Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 HIC1-207ENST00000619757 6711 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 MAFF-207ENST00000538999 2365 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 TXNRD3-203ENST00000524230 2950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 NFIX-202ENST00000360105 5459 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 ATP6V1D-201ENST00000216442 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 SLC9A3P2-201ENST00000447821 2021 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 TBKBP1-204ENST00000622396 2010 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 MARK2-202ENST00000361128 3004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 NDUFB7-201ENST00000215565 531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 PPP1R27-201ENST00000330261 782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 CTRC-202ENST00000375949 898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 MIR658-201ENST00000385210 100 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 AL080243.2-201ENST00000418783 582 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 C6orf47-AS1-203ENST00000422049 673 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 PRYP6-201ENST00000514804 343 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 AC021054.1-202ENST00000543884 599 ntTSL 3 BASIC22.88■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 AC005520.2-201ENST00000556194 573 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 PIH1D1-209ENST00000596049 992 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 CREB3L2-208ENST00000620715 1053 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 SLC12A9-215ENST00000540482 2269 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 LINC00896-202ENST00000609602 2128 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 GRAP2-202ENST00000407075 1304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 RAB17-201ENST00000264601 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 ELF2-207ENST00000510408 1965 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 CLN8-211ENST00000636934 1790 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 FGFR2-204ENST00000356226 3547 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 GRM5-201ENST00000305432 4475 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 PPP1R7-201ENST00000234038 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 ARMC6-202ENST00000392335 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 LYSMD4-202ENST00000344791 2885 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 H2BFWT-201ENST00000217926 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 CCDC182-201ENST00000299415 832 ntAPPRIS P1 BASIC22.87■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 LCE1A-201ENST00000335123 422 ntAPPRIS P1 BASIC22.87■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 AL133456.1-201ENST00000415655 577 ntTSL 4 BASIC22.87■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 AL606760.2-202ENST00000452466 524 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 AC093004.1-201ENST00000508850 424 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 BANF1P1-201ENST00000553684 263 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 RAB43P1-201ENST00000561790 589 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 DIABLO-203ENST00000353548 1345 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 NGFR-202ENST00000504201 1840 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 FBXO24-206ENST00000468962 1901 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 ORC5-201ENST00000297431 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 EWSR1-202ENST00000332035 1989 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 SSUH2-202ENST00000341795 1799 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 TMEM53-202ENST00000372237 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 GGNBP2-210ENST00000611219 2315 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 NQO2-201ENST00000338130 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 CDIPT-209ENST00000569956 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 CIDEA-201ENST00000320477 828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 PSMB9-207ENST00000374859 782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 CCL25-203ENST00000390669 924 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 PSMB9-208ENST00000395330 792 ntTSL 3 BASIC22.86■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 AC245100.3-201ENST00000441281 285 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 KCNK7-203ENST00000394216 1563 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 ITGBL1-202ENST00000376180 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 RABEPK-201ENST00000259460 1313 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 STARD3NL-204ENST00000434197 1341 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 GCFC2-202ENST00000409857 2516 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 UBE2K-201ENST00000261427 5245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 ECEL1-201ENST00000304546 2865 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 GABRD-218ENST00000640949 1684 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 PLEKHM2-202ENST00000375799 4122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 PTRH1-204ENST00000419060 2692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 PML-221ENST00000569965 2148 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 AFF2-204ENST00000370458 1488 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 ZFP1-209ENST00000570010 1457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 AC138028.4-201ENST00000564984 1845 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 NFYC-210ENST00000425457 1536 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 STX3-203ENST00000529177 1571 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 ARPC5-201ENST00000294742 1637 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 PAGE5-201ENST00000289619 741 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 SPAG11A-201ENST00000326558 612 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 RAC2-203ENST00000405484 842 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.85■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 LINC00229-201ENST00000443783 500 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 AC022210.1-201ENST00000449856 793 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 RPL10P19-202ENST00000520582 722 ntTSL 3 BASIC22.85■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 AL161757.4-201ENST00000554149 621 ntTSL 3 BASIC22.85■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 ELOF1-206ENST00000590700 585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.85■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 CYP2A7P1-201ENST00000595391 815 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 AC008494.3-201ENST00000606615 944 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 AC004790.1-201ENST00000612686 536 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 TMEM265-201ENST00000615541 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 ACY1-212ENST00000635797 1294 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 AC093503.3-201ENST00000624917 2352 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 AGAP5-203ENST00000581191 2779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 SLC6A7-203ENST00000524041 2431 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 POLR2C-201ENST00000219252 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 EDC3-202ENST00000426797 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 TOM1-201ENST00000382034 1300 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 DHRS4L2-205ENST00000543805 1334 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 MAPT-215ENST00000574436 1326 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 TRAPPC3-210ENST00000617904 1305 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 SIL1-213ENST00000509534 1714 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 LHFPL6-201ENST00000379589 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 CTTN-203ENST00000376561 2247 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 LYPLAL1-201ENST00000366927 1819 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 LRPPRC-203ENST00000409946 1848 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 HYAL3-205ENST00000450982 1402 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 PTGER3-201ENST00000306666 2333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 ABCB9-202ENST00000344275 2394 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.9 ms