Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 SS18L2-202ENST00000447630 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 AC027369.6-201ENST00000525520 931 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 AC084125.2-203ENST00000532766 821 ntTSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 MYMX-202ENST00000576476 682 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 IL11-202ENST00000585513 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 IGHV3-72-202ENST00000621503 303 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 AC073592.8-201ENST00000624126 511 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 AC008267.7-201ENST00000624570 1194 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 FKBP4-208ENST00000630279 156 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 AL133373.2-201ENST00000623187 2828 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 FAM174A-201ENST00000312637 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 FIBIN-201ENST00000318627 1938 ntAPPRIS P1 BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 DMKN-201ENST00000339686 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 GSTO2-203ENST00000450629 1391 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 TMPRSS9-205ENST00000613480 2568 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 SLC22A18AS-203ENST00000625099 1659 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 SCARF1-202ENST00000348987 2619 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 NKX2-2-201ENST00000377142 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 PPP2R2B-203ENST00000394411 2071 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 FOXRED2-203ENST00000397223 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 AKAP17A-201ENST00000313871 3204 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 TMEM198-201ENST00000344458 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 SCNN1D-201ENST00000325425 2679 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 CYHR1-204ENST00000438911 2020 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 C19orf25-207ENST00000588871 2128 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 LARGE2-201ENST00000325468 2522 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 FLOT2-202ENST00000394908 2618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 NOP14-204ENST00000502735 2723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 EFHD1-202ENST00000409613 1156 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 PSMB5-204ENST00000460922 729 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 AC114956.2-201ENST00000512498 572 ntTSL 4 BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 CYP2A7P1-201ENST00000595391 815 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 DBI-211ENST00000627093 554 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 NMRAL1-201ENST00000283429 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 ANKRD2-203ENST00000370655 1451 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 FOS-208ENST00000555686 1496 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 RBPJ-204ENST00000348160 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 LRRFIP2-209ENST00000440230 1989 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 FHL1-205ENST00000370690 2441 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 MCCC1-214ENST00000610757 2410 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 PGLYRP2-202ENST00000340880 2230 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 SATB2-203ENST00000428695 2135 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 ZNF397-201ENST00000261333 1419 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 GNE-204ENST00000539208 2190 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 WBP2-219ENST00000626827 1867 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 VPS37B-201ENST00000267202 3028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 GUCY1A2-201ENST00000282249 3047 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 TMEM155-202ENST00000394394 1753 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 NFE2-202ENST00000435572 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 OVOL1-203ENST00000532448 1774 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 LINC00905-202ENST00000588117 1768 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 TRPM2-208ENST00000621064 1669 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 CCNA1-203ENST00000625767 1699 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 FAM53B-AS1-202ENST00000448422 1491 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 PRSS35-201ENST00000369700 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 GCSH-209ENST00000639689 2412 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 PPM1G-201ENST00000344034 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 FOXD4L4-201ENST00000377413 2230 ntAPPRIS P1 BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 TOMM5-201ENST00000321301 751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 CALY-202ENST00000368555 783 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 ALKBH6-202ENST00000378875 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 AL451069.2-201ENST00000428814 297 ntTSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 CD4-210ENST00000541982 1187 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 AC013565.3-202ENST00000570120 460 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 FLYWCH2-203ENST00000572006 754 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 AC007216.4-201ENST00000574364 562 ntTSL 4 BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 SECTM1-202ENST00000580437 1030 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 ARMC7-205ENST00000584947 445 ntTSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 CNNM3-202ENST00000377060 3308 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 KCNC4-203ENST00000413138 3018 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 NEIL1-221ENST00000569035 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 KCNK7-203ENST00000394216 1563 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 AC073957.2-201ENST00000549241 1562 ntTSL 4 BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 CALD1-204ENST00000417172 1915 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 AFF2-204ENST00000370458 1488 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 UCKL1-202ENST00000358711 1845 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 UBAC2-203ENST00000403766 1375 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 TOP3BP1-201ENST00000420768 1380 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 FAM172A-206ENST00000509163 1369 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 AC003002.1-202ENST00000596755 1743 ntAPPRIS P1 BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 CD276-203ENST00000537340 2439 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 CSNK1G2-AS1-201ENST00000314315 1252 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 AC008443.3-201ENST00000412295 549 ntTSL 4 BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 AC091729.2-201ENST00000415656 302 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 CDK2AP2P3-201ENST00000422476 372 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 AL512638.1-201ENST00000457493 794 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 MRPL36-204ENST00000508987 686 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 TRMT112-206ENST00000544844 1106 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 HILS1-202ENST00000545329 423 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 AC243964.2-202ENST00000591312 752 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 BSG-202ENST00000346916 1605 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 BSG-203ENST00000353555 1616 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 KLHDC8B-201ENST00000332780 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 MCCC1-215ENST00000629669 2316 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 STIM2-212ENST00000639640 2241 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 GATB-213ENST00000515812 1893 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 LBX2-AS1-201ENST00000548978 1852 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 SDHA-213ENST00000510361 2148 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 IRF5-215ENST00000619830 1652 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL4A3Q01955 AC053503.2-201ENST00000420563 1598 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 122.7 ms