Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 TMEM198B-203ENST00000482378 2230 ntTSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
LIG1P18858 PIGP-207ENST00000464265 3437 ntTSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
LIG1P18858 CHIC2-201ENST00000263921 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
LIG1P18858 GJC3-201ENST00000312891 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
LIG1P18858 SLX1A-202ENST00000345535 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
LIG1P18858 SLX1B-202ENST00000351581 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
LIG1P18858 MYCLP1-201ENST00000372451 1075 ntBASIC19.7■□□□□ 0.74
LIG1P18858 RALGDS-205ENST00000393160 3801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
LIG1P18858 AL645608.6-201ENST00000418300 402 ntTSL 3 BASIC19.7■□□□□ 0.74
LIG1P18858 AGBL5-AS1-201ENST00000444217 407 ntTSL 5 BASIC19.7■□□□□ 0.74
LIG1P18858 BET1L-206ENST00000486280 665 ntTSL 3 BASIC19.7■□□□□ 0.74
LIG1P18858 PP7080-204ENST00000510714 601 ntTSL 3 BASIC19.7■□□□□ 0.74
LIG1P18858 IGHV3-52-201ENST00000519770 353 ntBASIC19.7■□□□□ 0.74
LIG1P18858 AC004801.5-202ENST00000546804 530 ntTSL 4 BASIC19.7■□□□□ 0.74
LIG1P18858 AC124947.2-201ENST00000547118 1133 ntBASIC19.7■□□□□ 0.74
LIG1P18858 MYO1B-204ENST00000392318 5082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
LIG1P18858 LRCH2-201ENST00000317135 4929 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
LIG1P18858 TRIM7-204ENST00000393319 2320 ntTSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
LIG1P18858 RAVER2-202ENST00000371072 4362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
LIG1P18858 SEPT9-202ENST00000423034 3984 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
LIG1P18858 TBC1D10B-201ENST00000409939 3350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
LIG1P18858 VSX2-201ENST00000261980 2995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
LIG1P18858 C21orf58-201ENST00000291691 2975 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.7■□□□□ 0.74
LIG1P18858 GBA2-203ENST00000378103 3611 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
LIG1P18858 TTC29-201ENST00000325106 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
LIG1P18858 YDJC-201ENST00000292778 1351 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.7■□□□□ 0.74
LIG1P18858 NDRG4-202ENST00000356752 1375 ntTSL 2 BASIC19.7■□□□□ 0.74
LIG1P18858 SESN1-204ENST00000436639 3509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
LIG1P18858 SPINT1-202ENST00000562057 2456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
LIG1P18858 KDM8-202ENST00000441782 1612 ntTSL 2 BASIC19.69■□□□□ 0.74
LIG1P18858 SIN3A-203ENST00000394949 4930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
LIG1P18858 KDM5C-204ENST00000375401 6031 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
LIG1P18858 RBFA-202ENST00000306735 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
LIG1P18858 NLGN2-201ENST00000302926 4642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
LIG1P18858 NDUFA11-205ENST00000592634 2154 ntTSL 2 BASIC19.69■□□□□ 0.74
LIG1P18858 TRIM39-201ENST00000376656 3338 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC19.69■□□□□ 0.74
LIG1P18858 EVA1A-205ENST00000410113 1747 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC19.69■□□□□ 0.74
LIG1P18858 PSCA-201ENST00000301258 1020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
LIG1P18858 SSSCA1-201ENST00000309328 698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
LIG1P18858 INSL3-201ENST00000317306 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
LIG1P18858 RPS19BP1-201ENST00000334678 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
LIG1P18858 BOLA1-201ENST00000369150 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.69■□□□□ 0.74
LIG1P18858 RPS9-203ENST00000391752 772 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.69■□□□□ 0.74
LIG1P18858 AC246785.2-201ENST00000432512 513 ntBASIC19.69■□□□□ 0.74
LIG1P18858 AL133352.1-203ENST00000557395 1234 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC19.69■□□□□ 0.74
LIG1P18858 CD276-213ENST00000561213 2690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.69■□□□□ 0.74
LIG1P18858 DVL1-202ENST00000378891 2926 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
LIG1P18858 ROBO3-221ENST00000543966 1520 ntTSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
LIG1P18858 OVOL1-203ENST00000532448 1774 ntTSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
