Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 EXOC5-201ENST00000340918 2632 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 B3GALT5-206ENST00000615480 2617 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 NKG7-201ENST00000221978 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 GBGT1-201ENST00000372036 871 ntTSL 3 BASIC25.4■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 ZSCAN2-205ENST00000379358 906 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 AC026150.2-201ENST00000564693 1156 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 TNNT1-211ENST00000588426 683 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 NKG7-205ENST00000600427 520 ntTSL 3 BASIC25.4■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 HGNC:18790-211ENST00000621129 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 PIP5K1C-205ENST00000589578 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 TTLL10-201ENST00000379288 2114 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 REEP2-211ENST00000613650 1944 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 FBLIM1-201ENST00000332305 1530 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 NQO2-201ENST00000338130 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 PDGFA-201ENST00000354513 1308 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 ZDHHC11-209ENST00000511539 1303 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 ZDHHC11B-204ENST00000622126 1301 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 LUC7L2-202ENST00000354926 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 AC006277.1-201ENST00000624348 1610 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 GCFC2-202ENST00000409857 2516 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 INSIG1-203ENST00000344756 2623 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 GTF2H4-201ENST00000259895 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 TPM2-201ENST00000329305 1018 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 SLC25A39P2-201ENST00000537614 270 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 AC027088.1-201ENST00000557966 1117 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 ZNF710-AS1-201ENST00000558334 1168 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 AC027307.2-201ENST00000591252 911 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 OSBP2-202ENST00000401475 2468 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 AGAP6-201ENST00000374056 2703 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 NKIRAS1-206ENST00000425478 2014 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 CD99P1-204ENST00000435581 2788 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 PRSS36-201ENST00000268281 2840 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 ANXA8-203ENST00000583874 1860 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 TRIP10-201ENST00000313244 2153 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 SLC38A6-202ENST00000354886 1730 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 CLDN14-201ENST00000342108 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 AC090286.1-201ENST00000354432 1489 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 WNT5B-202ENST00000397196 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 RABEPK-206ENST00000628863 1537 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 WRNIP1-202ENST00000380769 3239 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 ZNF48-206ENST00000622647 2695 ntTSL 4 BASIC25.39■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 MUC1-201ENST00000337604 859 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 CKS1B-202ENST00000368436 820 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 AP1S3-202ENST00000396653 589 ntTSL 4 BASIC25.39■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 SAPCD1-209ENST00000425424 820 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 Z98749.2-201ENST00000428294 700 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 AL732437.1-201ENST00000442008 595 ntTSL 4 BASIC25.39■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 AC108047.1-201ENST00000457407 404 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 AC022494.1-201ENST00000466044 728 ntBASIC25.39■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 INGX-202ENST00000489074 768 ntBASIC25.39■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 MRPL36-204ENST00000508987 686 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 LINC02055-207ENST00000524346 706 ntTSL 3 BASIC25.39■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 AP005018.1-201ENST00000525475 301 ntBASIC25.39■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 AC011476.2-201ENST00000585492 1271 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 SERF2-217ENST00000630046 862 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 RGN-203ENST00000397180 2257 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 CLEC17A-202ENST00000417570 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 TRIM50-201ENST00000333149 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 HPN-202ENST00000392226 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 NAGPA-201ENST00000312251 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 RAB37-208ENST00000402449 1560 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 ZNF524-201ENST00000301073 1102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 C11orf71-201ENST00000325636 652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 MEAF6-202ENST00000373073 603 ntTSL 3 BASIC25.38■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 RBPMS2P1-201ENST00000437762 623 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 AC022201.2-201ENST00000445084 287 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 AC095060.1-201ENST00000502455 549 ntTSL 4 BASIC25.38■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 AL133467.1-201ENST00000554161 993 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 OR2C3-203ENST00000617752 2481 ntAPPRIS P1 BASIC25.38■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 WDR45-240ENST00000635003 1376 ntTSL 3 BASIC25.38■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 TFCP2-204ENST00000548115 1862 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 SMTNL2-201ENST00000338859 1919 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 HLA-B-249ENST00000412585 1547 ntAPPRIS P1 BASIC25.37■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 IRF1-202ENST00000405885 2061 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 SERPINB6-201ENST00000335686 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 GMPR2-217ENST00000559104 1719 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 B3GNT3-201ENST00000318683 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 AC055876.3-201ENST00000431496 288 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 RAB3A-202ENST00000464076 1253 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 PTPRVP-202ENST00000490575 953 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 AC105233.2-201ENST00000523697 349 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 AF228730.5-201ENST00000530288 346 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 AL138918.1-201ENST00000568306 659 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 AC138649.4-201ENST00000612222 287 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 SNHG28-203ENST00000621242 708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 FAM49B-202ENST00000517654 1817 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 POC1A-201ENST00000296484 1898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 CXorf67-201ENST00000342995 1929 ntAPPRIS P1 BASIC25.37■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 PILRB-208ENST00000452089 2099 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 NAP1L5-201ENST00000323061 2321 ntAPPRIS P1 BASIC25.37■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 LARGE2-201ENST00000325468 2522 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 LARGE2-208ENST00000531526 2528 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 STRN4-204ENST00000539396 2608 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 ORMDL1-203ENST00000392350 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 EDF1-203ENST00000371649 790 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 CACNB2-206ENST00000377328 1233 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 SS18L2-202ENST00000447630 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 TSPY16P-201ENST00000449843 468 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
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