Protein–RNA interactions for Protein: Q17RM4

CCDC142, Coiled-coil domain-containing protein 142, humanhuman

Predictions only

Length 750 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC142Q17RM4 RAB11FIP2-201ENST00000355624 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 IVNS1ABP-202ENST00000367498 4199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 NF2-208ENST00000403435 2568 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 PSENEN-202ENST00000587708 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 OTUD5-204ENST00000428668 1493 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 FCN2-201ENST00000291744 1057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 CRADD-201ENST00000332896 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 ARPC4-203ENST00000433034 926 ntTSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 AMACR-208ENST00000512079 858 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 AC027117.2-201ENST00000522768 510 ntTSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 AP002770.1-201ENST00000540547 428 ntTSL 4 BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 KIRREL3-AS1-201ENST00000548204 586 ntTSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 LINC00596-201ENST00000559615 937 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 AC092865.6-201ENST00000642101 219 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 TRAF3IP1-201ENST00000373327 4279 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 LRFN3-201ENST00000246529 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 QSOX1-201ENST00000367600 2519 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 WLS-205ENST00000370976 2332 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 IFNGR1-201ENST00000367739 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 PTP4A3-201ENST00000329397 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 STX6-201ENST00000258301 4851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 WIPI2-211ENST00000484262 1504 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 SLX1A-SULT1A3-202ENST00000565342 2195 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 BLCAP-201ENST00000373537 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 TNPO2-201ENST00000356861 4962 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 SMUG1-209ENST00000505128 2607 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 SOWAHC-201ENST00000356454 4657 ntAPPRIS P1 BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 IL4I1-204ENST00000595948 2407 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 PHF20L1-203ENST00000337920 2311 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 GPRC5B-201ENST00000300571 5213 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 SYCE1-203ENST00000368517 1377 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 C2orf81-202ENST00000612891 1902 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 RDH12-201ENST00000267502 1833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 AC133785.1-201ENST00000429282 2824 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 IDH3B-206ENST00000474315 1279 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 SLC25A6P2-201ENST00000497974 877 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 GLI4-207ENST00000521682 1082 ntTSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 AP005019.1-201ENST00000545254 664 ntTSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 CAND2-206ENST00000626378 333 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 LMNA-205ENST00000368299 2253 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 MSL1-202ENST00000398532 4707 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 KIF21B-203ENST00000422435 5519 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 SETD3-202ENST00000331768 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 RASA4-202ENST00000449970 2787 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 ZNF140-210ENST00000544426 2340 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 DFFA-201ENST00000377036 1403 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 TLE4-205ENST00000376544 4871 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 FAM3D-201ENST00000358781 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 CMIP-201ENST00000398040 2825 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 AC124067.4-201ENST00000519691 2379 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 CDH24-204ENST00000487137 3438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 LUC7L2-202ENST00000354926 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 TNFSF13-205ENST00000396545 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 ACAP1-201ENST00000158762 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 DDX28-201ENST00000332395 2169 ntAPPRIS P1 BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 BEST2-202ENST00000549706 2183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 CD24-201ENST00000606017 2180 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 CLEC18B-206ENST00000620745 1847 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 TMTC4-203ENST00000376234 3483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 AC003002.1-202ENST00000596755 1743 ntAPPRIS P1 BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 PCSK5-201ENST00000376752 5756 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 FENDRR-206ENST00000599749 2843 ntTSL 3 BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 ARFRP1-212ENST00000618838 1623 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 MCF2L-208ENST00000397030 6580 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 AC109309.1-201ENST00000418995 435 ntTSL 3 BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 RPP21-221ENST00000428040 594 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 AL591424.1-201ENST00000442569 1213 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 RPP21-224ENST00000442966 525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 PAWRP1-201ENST00000451083 565 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 TRAF3IP2-AS1-208ENST00000525151 609 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 AC092865.5-201ENST00000545435 363 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 ZFPM1-203ENST00000562437 502 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 SLC25A3P1-206ENST00000569142 925 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 TCAP-202ENST00000578283 583 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 TUBB4A-209ENST00000598006 565 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 AL513190.1-201ENST00000621254 727 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 AC010507.1-201ENST00000633895 436 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 CPEB3-203ENST00000614585 5789 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 USP3-AS1-201ENST00000558831 1784 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 USB1-201ENST00000219281 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 AGFG1-201ENST00000310078 8668 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 CPZ-203ENST00000382480 2538 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 ZSCAN18-201ENST00000240727 2779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 NOMO2-212ENST00000622306 4252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 CHRM2-201ENST00000320658 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 PCDHGC3-205ENST00000617641 2346 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC142Q17RM4 SLCO5A1-206ENST00000530307 2630 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC142Q17RM4 PBK-201ENST00000301905 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC142Q17RM4 INPP5J-207ENST00000405300 2515 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC142Q17RM4 COL9A1-201ENST00000320755 3059 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC142Q17RM4 LCA10-201ENST00000618311 1392 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC142Q17RM4 LINC00905-202ENST00000588117 1768 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC142Q17RM4 PLEKHM2-201ENST00000375793 4004 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC142Q17RM4 NKILA-202ENST00000614771 2598 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC142Q17RM4 UBE2Q2-201ENST00000267938 3130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC142Q17RM4 CD99-204ENST00000381187 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC142Q17RM4 MRPL20P1-201ENST00000400819 433 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC142Q17RM4 NABP1-203ENST00000409510 843 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC142Q17RM4 COPS7B-207ENST00000410024 1103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC142Q17RM4 RNA5SP416-201ENST00000516838 111 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.7 ms