LIG1P18858 SNRK-204ENST00000454177 2961 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.69■□□□□ 0.74
LIG1P18858 ZBTB16-202ENST00000392996 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
LIG1P18858 CEP120-201ENST00000306467 4900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.69■□□□□ 0.74
LIG1P18858 DENR-201ENST00000280557 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
LIG1P18858 EGFEM1P-202ENST00000431685 1563 ntBASIC19.69■□□□□ 0.74
LIG1P18858 GALNT6-201ENST00000356317 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
LIG1P18858 UNC13A-206ENST00000552293 5314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.69■□□□□ 0.74
LIG1P18858 RASSF5-205ENST00000581503 5586 ntTSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
LIG1P18858 P2RX5-209ENST00000552276 1642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.69■□□□□ 0.74
LIG1P18858 CSK-210ENST00000567571 2443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.68■□□□□ 0.74
LIG1P18858 JADE2-202ENST00000361895 3212 ntTSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
LIG1P18858 AC125634.1-201ENST00000438758 1403 ntBASIC19.68■□□□□ 0.74
LIG1P18858 KRT8P10-201ENST00000450021 1447 ntBASIC19.68■□□□□ 0.74
LIG1P18858 SMN1-204ENST00000506163 1445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
LIG1P18858 SULT1A2-204ENST00000533150 1991 ntTSL 2 BASIC19.68■□□□□ 0.74
LIG1P18858 SIN3B-206ENST00000595541 2767 ntTSL 2 BASIC19.68■□□□□ 0.74
LIG1P18858 CHAT-205ENST00000395562 2528 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
LIG1P18858 LGMN-216ENST00000557434 1797 ntTSL 5 BASIC19.68■□□□□ 0.74
LIG1P18858 ST3GAL5-229ENST00000638986 2331 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.68■□□□□ 0.74
LIG1P18858 ACAT2-201ENST00000367048 3180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
LIG1P18858 LRRC59-201ENST00000225972 2910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
LIG1P18858 WDR20-211ENST00000556807 2382 ntTSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
LIG1P18858 KLK12-202ENST00000319590 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.68■□□□□ 0.74
LIG1P18858 HYI-201ENST00000372425 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
LIG1P18858 RPUSD3-201ENST00000383820 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
LIG1P18858 SBDSP1-202ENST00000423945 618 ntTSL 3 BASIC19.68■□□□□ 0.74
LIG1P18858 AC004975.2-201ENST00000442017 565 ntTSL 5 BASIC19.68■□□□□ 0.74
LIG1P18858 NUS1P1-201ENST00000446295 882 ntBASIC19.68■□□□□ 0.74
LIG1P18858 SLC2A1-204ENST00000460369 541 ntTSL 2 BASIC19.68■□□□□ 0.74
LIG1P18858 POLR2M-203ENST00000464277 910 ntTSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
LIG1P18858 EIF5A2-203ENST00000474096 570 ntTSL 4 BASIC19.68■□□□□ 0.74
LIG1P18858 FGFR1OP2-206ENST00000546072 956 ntTSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
LIG1P18858 AC091304.2-201ENST00000564639 760 ntBASIC19.68■□□□□ 0.74
LIG1P18858 AC087645.2-201ENST00000586321 799 ntTSL 3 BASIC19.68■□□□□ 0.74
LIG1P18858 BCL2L12-210ENST00000611631 1259 ntTSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
LIG1P18858 ELN-206ENST00000380553 2703 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.68■□□□□ 0.74
LIG1P18858 GAPDH-201ENST00000229239 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
LIG1P18858 MYH14-203ENST00000425460 6811 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.68■□□□□ 0.74
LIG1P18858 PABPC4-203ENST00000372858 2753 ntTSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
LIG1P18858 AC068831.1-204ENST00000501381 1621 ntTSL 2 BASIC19.68■□□□□ 0.74
LIG1P18858 LETM2-205ENST00000519476 2240 ntTSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
LIG1P18858 THSD1-202ENST00000349258 3189 ntTSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
LIG1P18858 ESYT3-201ENST00000289135 1356 ntTSL 5 BASIC19.68■□□□□ 0.74
LIG1P18858 CELF3-201ENST00000290583 3246 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
LIG1P18858 ARHGAP6-202ENST00000337414 5117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
LIG1P18858 MSL1-206ENST00000579565 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
LIG1P18858 HTR1A-201ENST00000323865 1778 ntAPPRIS P1 BASIC19.67■□□□□ 0.74
LIG1P18858 CDH23-205ENST00000398809 4533 ntTSL 5 BASIC19.67■□□□□ 0.74
LIG1P18858 PDAP1-201ENST00000350498 2546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
LIG1P18858 LAT2-201ENST00000275635 1869 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
LIG1P18858 MTG1-201ENST00000317502 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.7 ms