Protein–RNA interactions for Protein: Q3LFD5

USP41, Putative ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 41, humanhuman

Predictions only

Length 358 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP41Q3LFD5 NDUFAF5-203ENST00000463598 991 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 SPINK2-203ENST00000506738 763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 AC020659.2-201ENST00000510176 585 ntTSL 4 BASIC18.13■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 THTPA-204ENST00000554970 569 ntTSL 4 BASIC18.13■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 THTPA-206ENST00000556015 535 ntTSL 3 BASIC18.13■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 TVP23B-206ENST00000574226 1080 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 AC040963.1-202ENST00000589729 644 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 AC099522.2-201ENST00000607001 744 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 TMEM263-204ENST00000548125 3349 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 LYPLAL1-201ENST00000366927 1819 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 AC093627.4-201ENST00000484550 5008 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 UBE3D-203ENST00000369747 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 SIRT6-214ENST00000601488 1361 ntTSL 3 BASIC18.13■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 PLEKHG5-201ENST00000340850 4715 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 PLEKHG5-211ENST00000535355 4725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 NFATC1-217ENST00000591814 4819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 MPP5-201ENST00000261681 5552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 HPSE-207ENST00000513463 1458 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 NPM2-209ENST00000521157 1484 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 LGMN-201ENST00000334869 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 SNAP23-201ENST00000249647 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 CD276-201ENST00000318424 2738 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 RSRP1-201ENST00000243189 1502 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 BCL2L11-201ENST00000308659 1522 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 KIAA1522-202ENST00000373480 5294 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 KIAA1522-203ENST00000373481 5293 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 UBP1-202ENST00000283629 4148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 ZDHHC20-209ENST00000542645 5315 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 IFFO1-202ENST00000356896 2680 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 CRYBA2-201ENST00000295728 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 BECN1-201ENST00000361523 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 JAKMIP1-202ENST00000409021 2975 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 SPDYE11-202ENST00000450699 704 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 AZIN1-AS1-212ENST00000520538 476 ntTSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 AC027243.1-201ENST00000559539 758 ntTSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 AC108449.3-201ENST00000560714 585 ntTSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 AC025678.2-201ENST00000562061 970 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 SPDYE9P-201ENST00000570642 692 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 LSM12-202ENST00000585388 942 ntTSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 PGPEP1-209ENST00000604499 769 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 LINC02084-201ENST00000606069 1096 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 SPDYE10P-202ENST00000612005 668 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 SPDYE8P-202ENST00000612377 668 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 VPS37B-201ENST00000267202 3028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 SLC22A23-203ENST00000406686 5658 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 COMMD5-202ENST00000402718 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 SLC25A46-201ENST00000355943 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 NSMAF-202ENST00000427130 3371 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 OTUD5-204ENST00000428668 1493 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 INPP5J-207ENST00000405300 2515 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 TPT1-AS1-215ENST00000522673 1519 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 DDIT4L-201ENST00000273990 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 ADAMTS16-203ENST00000511368 2682 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 ADPGK-AS1-201ENST00000563592 2730 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 MADCAM1-204ENST00000587541 1723 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 ZFAND6-201ENST00000261749 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 APP-203ENST00000354192 3167 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 LRRD1-201ENST00000343318 2073 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 RNF34-201ENST00000361234 2066 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 KCTD20-210ENST00000536244 5345 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 UBR3-203ENST00000418381 7951 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 EIF2B5-201ENST00000273783 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 TES-201ENST00000358204 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 SBNO2-204ENST00000587024 4861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 TTLL12-201ENST00000216129 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 RNF144A-201ENST00000320892 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 H3F3C-201ENST00000340398 1057 ntAPPRIS P1 BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 FAM24B-201ENST00000368896 704 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 MIR770-201ENST00000390219 98 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 CBR1-202ENST00000399191 838 ntTSL 3 BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 UBE2F-202ENST00000409332 1138 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 AL121832.1-203ENST00000433121 475 ntTSL 3 BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 REEP2-206ENST00000506158 1021 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 BATF2-204ENST00000527716 1230 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 AC103808.2-201ENST00000582755 594 ntTSL 4 BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 SIGLEC7-205ENST00000600577 616 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 GAK-222ENST00000618573 1248 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 SELENOH-206ENST00000622257 1291 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 NTNG1-203ENST00000370066 1443 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 CDK5R1-201ENST00000313401 4325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 GNRHR2-201ENST00000312753 1599 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 NR2C1-219ENST00000622476 1561 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 LMNA-202ENST00000361308 1713 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 PSRC1-201ENST00000369903 1710 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 MTERF2-201ENST00000240050 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 TMEM175-201ENST00000264771 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 TSPAN7-202ENST00000378482 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 ALDH4A1-201ENST00000290597 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 ZNF500-202ENST00000545009 2440 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 TTLL8-201ENST00000266182 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 PTP4A3-202ENST00000349124 2710 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 TMC6-202ENST00000322914 2786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 MEN1-203ENST00000337652 3162 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 PGRMC2-208ENST00000613358 3783 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 PLCG1-202ENST00000373271 7395 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 ACTN3-203ENST00000513398 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 ZNF211-203ENST00000299871 2577 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.1■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 KCNC2-203ENST00000393288 2485 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 MOAP1-201ENST00000298894 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
USP41Q3LFD5 CENPT-208ENST00000562787 2345 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.6 ms