Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 GCGR-201ENST00000400723 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
CUX1P39880 AGER-204ENST00000375067 1250 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
CUX1P39880 CYTH4-203ENST00000405206 636 ntTSL 4 BASIC28.17■■■□□ 2.1
CUX1P39880 ARL6IP4-207ENST00000426960 910 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.17■■■□□ 2.1
CUX1P39880 PTPA-220ENST00000436883 532 ntTSL 4 BASIC28.17■■■□□ 2.1
CUX1P39880 AC022494.1-201ENST00000466044 728 ntBASIC28.17■■■□□ 2.1
CUX1P39880 AC006116.8-201ENST00000587004 987 ntTSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
CUX1P39880 BCRP3-202ENST00000621462 1021 ntTSL 3 BASIC28.17■■■□□ 2.1
CUX1P39880 AC108860.2-201ENST00000562760 2183 ntBASIC28.17■■■□□ 2.1
CUX1P39880 IDH3G-212ENST00000619865 1339 ntTSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
CUX1P39880 ZFP1-209ENST00000570010 1457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CUX1P39880 SLC5A10-203ENST00000395645 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CUX1P39880 AGAP3-202ENST00000397238 3225 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CUX1P39880 NRBP1-204ENST00000379863 2174 ntTSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CUX1P39880 CEP19-202ENST00000409690 2201 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CUX1P39880 PSMB9-207ENST00000374859 782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CUX1P39880 IDH3B-202ENST00000380851 1230 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CUX1P39880 RETN-202ENST00000381324 249 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CUX1P39880 PSMB9-208ENST00000395330 792 ntTSL 3 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CUX1P39880 LINC00229-201ENST00000443783 500 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CUX1P39880 TMEM14B-212ENST00000475942 992 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CUX1P39880 NEIL2-207ENST00000528323 998 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CUX1P39880 POLE2-203ENST00000553805 496 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CUX1P39880 AC079336.1-201ENST00000583156 420 ntTSL 3 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CUX1P39880 IL17RC-201ENST00000295981 2621 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CUX1P39880 FKBPL-201ENST00000375156 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CUX1P39880 ENTPD6-209ENST00000433259 2654 ntTSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CUX1P39880 PLD3-206ENST00000409587 2180 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CUX1P39880 FPGS-201ENST00000373225 2278 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CUX1P39880 CAPN1-226ENST00000533820 3083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CUX1P39880 NDOR1-203ENST00000427047 2315 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CUX1P39880 DIDO1-203ENST00000370366 2383 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CUX1P39880 ZFP64-205ENST00000371518 1841 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
CUX1P39880 BX005266.2-202ENST00000446626 2245 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
CUX1P39880 RGN-203ENST00000397180 2257 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
CUX1P39880 TPR-209ENST00000613151 2478 ntTSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
CUX1P39880 MIR1909-201ENST00000411312 80 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
CUX1P39880 MTND6P24-201ENST00000440466 518 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
CUX1P39880 INE1-201ENST00000456273 945 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
CUX1P39880 UCHL1-204ENST00000503431 917 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.15■■■□□ 2.1
CUX1P39880 AL079307.3-201ENST00000556114 283 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
CUX1P39880 BCL2L2-PABPN1-203ENST00000557008 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
CUX1P39880 HNF1B-201ENST00000613727 1546 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
CUX1P39880 TRIM17-201ENST00000295033 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
CUX1P39880 C2orf68-202ENST00000409734 1722 ntTSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
CUX1P39880 ZNF446-201ENST00000335841 1889 ntTSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
CUX1P39880 TFEB-203ENST00000358871 2188 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
CUX1P39880 CD82-201ENST00000227155 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
