Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 UBAP1-203ENST00000379186 2524 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 FAM124A-202ENST00000322475 4761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 TATDN3-214ENST00000532324 1381 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 BOC-212ENST00000485230 2173 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 GMPPA-202ENST00000341142 1524 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 SLC30A2-202ENST00000374278 3097 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 LRCH3-201ENST00000334859 2258 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 CMIP-209ENST00000566513 2288 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 ASCC2-223ENST00000542393 2594 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 ZDHHC4-206ENST00000405731 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 ADCY6-202ENST00000357869 5748 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 CEP120-201ENST00000306467 4900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 TECR-201ENST00000215567 1171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 PPM1M-202ENST00000323588 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 TMEM179B-201ENST00000333449 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 SSBP3-203ENST00000371319 1578 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 ADRA1A-206ENST00000380586 2304 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 CCDC157-203ENST00000405659 3052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 AC092809.2-202ENST00000436706 790 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 AC244107.1-201ENST00000442033 332 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 ACTG1P14-201ENST00000446382 1122 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 PTGES3-204ENST00000448157 1017 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 TIMM17B-208ENST00000495490 939 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 EEF1E1-205ENST00000507463 654 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 AC119403.1-201ENST00000520090 776 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 GLI4-207ENST00000521682 1082 ntTSL 3 BASIC16.49■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 AF131215.3-201ENST00000532453 639 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 LAT-209ENST00000564277 921 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 AC005606.1-201ENST00000567515 504 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 AC068137.2-201ENST00000605408 478 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 CLN3-255ENST00000637100 1284 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 AC092902.6-201ENST00000641783 218 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 C17orf62-202ENST00000342572 1849 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 P2RX6-201ENST00000401443 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 TTC34-201ENST00000401095 8814 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 DPM2-201ENST00000314392 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 CDHR1-201ENST00000332904 2694 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 IFFO1-201ENST00000336604 2686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 NSD3-201ENST00000316985 3995 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 CXADR-201ENST00000284878 6254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 TMEM45B-201ENST00000281441 2234 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 ECE2-205ENST00000404464 3229 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 WIPI2-201ENST00000288828 4476 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 TMEM132A-201ENST00000005286 3480 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 ADGRB2-202ENST00000373658 5414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 TOR3A-203ENST00000367627 2724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 ARHGAP4-204ENST00000393721 2721 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 CYHR1-204ENST00000438911 2020 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 AC129492.6-201ENST00000611383 1305 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 SLC43A1-201ENST00000278426 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 PNPO-201ENST00000225573 2256 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 PIP5K1A-207ENST00000441902 2297 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 EPS8L2-205ENST00000526198 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 GOLGA7-204ENST00000520817 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 CLDN4-201ENST00000340958 1831 ntAPPRIS P1 BASIC16.48■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 TLK2-203ENST00000346027 3449 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 RWDD3-201ENST00000263893 1078 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 BAX-203ENST00000354470 433 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 SGO2-202ENST00000409203 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 PARD6G-203ENST00000470488 596 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 AC124067.2-201ENST00000521989 510 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 SLC9A3-AS1-205ENST00000606319 477 ntTSL 3 BASIC16.48■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 SWI5-206ENST00000608796 906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 PDCD6-214ENST00000628729 1073 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 LSP1-201ENST00000311604 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 FOXD4L1-201ENST00000306507 2491 ntAPPRIS P1 BASIC16.48■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 TP73-AS1-203ENST00000423764 2875 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 ADPGK-AS1-201ENST00000563592 2730 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 LINC00957-202ENST00000441052 2590 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 TRIM33-202ENST00000369543 3457 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 CYP11A1-202ENST00000358632 2001 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 C9orf66-201ENST00000382387 2918 ntAPPRIS P1 BASIC16.48■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 ZNF280D-205ENST00000559000 4726 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 MFSD14A-201ENST00000370152 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 RIMS4-201ENST00000372851 5203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 CYP51A1P2-201ENST00000419457 1499 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 REEP1-208ENST00000538924 1702 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 PP12613-201ENST00000424958 2230 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 RHOU-201ENST00000366691 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 ST8SIA5-201ENST00000315087 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 PDE1C-206ENST00000396193 5109 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 FFAR2-201ENST00000246549 2051 ntAPPRIS P1 BASIC16.47■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 LGMN-201ENST00000334869 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 CDK1-204ENST00000448257 1948 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 MBD4-202ENST00000393278 1684 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 MBL1P-201ENST00000480805 1424 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 SLC47A2-202ENST00000350657 2285 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 TEX264-204ENST00000415259 2290 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 BCL2L11-201ENST00000308659 1522 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 GOSR1-201ENST00000225724 6039 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 CALY-203ENST00000368558 825 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 SELENOH-201ENST00000388857 833 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 IZUMO4-201ENST00000395296 869 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 BX276092.7-202ENST00000422194 696 ntTSL 3 BASIC16.47■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 SEC24B-AS1-201ENST00000499359 957 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 NMU-203ENST00000507338 658 ntTSL 3 BASIC16.47■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 SEC24B-AS1-204ENST00000510971 554 ntTSL 4 BASIC16.47■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 RIMS4-202ENST00000541604 1036 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 NDUFS7-216ENST00000546283 1060 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 MRPL52-208ENST00000553711 586 ntTSL 3 BASIC16.47■□□□□ 0.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.9 ms