Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 AL928711.1-201ENST00000570165 459 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 AC068594.1-203ENST00000581153 695 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 AC023141.13-201ENST00000604991 943 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 TMEM178A-206ENST00000618232 1286 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 HIST1H2AK-201ENST00000618958 393 ntAPPRIS P1 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 AC007064.4-201ENST00000637740 555 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 RNPS1-203ENST00000397086 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 AL355312.1-201ENST00000407115 2176 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 CCNYL1-201ENST00000295414 3767 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 TSLP-203ENST00000420978 2621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 TADA3-201ENST00000301964 2355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 HMGXB3-201ENST00000502717 4974 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 AC008969.1-201ENST00000550135 6438 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 BAG3-201ENST00000369085 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 AC134043.2-201ENST00000624206 2238 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 CSAD-209ENST00000453446 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 PGRMC1-202ENST00000535419 1762 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 KDM6B-202ENST00000448097 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 RHD-207ENST00000454452 1303 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 GABBR1-205ENST00000377034 4527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 PP7080-201ENST00000342584 1876 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 FEM1C-201ENST00000274457 5816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 MANSC1-202ENST00000535902 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 SNX1-208ENST00000559844 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 SVOPL-204ENST00000436657 1420 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 PSMA1-209ENST00000530457 1527 ntTSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 PDE8B-201ENST00000264917 5956 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 ST6GALNAC6-201ENST00000291839 2280 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 NFKB2-201ENST00000189444 3011 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 PIGQ-203ENST00000321878 3006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 DIDO1-203ENST00000370366 2383 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 HSPA4-205ENST00000617074 2358 ntTSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 NLE1-201ENST00000360831 1726 ntTSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 SOD2-215ENST00000546087 2558 ntTSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 TGDS-201ENST00000261296 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 CGB7-202ENST00000596965 1949 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 RTL8B-201ENST00000391440 2026 ntAPPRIS P1 BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 H2AFZ-201ENST00000296417 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 NDUFA3-201ENST00000303553 379 ntTSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 MLF1-210ENST00000484955 1247 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 AC244153.1-202ENST00000617855 482 ntTSL 3 BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 AL157832.3-201ENST00000635764 1005 ntTSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 ARMC10-209ENST00000454559 2347 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 GNAI2-204ENST00000440628 1663 ntTSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 PRSS36-201ENST00000268281 2840 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 HTR1A-201ENST00000323865 1778 ntAPPRIS P1 BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 FMO5-208ENST00000578284 1784 ntTSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 LINC00304-203ENST00000565008 1864 ntBASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 MIDN-206ENST00000591446 3243 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 ZNF385A-202ENST00000352268 2076 ntTSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 CALM3-201ENST00000291295 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 MYZAP-201ENST00000267853 2361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 TSC2-222ENST00000568454 5434 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 PNRC1-202ENST00000354922 1345 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 AL590787.1-201ENST00000568856 1315 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 NUDT9-201ENST00000302174 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 DAPK2-202ENST00000457488 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 RCAN3-209ENST00000616511 2527 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 SEC14L2-215ENST00000617837 2632 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 MAST3-201ENST00000262811 5896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 SMARCA4-201ENST00000344626 5392 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 PRX-202ENST00000324001 4855 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 GPSM3-206ENST00000375040 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 ZNF865-201ENST00000568956 4005 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 BLOC1S2-202ENST00000370372 1249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 PIK3CD-AS2-201ENST00000415330 939 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 PON3-203ENST00000427422 894 ntTSL 3 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 FAM58CP-201ENST00000435741 640 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 LINC00899-202ENST00000444890 493 ntTSL 3 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 HELT-204ENST00000515777 841 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 FCHSD1-204ENST00000519800 802 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 DDIAS-202ENST00000524921 607 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 FAM118B-206ENST00000529731 1028 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 PUS1-205ENST00000535067 838 ntTSL 3 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 CCND1-203ENST00000536559 553 ntTSL 3 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 HIST4H4-204ENST00000539745 577 ntAPPRIS P1 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 AC002398.2-201ENST00000587767 660 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 SLC9A3-AS1-204ENST00000606288 791 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 B3GALT5-206ENST00000615480 2617 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 SHANK3-201ENST00000262795 7091 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 CTTN-203ENST00000376561 2247 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 WDR13-201ENST00000218056 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 DUS3L-201ENST00000309061 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 ALAS2-203ENST00000396198 1936 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 CYP2D6-204ENST00000389970 1714 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 AP3D1-201ENST00000345016 4870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 SLCO4A1-AS1-202ENST00000433126 1420 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 COQ10A-202ENST00000433805 1410 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 AC087289.2-201ENST00000587267 1419 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 PPP1R3G-201ENST00000405617 4907 ntAPPRIS P1 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 EIF4A1-203ENST00000577269 1319 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 ST8SIA4-202ENST00000451528 1794 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 HS3ST2-201ENST00000261374 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 CTSB-204ENST00000453527 2011 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 TRNT1-205ENST00000402675 1935 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 APOA5-203ENST00000542499 1929 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 NAT6-205ENST00000443842 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 AC093714.2-201ENST00000489626 763 ntTSL 3 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 CXCL1P1-201ENST00000502804 216 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 RFPL4AP1-201ENST00000530883 850 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 60.9 ms