CUX1P39880 SLC39A3-202ENST00000455372 2940 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
CUX1P39880 SLC18B1-202ENST00000367918 472 ntTSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.1
CUX1P39880 NAA10-201ENST00000370009 837 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
CUX1P39880 NAA10-203ENST00000370015 1002 ntTSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.1
CUX1P39880 CFLAR-208ENST00000423241 2128 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
CUX1P39880 AC093151.3-201ENST00000425554 623 ntTSL 2 BASIC28.14■■■□□ 2.1
CUX1P39880 RASL12-203ENST00000434605 982 ntTSL 2 BASIC28.14■■■□□ 2.1
CUX1P39880 AC131009.1-201ENST00000539078 426 ntTSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.1
CUX1P39880 AC105021.1-202ENST00000570572 669 ntBASIC28.14■■■□□ 2.1
CUX1P39880 TMEM97-205ENST00000583381 578 ntTSL 4 BASIC28.14■■■□□ 2.1
CUX1P39880 TRAPPC6A-204ENST00000588062 695 ntTSL 2 BASIC28.14■■■□□ 2.1
CUX1P39880 ZNF226-211ENST00000588742 447 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
CUX1P39880 SFT2D2-204ENST00000630869 1073 ntTSL 4 BASIC28.14■■■□□ 2.1
CUX1P39880 RELL2-201ENST00000297164 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
CUX1P39880 SHKBP1-201ENST00000291842 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
CUX1P39880 PLK5-201ENST00000334770 2106 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.14■■■□□ 2.09
CUX1P39880 TMPRSS5-207ENST00000540540 2001 ntTSL 2 BASIC28.14■■■□□ 2.09
CUX1P39880 AC100830.1-201ENST00000560387 1609 ntTSL 2 BASIC28.14■■■□□ 2.09
CUX1P39880 HOXA10-202ENST00000396344 1570 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
CUX1P39880 VASH1-203ENST00000554237 1462 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
CUX1P39880 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
CUX1P39880 ING1-204ENST00000375775 1074 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
CUX1P39880 TNFRSF14-202ENST00000409119 896 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.13■■■□□ 2.09
CUX1P39880 AC068228.2-201ENST00000522383 777 ntTSL 3 BASIC28.13■■■□□ 2.09
CUX1P39880 COQ7-202ENST00000544894 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
CUX1P39880 GNRHR2-204ENST00000604273 1078 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
CUX1P39880 AL589739.1-201ENST00000607720 493 ntBASIC28.13■■■□□ 2.09
CUX1P39880 HECTD2-203ENST00000371681 2175 ntTSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
CUX1P39880 F12-201ENST00000253496 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
CUX1P39880 FOXD4L6-201ENST00000622588 2034 ntAPPRIS P1 BASIC28.13■■■□□ 2.09
CUX1P39880 CAPN1-201ENST00000279247 3007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
CUX1P39880 TMEM53-203ENST00000372242 1846 ntTSL 3 BASIC28.13■■■□□ 2.09
CUX1P39880 PITPNM2-209ENST00000546049 1793 ntTSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
CUX1P39880 TXNDC2-204ENST00000536353 1703 ntTSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
CUX1P39880 DNAJC7-201ENST00000316603 1468 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
CUX1P39880 KRT84-201ENST00000257951 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
CUX1P39880 TUFM-201ENST00000313511 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
CUX1P39880 MFGE8-201ENST00000268150 1937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
CUX1P39880 CALD1-204ENST00000417172 1915 ntTSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
CUX1P39880 GPR148-201ENST00000309926 1267 ntAPPRIS P1 BASIC28.13■■■□□ 2.09
CUX1P39880 FAM166B-201ENST00000399742 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
CUX1P39880 AC093702.1-201ENST00000423433 367 ntTSL 3 BASIC28.13■■■□□ 2.09
CUX1P39880 DFFBP1-201ENST00000433250 979 ntBASIC28.13■■■□□ 2.09
CUX1P39880 IQCF3-201ENST00000437810 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
CUX1P39880 AC078942.1-201ENST00000448698 589 ntTSL 4 BASIC28.13■■■□□ 2.09
CUX1P39880 ACA64.2-201ENST00000459014 129 ntBASIC28.13■■■□□ 2.09
CUX1P39880 GABARAPL2-202ENST00000563744 791 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
CUX1P39880 EIF3B-202ENST00000397011 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
CUX1P39880 ZNF789-201ENST00000331410 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
CUX1P39880 ACOT7-204ENST00000377855 1614 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
CUX1P39880 DPEP1-203ENST00000421184 1647 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
CUX1P39880 PSMC3-201ENST00000298852 1544 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 57.8 ms