-212ENST00000619929 6107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 FAM120AOS-201ENST00000375412 2771 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 CAMK2D-201ENST00000296402 5820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 MBOAT1-201ENST00000324607 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 MRPL28-201ENST00000199706 1098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 MAL-203ENST00000353004 873 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 SUMF2-203ENST00000395435 1287 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 RAB17-203ENST00000409576 466 ntTSL 3 BASIC15.12■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 LINC01615-202ENST00000449466 603 ntTSL 3 BASIC15.12■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 ARSK-202ENST00000504763 1088 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 TMEM135-209ENST00000532959 1149 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 AC012615.3-201ENST00000592884 500 ntTSL 3 BASIC15.12■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 AC025062.2-201ENST00000605477 670 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 AL589182.2-201ENST00000619332 1049 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 VPS51-217ENST00000639871 243 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 ATAD3A-207ENST00000536055 2332 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 FOSB-209ENST00000590335 2170 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 MAST3-201ENST00000262811 5896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 STAT5A-207ENST00000546010 3086 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 TMEM50B-210ENST00000542230 2375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 PODXL-201ENST00000322985 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 SATB2-202ENST00000417098 5730 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 TTLL11-201ENST00000321582 3250 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 GABRB3-202ENST00000311550 5781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 SBSPON-201ENST00000297354 3801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 B3GNT3-201ENST00000318683 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 PCDHA6-202ENST00000527624 2231 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 LMBR1L-204ENST00000547382 2235 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 RPAIN-203ENST00000381209 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 TRAF2-201ENST00000247668 2264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 EGR2-203ENST00000439032 2844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 ZFP91-201ENST00000316059 5220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 HSPA8-224ENST00000534624 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 GTDC1-219ENST00000542155 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34 ms